+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zdj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Ancestral (ENCA) beta-lactamase class A | ||||||
Components | ENCA BETA-LACTAMASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE | ||||||
Function / homology | Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Gavira, J.A. / Risso, V.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2013 Title: Hyperstability and Substrate Promiscuity in Laboratory Resurrections of Precambrian Beta-Lactamases. Authors: Risso, V.A. / Gavira, J.A. / Mejia-Carmona, D.F. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3zdj.cif.gz | 312.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3zdj.ent.gz | 263 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3zdj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3zdj_validation.pdf.gz | 443 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3zdj_full_validation.pdf.gz | 445.1 KB | Display | |
Data in XML | 3zdj_validation.xml.gz | 21.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3zdj_validation.cif.gz | 30.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/3zdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/3zdj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4b88C 2qpnS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 28598.643 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: RESURRECTED SEQUENCE, ANCESTRAL RECONSTRUCTED / Source: (gene. exp.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: beta-lactamase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | RESIDUE NUMBERING IS BASED ON R.P.AMBLER ET AL. (BIOCHEM. J., V. 276, P. 269, 1991). | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 57 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | Method: counter-diffusion Details: COUNTER-DIFFUSION, 2M LI-SULPHATE, 0.1M NA-HEPES PH 7.50 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 297 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: BRUKER X8 PROTEUM / Wavelength: 1.54 |
Detector | Type: BRUKER SMART 6000 / Detector: CCD / Date: Oct 10, 2012 / Details: MONTEL OPTICS |
Radiation | Monochromator: NI FILTER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→48.13 Å / Num. obs: 26073 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 21.17 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.38 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 20.93 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2QPN Resolution: 2.4→48.127 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.97 / Phase error: 19.41 / Stereochemistry target values: ML / Details: MET AT POSITION 25 IS A PURIFICATION ARTEFACT
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→48.127 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|