PDB-4b79: THE AEROPATH PROJECT AND PSEUDOMONAS AERUGINOSA HIGH-THROUGHPUT C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b79

タイトル

THE AEROPATH PROJECT AND PSEUDOMONAS AERUGINOSA HIGH-THROUGHPUT CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES FOR ASSESSMENT OF POTENTIAL TARGETS IN EARLY STAGE DRUG DISCOVERY.

要素

PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / INFECTIOUS DISEASE / STRUCTURE-BASED INHIBITOR DESIGN

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid elongation / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Moynie, L. / McMahon, S.A. / Alphey, M.S. / Liu, H. / Duthie, F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: The Aeropath Project Targeting Pseudomonas Aeruginosa: Crystallographic Studies for Assessment of Potential Targets in Early-Stage Drug Discovery
著者: Moynie, L. / Schnell, R. / Mcmahon, S.A. / Sandalova, T. / Boulkerou, W.A. / Schmidberger, J.W. / Alphey, M.S. / Cukier, C. / Duthie, F. / Kopec, J. / Liu, H. / Jacewicz, A. / Hunter, W.N. / ...

履歴

登録	2012年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b79.cif.gz	194.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b79.ent.gz	157.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b79.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/4b79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/4b79	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xu8C 4avfC 4avrC 4avySC 4b7cC 4b7xC 4b9aC 4b9eC 4es6C 4etrC 4exaC 4exbC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cqm-1 2wdz-1 3gvc-2 3lqf-d 3ubm-2 4cqm-2 4nbu-d 4cql-3 4hp8-1 4cqm-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

B: PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

52.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

B: PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

B: PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.910, 103.910, 205.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質	PROBABLE SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE / PA4098 分子量: 25705.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q9HWT0
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5 詳細: 1.56M SODIUM ACETATE, 0.1M AMMONIUM TARTATE, 3.2% BUTANEDIOL, 0.1M SODIUM ACETATE PH 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→67.7 Å / Num. obs: 44233 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 27.7
反射シェル	解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AVY

4avy

解像度: 1.98→67.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 6.186 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21336	2354	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19262	-	-	-
obs	0.19364	44233	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.394 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→67.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3523	0	88	177	3788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	3686
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.995	5016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.023	3	5967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.223	5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.143	22.39	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.705	15	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.532	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.976→2.028 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	179	-
R_work	0.236	2848	-
obs	-	-	99.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1559	-1.4565	-1.1545	3.8861	-0.734	1.4442	-0.2041	-0.3817	-0.3215	0.4612	0.1369	0.2003	-0.0586	0.1628	0.0672	0.179	-0.0438	-0.0087	0.3576	0.2561	0.2781	-8.045	-58.432	26.151
2	4.1622	0.2583	-1.2172	0.5454	-0.139	1.2407	0.0674	-0.3494	-0.6371	0.0487	0.0007	-0.0345	0.2856	0.0799	-0.0681	0.1222	-0.0091	-0.0623	0.1775	0.1256	0.3834	-2.531	-65.928	10.551
3	1.1897	-0.1186	-0.6503	0.4421	-0.0791	1.0296	0.0301	-0.0926	-0.2804	0.0196	0.003	-0.0129	0.0118	-0.028	-0.0331	0.0704	-0.0087	-0.0099	0.2212	0.0475	0.2465	-4.712	-56.282	7.906
4	3.9184	0.4367	2.0548	0.8515	0.494	1.6516	0.0131	-0.1641	-0.2924	0.0771	0.023	0.0986	0.0445	0.0142	-0.0361	0.0609	0.0061	0.0169	0.2342	0.0561	0.2273	-8.63	-51.059	10.377
5	2.4285	4.64	2.3464	9.3808	4.7256	2.3832	0.2361	-0.0611	-0.7283	0.1213	0.4178	-1.3865	0.0623	0.1508	-0.6539	0.1518	-0.1666	-0.0717	0.6273	0.0555	0.3183	15.958	-44.508	17.414
6	0.794	0.3444	0.2038	0.6965	0.3987	0.8111	0.0598	-0.1154	-0.0519	0.1462	-0.0295	0.0076	-0.0582	-0.0215	-0.0303	0.1063	0.0078	0.0179	0.2702	0.0372	0.1517	-4.771	-44.289	16.101
7	0.7854	-0.5858	-0.4092	0.6855	0.2067	1.0811	0.0474	-0.1703	0.2068	0.0625	0.0287	0.0234	-0.1189	-0.0405	-0.0761	0.1556	0.0193	0.0783	0.2674	-0.0867	0.2116	-12.336	-21.267	21.004
8	0.6402	-0.18	-0.3807	0.1054	0.3113	2.2113	0.1245	0.0126	0.1941	-0.0078	-0.0473	0.0063	-0.1029	-0.0809	-0.0772	0.1152	0.009	0.0515	0.2272	-0.0004	0.2144	-5.499	-22.963	4.577
9	2.5557	1.0274	0.6353	0.6096	0.2685	1.0071	0.0851	-0.1026	0.1204	0.0326	-0.0866	0.0351	-0.057	0.0454	0.0015	0.1009	0.005	0.0259	0.2556	-0.016	0.1685	-1.464	-31.011	12.357
10	73.5736	24.5826	110.4086	8.3487	36.9642	165.9719	-2.5377	0.6797	1.9742	-0.6769	-0.1488	0.7108	-3.2984	0.9366	2.6865	1.6085	0.0054	0.2864	1.2653	0.1226	1.5318	-25.075	-27.721	1.124
11	21.932	-15.1121	-1.887	16.8432	-5.2134	6.8097	0.8939	1.3629	-0.0516	-0.8319	-0.364	0.3817	0.1106	-0.7264	-0.53	0.0953	0.075	0.0084	0.3935	0.0155	0.4436	-23.297	-37.334	-6.418
12	1.2025	0.7147	0.7068	0.5052	0.432	1.1968	0.0095	-0.0933	-0.0097	0.0444	-0.0225	0.1063	0.0439	-0.0299	0.013	0.0979	0.0178	0.028	0.2597	-0.0012	0.1746	-12.245	-38.619	11.69
13	0.1655	-1.3574	-0.1113	12.9641	0.7124	0.1118	0.055	0.0543	0.0316	-0.2282	0.0616	0.1711	-0.0896	-0.0439	-0.1166	0.1367	0.0279	0.0899	0.3191	-0.0096	0.2678	-14.742	-23.309	7.985
14	1.2558	-0.5087	2.1666	0.2327	-0.9357	3.8788	-0.001	-0.1122	-0.2539	0.1045	0.1952	0.0545	-0.2868	-0.2836	-0.1942	0.2089	0.2105	-0.0482	0.3557	0.0775	0.3461	2.744	-59.033	16.576

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	106 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	158 - 182
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	188 - 206
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	207 - 241
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 88
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	89 - 152
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	153 - 181
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	182 - 189
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	190 - 200
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	201 - 241
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	1242
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	1242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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