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万見
- PDB-6ixx: Crystal structure of a complex between psychrophilic marine prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ixx
タイトルCrystal structure of a complex between psychrophilic marine protease MP and its inhibitor LupI
要素
  • Alkaline metalloprotease
  • LupI
キーワードHYDROLASE/INIHBITOR / psychrophilic marine protease / protein-protein complex / HYDROLASE-INIHBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloendopeptidase inhibitor activity / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / periplasmic space / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Protease inhibitor / Alkaline proteinase inhibitor/ Outer membrane lipoprotein Omp19 / Protease inhibitor Inh / Protease inhibitor, beta-barrel domain / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Peptidase M10B / Serralysin-like metallopeptidase domain / Peptidase M10 serralysin, C-terminal / Peptidase M10 serralysin C terminal / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal ...Protease inhibitor / Alkaline proteinase inhibitor/ Outer membrane lipoprotein Omp19 / Protease inhibitor Inh / Protease inhibitor, beta-barrel domain / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Peptidase M10B / Serralysin-like metallopeptidase domain / Peptidase M10 serralysin, C-terminal / Peptidase M10 serralysin C terminal / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkaline metalloprotease / LupI
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium sp. YS-80-122 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Hao, J.H. / Zhang, L.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China41376175 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a complex between psychrophilic marine protease MP and its inhibitor LupI
著者: Hao, J.H.
履歴
登録2018年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkaline metalloprotease
I: LupI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,56711
ポリマ－59,1812
非ポリマー3869
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.664, 51.852, 102.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alkaline metalloprotease


分子量: 48632.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium sp. YS-80-122 (バクテリア)
Plasmid details: yellow sea in china / 参照: UniProt: D0VMS8
#2: タンパク質 LupI


分子量: 10548.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium sp. YS-80-122 (バクテリア)
Plasmid details: yellow sea in china / 参照: UniProt: G3MEU6
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細Author states that the sequence G3MEU6 may have errors in sequencing, and this time the sequence is ...Author states that the sequence G3MEU6 may have errors in sequencing, and this time the sequence is re-sequence verified to be Leu.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2M NaCl 0.1M MES 10% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.999→50 Å / Num. obs: 35471 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 17.813
反射 シェル解像度: 1.999→2.07 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Num. unique obs: 35471 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 85.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U1R

3u1r


解像度: 1.999→38.672 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1760 5.09 %
Rwork0.184 --
obs0.1862 34563 94.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.76 Å2 / Biso mean: 28.5577 Å2 / Biso min: 14.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.999→38.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4175 0 9 244 4428
Biso mean--24.38 26.52 -
残基数----560
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9991-2.05320.2551000.20291771187167
2.0532-2.11360.28211410.21632255239686
2.1136-2.18180.28491460.21092516266295
2.1818-2.25980.26131170.21582566268396
2.2598-2.35030.24161430.212611275498
2.3503-2.45720.24481540.20582599275398
2.4572-2.58670.25351200.20022615273598
2.5867-2.74880.24381480.21152576272497
2.7488-2.96090.27621550.206326312786100
2.9609-3.25880.24391300.20512666279699
3.2588-3.730.22351320.18082650278298
3.73-4.69810.19431360.14422639277598
4.6981-38.67960.17011380.14522708284698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.5939 Å / Origin y: 14.2576 Å / Origin z: 24.6993 Å
111213212223313233
T0.249 Å20.0548 Å2-0.0273 Å2-0.2267 Å2-0.0101 Å2--0.1854 Å2
L0.1979 °20.2014 °2-0.0605 °2-1.5198 °2-0.0683 °2--0.2499 °2
S0.0035 Å °-0.0138 Å °0.0387 Å °-0.4893 Å °-0.0563 Å °0.0903 Å °0.0052 Å °0.0091 Å °0.0372 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA18 - 480
2X-RAY DIFFRACTION1allI2 - 98
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 257
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 8
5X-RAY DIFFRACTION1allC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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