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- PDB-4at6: Fab fragment of antiporphyrin antibody 14H7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4at6
タイトルFab fragment of antiporphyrin antibody 14H7
要素
  • FAB 14H7 HEAVY CHAIN
  • FAB 14H7 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / METALLOPORPHYRIN / CATALYTIC ANTIBODY / PEROXIDASE
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.549 Å
データ登録者Golinelli-Pimpaneau, B. / Mahy, J.P.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Two Anti-Porphyrin Antibodies with Peroxidase Activity.
著者: Munoz Robles, V. / Marechal, J. / Bahloul, A. / Sari, M. / Mahy, J. / Golinelli-Pimpaneau, B.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996
タイトル: Artificial Peroxidase-Like Hemoproteins Based on Antibodies Constructed from a Specifically Designed Ortho-Carboxy Substituted Tetraarylporphyrin Hapten and Exhibiting a High Affinity for Iron-Porphyrins.
著者: Quilez, R. / De Lauzon, S. / Desfosses, B. / Mansuy, D. / Mahy, J.P.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: Studies of the Reactivity of Artificial Peroxidase-Like Hemoproteins Based on Antibodies Elicited Against a Specifically Designed Ortho-Carboxy Substituted Tetraarylporphyrin.
著者: De Lauzon, S. / Desfosses, B. / Mansuy, D. / Mahy, J.P.
履歴
登録2012年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22015年3月18日Group: Database references
改定 1.32015年9月23日Group: Data collection
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
B: FAB 14H7 LIGHT CHAIN
C: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
D: FAB 14H7 LIGHT CHAIN
E: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
F: FAB 14H7 LIGHT CHAIN
G: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
H: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
I: FAB 14H7 LIGHT CHAIN
J: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
K: FAB 14H7 LIGHT CHAIN
L: FAB 14H7 LIGHT CHAIN
M: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
N: FAB 14H7 LIGHT CHAIN
O: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
P: FAB 14H7 LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,08616
ポリマ－365,08616
非ポリマー00
水6,467359
1
A: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
B: FAB 14H7 LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6362
ポリマ－45,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-23.7 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
2
C: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
D: FAB 14H7 LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6362
ポリマ－45,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-24.8 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
3
E: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
F: FAB 14H7 LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6362
ポリマ－45,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-23.2 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
4
G: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
I: FAB 14H7 LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6362
ポリマ－45,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-27.2 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
5
H: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
L: FAB 14H7 LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6362
ポリマ－45,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-23.8 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
6
J: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
K: FAB 14H7 LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6362
ポリマ－45,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-25.7 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
7
M: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
N: FAB 14H7 LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6362
ポリマ－45,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-25.4 kcal/mol
Surface area19690 Å2
手法PISA
8
O: FAB 14H7 HEAVY CHAIN
P: FAB 14H7 LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6362
ポリマ－45,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-23.5 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.203, 228.160, 146.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99998, 0.00174, 0.00552), (-0.00179, 0.99995, 0.01013), (-0.00551, -0.01014, 0.9999)-28.6368, -114.8162, -71.16735
2given(-0.99993, -0.0043, 0.01109), (0.00429, -0.99999, -0.00057), (0.01109, -0.00053, 0.99994)56.924, 221.69186, -0.45605
3given(-0.99999, 0.00149, 0.00429), (-0.00143, -0.99989, 0.01451), (0.00431, 0.01451, 0.99989)83.29621, 334.41403, -77.6745
4given(0.99999, 0.00013, -0.00459), (6.0E-5, -0.9999, -0.01438), (-0.00459, 0.01437, -0.99989)6.29364, 223.56726, 143.73276
5given(0.99996, -0.00197, -0.00828), (-0.00197, -1, 0.00102), (-0.00828, -0.00101, -0.99997)-19.86416, 334.85321, 219.99602
6given(-0.99951, 0.00597, -0.03067), (0.00566, 0.99993, 0.01011), (0.03073, 0.00993, -0.99948)52.7506, -229.38753, 143.23685
7given(-0.99959, 0.00346, -0.02849), (0.00287, 0.99978, 0.02069), (0.02855, 0.0206, -0.99938)82.67383, -345.29367, 210.2587
8given(0.99999, -0.00165, -0.00463), (0.0017, 0.99995, 0.00973), (0.00462, -0.00974, 0.99994)-27.14069, -114.91891, -71.53188
9given(-0.99998, -0.00152, 0.00656), (0.00158, -0.99995, 0.01027), (0.00654, 0.01028, 0.99993)56.35285, 221.65279, -2.13283
10given(-0.99983, 0.01367, -0.01252), (-0.01378, -0.99986, 0.00947), (-0.01239, 0.00964, 0.99988)80.95904, 335.77966, -74.75822
11given(0.99937, 0.02064, 0.02897), (0.02021, -0.99968, 0.01518), (0.02927, -0.01459, -0.99946)-2.13621, 219.69167, 149.46565
12given(0.99945, 0.02054, 0.0261), (0.01953, -0.99907, 0.03836), (0.02687, -0.03783, -0.99892)-33.92951, 326.4978, 230.21596
13given(-0.99958, 0.01141, -0.02661), (0.01225, 0.99942, -0.03168), (0.02623, -0.03199, -0.99914)51.12217, -224.4111, 154.2587
14given(-0.99965, 0.00573, -0.02585), (0.00627, 0.99976, -0.02085), (0.02573, -0.02101, -0.99945)81.5119, -337.38531, 226.04016

