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- PDB-2h0t: Crystal structure of the M69V E166A double mutant of SHV-1 b-lact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h0t
タイトルCrystal structure of the M69V E166A double mutant of SHV-1 b-lactamase complexed to clavulanic acid
要素Broad-spectrum beta-lactamase SHV-1
キーワードHYDROLASE / Antibiotic resistance / b-lactamase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / Chem-TEM / Beta-lactamase SHV-1 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者van den Akker, F. / Padayatti, P.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Effect of the inhibitor-resistant M69V substitution on the structures and populations of trans-enamine beta-lactamase intermediates.
著者: Totir, M.A. / Padayatti, P.S. / Helfand, M.S. / Carey, M.P. / Bonomo, R.A. / Carey, P.R. / van den Akker, F.
履歴
登録2006年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Broad-spectrum beta-lactamase SHV-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2305
ポリマ－28,8171
非ポリマー1,4134
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.680, 55.200, 83.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Protein is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Broad-spectrum beta-lactamase SHV-1 / Extended-spectrum beta-lactamase SHV-11 / SHV type extended spectrum beta-lactamase / Bla-SHV type 1


分子量: 28816.920 Da / 分子数: 1 / 断片: SHV-1 b-lactamase / 変異: M69V, E166A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaSHV-1, SHV-1b-a, blaSHV-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5PSW7, UniProt: P0AD64*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-TEM / N-(2-HYDROXY-4-OXO-BUTYL)-N-(3-OXO-TRANSPROPENYL)AMINE


分子量: 157.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO3
#3: 化合物 ChemComp-MA4 / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / 6-シクロヘキシルヘキシルβ-マルトシド


分子量: 508.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H44O11
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 6000, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.56mM Cymal-6. Crystal is soaked for 10 minutes in 50mM clavulanic acid prior to freezing and data collection., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.46 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.46 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.91 Å / Num. obs: 31000 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.506 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RCJ

1rcj


解像度: 1.6→18.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1331953.67 / Data cutoff high rms absF: 1331953.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 2936 10 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.16 29420 94.9 %-
all-31000 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.2699 Å2 / ksol: 0.454706 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å20 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3---0.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→18.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2054 0 61 269 2384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 449 9.7 %
Rwork0.224 4181 -
obs--91.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3clav_decarbox.parnew_ligands4.top
X-RAY DIFFRACTION4new_cymal.parion.top
X-RAY DIFFRACTION5hepes.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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