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- PDB-4b0m: Complex of the Caf1AN usher domain, Caf1M chaperone and Caf1 subu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b0m
タイトルComplex of the Caf1AN usher domain, Caf1M chaperone and Caf1 subunit from Yersinia pestis
要素
  • CHAPERONE PROTEIN CAF1Mシャペロン
  • F1 CAPSULE ANTIGEN
  • F1 CAPSULE-ANCHORING PROTEIN
キーワードPROTEIN TRANSPORT / CHAPERONE-USHER PATHWAY / PILI ASSEMBLY
機能・相同性
機能・相同性情報


fimbrial usher porin activity / pilus assembly / capsule / 性繊毛 / chaperone-mediated protein folding / cell outer membrane / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / 細胞接着 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
PapC, N-terminal domain / F1 capsule antigen / Caf1 Capsule antigen / Outer membrane usher protein / Fimbrial membrane usher, conserved site / PapC, N-terminal domain / PapC, N-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein FimD, plug domain / PapC-like, C-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein ...PapC, N-terminal domain / F1 capsule antigen / Caf1 Capsule antigen / Outer membrane usher protein / Fimbrial membrane usher, conserved site / PapC, N-terminal domain / PapC, N-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein FimD, plug domain / PapC-like, C-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein / PapC C-terminal domain / PapC N-terminal domain / Fimbrial biogenesis outer membrane usher protein signature. / PapC-like, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / 抗体 / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein caf1M / F1 capsule antigen / F1 capsule-anchoring protein
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA PESTIS (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dubnovitsky, A. / Yu, X.D. / Pudney, A.F. / MacIntyre, S. / Knight, S.D. / Zavialov, A.V.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Allosteric Mechanism Controls Traffic in the Chaperone/Usher Pathway.
著者: Di Yu, X. / Dubnovitsky, A. / Pudney, A.F. / Macintyre, S. / Knight, S.D. / Zavialov, A.V.
履歴
登録2012年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F1 CAPSULE-ANCHORING PROTEIN
B: F1 CAPSULE ANTIGEN
M: CHAPERONE PROTEIN CAF1M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2913
ポリマ－57,2913
非ポリマー00
水7,728429
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area22960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.281, 77.436, 95.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 F1 CAPSULE-ANCHORING PROTEIN


分子量: 15386.396 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 23-158 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P26949
#2: タンパク質 F1 CAPSULE ANTIGEN


分子量: 15575.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P26948
#3: タンパク質 CHAPERONE PROTEIN CAF1M / シャペロン / CAPSULE PROTEIN FRACTION 1


分子量: 26329.012 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 24-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P26926
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: HANGING DROPS OF 1.5 UL CAF1AN:CAF1M:CAF1 COMPLEX (35 MG/ML) PLUS 1.5 UL OF 15% PEG 3350, 0.1 M NA-CACODYLATE, PH 6.4, 1-2 WEEKS AT 6 DEG C.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 47312 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 81.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P5V

1p5v


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 5.387 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 2310 5.02 %RANDOM
Rwork0.1833 ---
obs0.186 45816 96.867 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.777 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.296 Å20 Å2-1.956 Å2
2---1.401 Å20 Å2
3----0.471 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3666 0 0 429 4095
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0223753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7581.9685098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8495470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75325.528161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.83315614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2751511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22481
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2331.52443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96423832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.68631510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0014.51266
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 133 -
Rwork0.258 2529 -
obs--76.101 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20720.06480.11290.76850.09670.6371-0.0115-0.10960.0336-0.1430.03120.09420.0030.043-0.0197-0.1029-0.01170.0218-0.04810.0091-0.0915-1.6393.42623.489
20.4579-0.22650.0983.0051.68292.95040.07030.1227-0.0180.02080.1096-0.06070.4880.151-0.180.08990.03-0.0613-0.1435-0.0247-0.14491.543-17.7617.708
30.9201-0.45111.31740.8217-0.86072.41060.0989-0.102-0.0432-0.1328-0.0035-0.00170.3046-0.0143-0.0954-0.0855-0.0050.0108-0.07510.0111-0.1067.303-10.16737.315
42.4341.24730.57816.76950.00795.5444-0.1149-0.21270.47370.14520.0051-0.1167-0.42370.0330.1098-0.1486-0.00680.0004-0.0399-0.0566-0.07741.51115.13635.4
55.7199-3.38083.25473.7336-0.98744.84240.19930.0281-0.2367-0.5117-0.31040.4495-0.4461-0.25880.111-0.03580.1246-0.1137-0.1062-0.0839-0.0517-16.83428.8720.601
624.9108-3.1091-17.31211.5951-1.340330.18640.30731.4938-0.4280.6939-0.29550.2744-0.09040.7269-0.0118-0.00180.02440.0101-0.0175-0.0545-0.028-37.17528.68413.284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1M4 - 56
2X-RAY DIFFRACTION1M59 - 106
3X-RAY DIFFRACTION1M123 - 147
4X-RAY DIFFRACTION2M148 - 235
5X-RAY DIFFRACTION3B15 - 149
6X-RAY DIFFRACTION4A1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION5A30 - 121
8X-RAY DIFFRACTION6A122 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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