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- PDB-4aw4: Engineered variant of Listeria monocytogenes InlB internalin doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aw4
タイトルEngineered variant of Listeria monocytogenes InlB internalin domain with an additional leucine rich repeat inserted
要素INTERNALIN B
キーワードPROTEIN BINDING / LRR / PROTEIN ENGINEERING / RECEPTOR BINDING / PROTEIN PROTEIN INTERACTION / CELL INVASION / VIRULENCE FACTOR / HGF RECEPTOR LIGAND / C-MET LIGAND
機能・相同性
機能・相同性情報


entry of bacterium into host cell / peptidoglycan-based cell wall / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / heparin binding / lipid binding / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Internalin N-terminal Cap domain-like / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent ...Internalin N-terminal Cap domain-like / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / Immunoglobulin-like - #1220 / : / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Internalin B / Internalin B
類似検索 - 構成要素
生物種LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Niemann, H.H. / Heinz, D.W.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Engineered Variants of Inlb with an Additional Leucine-Rich Repeat Discriminate between Physiologically Relevant and Packing Contacts in Crystal Structures of the Inlb:Met Complex.
著者: Niemann, H.H. / Gherardi, E. / Bleymuller, W.M. / Heinz, D.W.
履歴
登録2012年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22012年10月3日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERNALIN B
B: INTERNALIN B
C: INTERNALIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,18036
ポリマ－104,0543
非ポリマー3,12633
水8,341463
1
A: INTERNALIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,01015
ポリマ－34,6851
非ポリマー1,32514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: INTERNALIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,72512
ポリマ－34,6851
非ポリマー1,04111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: INTERNALIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4459
ポリマ－34,6851
非ポリマー7618
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.080, 102.150, 69.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1345-

GOL

21A-2045-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 36 - 342 / Label seq-ID: 4 - 310

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.5091, 0.86054, 0.01704), (-0.8607, -0.50891, -0.01408), (-0.00344, -0.02184, 0.99976)47.72824, 20.26614, -0.07956
2given(0.50147, 0.86512, -0.00988), (0.86513, -0.50131, 0.01526), (0.00825, -0.0162, -0.99983)47.72829, 20.30023, -0.06249

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要素

#1: タンパク質 INTERNALIN B


分子量: 34684.504 Da / 分子数: 3 / 断片: INTERNALIN DOMAIN, RESIDUES 36-321 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
株: EGD-E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL / 参照: UniProt: P25147, UniProt: P0DQD3*PLUS
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細SULFATE ION (SO4): FROM RESERVOIR SOLUTION GLYCEROL (GOL): FROM CRYO PROTECTION
配列の詳細BETWEEN PRO98 AND ASN99 THERE IS AN INSERTION OF A CONSENSUS LEUCINE RICH REPEAT OF 22 AMINO ACIDS ...BETWEEN PRO98 AND ASN99 THERE IS AN INSERTION OF A CONSENSUS LEUCINE RICH REPEAT OF 22 AMINO ACIDS WITH SEQUENCE NLTSLNLSNNQITDISPIQYLP. SO THAT AFTER PRO98 THE SEQUENCE NUMBERING IS OFFSET BY PLUS 22. THE N-TERMINAL RESIDUES GLY-ALA-MET REMAIN AFTER TEV CLEAVAGE OF GST-FUSION PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
解説: DATA INDEXES AND SCALES REASONABLY WELL IN C2 AND P321. SCALING IS BETTER IN C2 THAN IN P321. IN C2 RMEAS OF 0.09, I OVER SIGI OF 15.5. IN P321 RMEAS OF 0.18, I OVER SIGI OF 10.8. WHILE THE ...解説: DATA INDEXES AND SCALES REASONABLY WELL IN C2 AND P321. SCALING IS BETTER IN C2 THAN IN P321. IN C2 RMEAS OF 0.09, I OVER SIGI OF 15.5. IN P321 RMEAS OF 0.18, I OVER SIGI OF 10.8. WHILE THE STRUCTURE CAN BE SOLVED AND REFINED IN P321, DATA ANALYSIS SUGGESTS THAT THE CRYSTAL IS ACTUALLY IN C2 WITH A NON-CRYSTALLOGRAPHIC 3-FOLD AXIS AND PROBABLY NON-MEROHEDRAL TWINNING PARALLEL TO THE 3- FOLD NCS AXIS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION IN 96-WELL PLATES AT 20 DEGREE C. 17 MG/ML PROTEIN IN 25 MM TRIS, PH 8, 20 MM NACL. RESERVOIR SOLUTION WAS 2M AMMONIUM SULFATE. DROPS WERE SET UP WITH EQUAL ...詳細: SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION IN 96-WELL PLATES AT 20 DEGREE C. 17 MG/ML PROTEIN IN 25 MM TRIS, PH 8, 20 MM NACL. RESERVOIR SOLUTION WAS 2M AMMONIUM SULFATE. DROPS WERE SET UP WITH EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.9204
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9204 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.664
111/2H-3/2K, -1/2H-1/2K, -L20.192
111/2H+3/2K, 1/2H-1/2K, -L30.144
反射解像度: 1.95→19.7 Å / Num. obs: 89100 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H6T

