PDB-4b7l: Crystal Structure of Human Filamin B Actin Binding Domain with 1s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b7l

タイトル

Crystal Structure of Human Filamin B Actin Binding Domain with 1st Filamin Repeat

要素

FILAMIN-B

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / FR 1 FILAMIN HINGE ABD-1

機能・相同性

機能・相同性情報

epithelial cell morphogenesis / keratinocyte development / brush border / skeletal muscle tissue development / stress fiber / phagocytic vesicle / cellular response to type II interferon / ISG15 antiviral mechanism / Z disc / actin filament binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Sawyer, G.M. / Sutherland-Smith, A.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the Filamin N-Terminal Region Reveals a Hinge between the Actin Binding and First Repeat Domains
著者: Sawyer, G.M. / Sutherland-Smith, A.J.

履歴

登録	2012年8月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月17日	Group: Atomic model / Database references / Other
改定 1.2	2012年11月28日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b7l.cif.gz	398.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b7l.ent.gz	334.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b7l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/4b7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/4b7l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wa5S 2di8 2di9 2dia 2dib 2dic 2dj4 2wa6 2wa7 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ad7-1 4acr-1 2j3s-1 4fs7-d 5b0b-d 3qvg-d 4b1m-d 6r0q-d 4k7o-d 4k7i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FILAMIN-B

B: FILAMIN-B

78.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FILAMIN-B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FILAMIN-B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.180, 69.690, 73.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	FILAMIN-B / FLN-B / ABP-278 / ABP-280 HOMOLOG / ACTIN-BINDING-LIKE PROTEIN / BETA-FILAMIN / FILAMIN HOMOLOG 1 / ...FLN-B / ABP-278 / ABP-280 HOMOLOG / ACTIN-BINDING-LIKE PROTEIN / BETA-FILAMIN / FILAMIN HOMOLOG 1 / FH1 / FILAMIN-3 / THYROID AUTOANTIGEN / TRUNCATED ACTIN-BINDING PROTEIN / TRUNCATED ABP / ACTIN BINDING DOMAIN WITH FILAMIN REPEAT 1 分子量: 39285.828 Da / 分子数: 2 / 断片: ACTIN-BINDING DOMAIN WITH REPEAT 1, RESIDUES 1-347 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ABD-1 HINGE DOMAIN / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75369
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

FILAMIN-B / FLN-B / ABP-278 / ABP-280 HOMOLOG / ACTIN-BINDING-LIKE PROTEIN / BETA-FILAMIN / FILAMIN HOMOLOG 1 / ...

分子量: 39285.828 Da / 分子数: 2 / 断片: ACTIN-BINDING DOMAIN WITH REPEAT 1, RESIDUES 1-347 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ABD-1 HINGE DOMAIN / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75369

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M TRIS HCL PH 8.5, 0.2 M SODIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年1月14日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→35.7 Å / Num. obs: 41595 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WA5

2wa5

解像度: 2.05→35.738 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.38 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 1-12 ARE DISORDERED. RESIDUES IN THE CH1-CH2 LINK ARE DISORDERED, IN CHAIN A 130-136 AND IN CHAIN B 132-136

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	2094	5 %
R_work	0.1831	-	-
obs	0.185	41576	97.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 1.8 Å² / k_sol: 1.8 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→35.738 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5265	0	0	421	5686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5464
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.598	7430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.192	2102
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	816
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	958

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0977	0.3007	124	0.267	2576	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0977-2.1502	0.3056	155	0.2518	2542	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1502-2.2083	0.2344	123	0.2345	2598	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2083-2.2733	0.2939	109	0.2173	2616	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2733-2.3466	0.2688	137	0.2097	2602	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3466-2.4305	0.2406	130	0.2023	2599	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4305-2.5278	0.2406	144	0.198	2622	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5278-2.6428	0.2407	161	0.1993	2600	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6428-2.782	0.23	149	0.1919	2627	X-RAY DIFFRACTION	97
2.782-2.9563	0.2429	132	0.2002	2652	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9563-3.1844	0.2572	143	0.1895	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1844-3.5046	0.2081	138	0.1706	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5046-4.0111	0.1796	146	0.1566	2690	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0111-5.0513	0.1913	137	0.1492	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0513-35.7433	0.1789	166	0.167	2748	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1014	-0.2823	0.6866	2.6993	1.3305	6.0737	0.0903	0.0353	0.0948	-0.2221	-0.0645	0.1887	0.1569	-0.1767	-0.0188	0.3687	0.0286	-0.006	0.21	0.0369	0.2175	17.4532	-6.235	15.7993
2	2.1739	0.6436	-0.1492	2.1034	0.3584	5.2689	-0.0072	-0.0443	-0.0237	0.3876	0.0469	-0.0236	0.1306	0.0962	-0.0353	0.4366	-0.0038	-0.0144	0.1949	-0.0196	0.222	24.0147	3.7695	39.6797
3	6.2009	0.4602	-1.5772	5.1034	0.4439	5.5707	0.0121	-0.1495	0.2199	0.1076	0.2589	-0.1529	-0.1614	0.2634	-0.2489	0.2882	-0.0143	-0.0149	0.282	-0.0665	0.2673	9.3452	12.5157	75.4593
4	1.6023	-0.0587	0.6082	2.3729	-0.8602	4.0973	-0.0059	0.083	0.0818	0.0915	0.0425	0.0292	-0.1013	0.0592	-0.0385	0.4836	-0.0101	-0.1047	0.2982	-0.0169	0.2968	-9.1982	3.7128	52.5165
5	1.5789	-0.0669	-0.7502	3.2205	0.3281	3.4463	-0.0836	0.1301	0.018	-0.133	-0.0147	-0.0575	-0.1266	-0.1204	0.101	0.4075	-0.0038	-0.1183	0.3081	0.0428	0.3072	-14.2174	12.4516	28.2164
6	6.6125	6.3372	-1.2751	7.2807	-2.7165	6.1518	-0.1832	0.1852	0.0553	-0.2851	0.2249	-0.2294	-0.0867	0.2343	-0.0727	0.5404	0.0358	0.0924	0.5163	0.0341	0.6721	6.6223	24.3931	4.7149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 13:134 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 136:251 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 252:347 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 13:134 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 136:251 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 252:347 )

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