-
要素

#1: 抗体
FAB 14H7 HEAVY CHAIN


分子量: 22912.578 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MURINE HYBRIDOMA
#2: 抗体
FAB 14H7 LIGHT CHAIN


分子量: 22723.164 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MURINE HYBRIDOMA
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 25% PEG 4000, 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.499
反射解像度: 2.55→20 Å / Num. obs: 112207 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.19 % / Biso Wilson estimate: 45.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.36
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 1.17 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1MFA AND 1MF

1mfa


解像度: 2.549→16.652 Å / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 40.46 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: RESIDUES H1-H6, A1-A5, C1-C8, E1-E8, G1-G5, J1-J5, M1-M7, O1-O7, G23-G29, J24-J28, M23-M29, O23-28 THAT ARE DISORDERED WERE NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3281 5292 4.7 %
Rwork0.2791 --
obs0.2813 111576 93.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.775 Å2 / ksol: 0.487 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.7717 Å20 Å21.9074 Å2
2---0.4619 Å20 Å2
3---9.2336 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.549→16.652 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24879 0 0 359 25238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00325526
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74734932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9038803
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5677-2.61050.34312350.31574671X-RAY DIFFRACTION84
2.6105-2.65640.34562400.30764863X-RAY DIFFRACTION85
2.6564-2.70560.36452330.31934789X-RAY DIFFRACTION85
2.7056-2.75870.37532410.31844816X-RAY DIFFRACTION85
2.7587-2.81630.37332480.30254950X-RAY DIFFRACTION87
2.8163-2.8790.36472510.30324887X-RAY DIFFRACTION87
2.879-2.94760.32622490.29545038X-RAY DIFFRACTION88
2.9476-3.02330.31772520.2945010X-RAY DIFFRACTION89
3.0233-3.10740.382560.28935091X-RAY DIFFRACTION90
3.1074-3.20180.3552500.28925022X-RAY DIFFRACTION89
3.2018-3.30880.29292600.28055223X-RAY DIFFRACTION91
3.3088-3.43160.30582540.27665126X-RAY DIFFRACTION91
3.4316-3.5750.31172530.27235227X-RAY DIFFRACTION92
3.575-3.74590.34582530.25825300X-RAY DIFFRACTION93
3.7459-3.9550.30862610.24815255X-RAY DIFFRACTION93
3.955-4.22020.29822600.23745299X-RAY DIFFRACTION94
4.2202-4.57480.29732600.22835328X-RAY DIFFRACTION93
4.5748-5.08990.30212510.2335343X-RAY DIFFRACTION93
5.0899-5.960.34922540.25155285X-RAY DIFFRACTION94
5.96-8.12690.36372480.29375375X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.2178 Å / Origin y: 224.0761 Å / Origin z: 109.6263 Å
111213212223313233
T0.255 Å20.0355 Å2-0.0345 Å2-0.3288 Å2-0.0015 Å2--0.2505 Å2
L0.0089 °20.0181 °2-0.0001 °2-0.0239 °2-0.0168 °2---0.014 °2
S-0.0237 Å °0.0029 Å °0.0162 Å °0.0188 Å °0.0451 Å °0.0329 Å °-0.0079 Å °0.0003 Å °-0.0172 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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