1h6t


解像度: 1.93→19.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.338 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20535 2016 2.3 %TAKING HIGHER LATTICE SYMMETRY INTO ACCOUNT USING PHENIX_REFLECTION_FILE_CONVERTE
Rwork0.16685 ---
obs0.16771 87083 94.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.952 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.28 Å20 Å2-4.52 Å2
2--21.74 Å20 Å2
3----25.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→19.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7196 0 176 463 7835
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.027740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7151.99910561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.312312803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7895979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.85827.088340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.631151449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3751513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021262
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A111270.06
12B111270.06
21A111480.07
22C111480.07
31B114220.07
32C114220.07
LS精密化 シェル解像度: 1.928→1.978 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 70 -
Rwork0.222 3701 -
obs--54.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.84742.1705-0.734.7755-2.4481.66070.03640.1335-0.0593-0.0521-0.1918-0.4021-0.12860.01370.15540.1468-0.06480.03650.2360.0540.225918.03174.0816-13.4641
21.72950.8243-0.92641.5217-0.61462.47650.0370.1150.13690.088-0.0314-0.0299-0.26540.1086-0.00560.0627-0.06410.02580.16670.04160.195713.21943.825-7.685
32.210.3618-0.98751.78910.56692.5359-0.0929-0.3075-0.07220.11630.0142-0.2724-0.1880.54190.07860.0833-0.02680.01140.23040.04880.176213.4343-2.27957.8437
42.35980.9987-0.02792.0516-0.5762.42390.1034-0.6466-0.1204-0.0513-0.2826-0.2458-0.15280.15360.17920.0287-0.01820.00990.34390.07520.16571.868-9.074321.3448
52.69791.3178-0.28963.3316-0.37241.99310.1233-1.0607-0.7007-0.1436-0.2268-0.11320.3851-0.23140.10350.1024-0.1145-0.01660.57260.31890.3157-13.8374-25.299628.1838
63.4084-0.2219-0.264610.7976-0.29842.75630.1737-0.8637-0.39480.0421-0.3582-0.17510.0696-0.24670.18450.0141-0.05280.00160.4330.14270.2003-13.5656-18.210125.0136
73.5497-2.528-3.229.66754.16143.4445-0.47910.2404-0.45180.33410.02040.45430.3137-0.1370.45860.2877-0.04040.09820.0881-0.02750.303439.9949-0.8102-14.0547
80.8081-0.6944-0.42551.97641.65093.2984-0.0968-0.0071-0.07840.10650.0458-0.05970.28460.13990.0510.17180.01490.05530.0470.00470.197744.40347.4363-8.6584
92.4077-0.8090.53773.4835-0.01472.73530.0086-0.0452-0.17760.0404-0.04220.15180.5918-0.08370.03370.2404-0.02580.05360.1011-0.0060.165438.902410.70556.0696
101.5474-0.8043-0.33881.51080.59222.9138-0.0749-0.0553-0.30150.1219-0.05760.10970.5493-0.0750.13260.1712-0.03360.05850.0790.03050.196438.526516.459418.015
110.97220.2062-0.09642.02740.3071.87850.0647-0.03570.13360.2091-0.06450.1984-0.1703-0.1177-0.00020.1332-0.01430.0680.10650.02670.190336.990836.893226.7784
124.6827-1.6462-0.88694.16560.70542.34130.12030.010.29540.2003-0.1960.5164-0.3813-0.32430.07580.19970.01880.09540.0926-0.02070.276233.182146.521126.8091
1313.38812.84093.98884.4782-0.17232.5294-0.23730.08690.57350.1045-0.0756-0.1142-0.1030.12440.31290.0665-0.0397-0.01640.20870.02660.24162.187936.952913.8854
141.86350.19711.08550.63740.45762.5836-0.03440.018-0.07290.00020.0453-0.09160.09220.2892-0.01090.0674-0.02650.01760.18580.02920.209857.788229.43348.2237
153.64030.2195-0.00880.95861.18863.1185-0.05380.11560.3264-0.17740.005-0.0838-0.43280.35770.04880.1474-0.06020.01190.15040.03940.170652.406433.051-7.5832
161.3912-0.96890.32251.7071-0.17554.0051-0.1040.01680.2987-0.0776-0.0267-0.2355-0.39070.27960.13070.1627-0.04080.02490.0760.00730.229543.597730.6928-17.4616
171.99470.39590.32971.0078-0.20022.0586-0.10550.04170.1131-0.10010.1190.1147-0.0903-0.2941-0.01360.1609-0.00750.03420.11460.04110.181728.589322.3663-26.1012
185.7986-1.10651.48582.4356-0.72762.3939-0.2395-0.08050.2385-0.0130.22960.3116-0.1031-0.66680.00990.0937-0.0210.01050.27230.07180.19616.926820.7526-26.072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2A60 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3A116 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4A167 - 250
5X-RAY DIFFRACTION5A251 - 321
6X-RAY DIFFRACTION6A322 - 342
7X-RAY DIFFRACTION7B36 - 51
8X-RAY DIFFRACTION8B52 - 115
9X-RAY DIFFRACTION9B116 - 158
10X-RAY DIFFRACTION10B159 - 211
11X-RAY DIFFRACTION11B212 - 300
12X-RAY DIFFRACTION12B301 - 342
13X-RAY DIFFRACTION13C36 - 51
14X-RAY DIFFRACTION14C52 - 115
15X-RAY DIFFRACTION15C116 - 166
16X-RAY DIFFRACTION16C167 - 206
17X-RAY DIFFRACTION17C207 - 300
18X-RAY DIFFRACTION18C301 - 342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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