PDB-4arb: Mus musculus Acetylcholinesterase in complex with (S)-C5685 at 2....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4arb

タイトル

Mus musculus Acetylcholinesterase in complex with (S)-C5685 at 2.25 A resolution.

要素

ACETYLCHOLINESTERASE

キーワード

HYDROLASE / ENATIOMERS / INHIBITOR / CHEMICAL LEAD

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / positive regulation of dendrite morphogenesis / acetylcholine receptor signaling pathway / choline metabolic process / osteoblast development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Berg, L. / Niemiec, M.S. / Qian, W. / Andersson, C.D. / WittungStafshede, P. / Ekstrom, F. / Linusson, A.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: Similar But Different: Thermodynamic and Structural Characterization of a Pair of Enantiomers Binding to Acetylcholinesterase.
著者: Berg, L. / Niemiec, M.S. / Qian, W. / Andersson, C.D. / Wittung-Stafshede, P. / Ekstrom, F. / Linusson, A.

履歴

登録	2012年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月16日	Group: Database references
改定 2.0	2018年1月17日	Group: Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop / diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.1	2018年2月28日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 2.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4arb.cif.gz	447.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4arb.ent.gz	367.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4arb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4araC 1j06S 1c2b 1c2o 1j07 1ku6 1maa 1mah 1n5m 1n5r 1q83 1q84 2c0p 2c0q 2h9y 2ha0 2ha2 2ha3 2ha4 2ha5 2ha6 2ha7 2jey 2jez 2jf0 2jge 2jgf 2jgi 2jgj 2jgk 2jgl 2jgm 2whp 2whq 2whr 2wls 2wu3 2wu4 2xud 2xuf 2xug 2xuh 2xui 2xuj 2xuk 2xuo 2xup 2xuq 2y2u 2y2v 4a16 4a23 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2whq-d 4btl-d 2y2v-d 1n5r-d 1j06-d 4b83-d 6fsd-d 4b82-d 2ha3-d 4m0e-d 2xuh-d 2xui-d 2jgm-d 5ehn-d 2whr-d 2wu4-d 4ara-d 2y2u-d 2xuq-d 6o4w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: ACETYLCHOLINESTERASE

B: ACETYLCHOLINESTERASE

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.926, 111.781, 227.071
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB

#1: タンパク質

ACETYLCHOLINESTERASE / ACHE

分子量: 60233.984 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 32-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 998分子

#2: 化合物	ChemComp-C57 / 4-(DIMETHYLAMINO)-N-{[(2S)-1-ETHYLPYRROLIDIN-2-YL]METHYL}-2-METHOXY-5-NITROBENZAMIDE 分子量: 350.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₆N₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 989 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	4-(DIMETHYLAMINO)-N-{[(2R)-1-ETHYLPYRROLIDIN- 2-YL]METHYL}-2-METHOXY-5-NITROBENZAMIDE (568): ...4-(DIMETHYLAMINO)-N-{[(2R)-1-ETHYLPYRROLIDIN- 2-YL]METHYL}-2-METHOXY-5-NITROBENZAMIDE (568): CORRESPONDING TO LIGAND C57 IN THE RACEMIC STRUCTURE 4A23

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 30 % (V/V) POLYETHELENEGLYCOLEMONOMETHYLETHER, pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.039
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月29日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: RH-COATED SI MIRROR, BENT FOR VERTICAL COLLIMATION プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.039 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→29.1 Å / Num. obs: 96077 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 41.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J06

1j06

解像度: 2.25→28.806 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	1893	2 %
R_work	0.1715	-	-
obs	0.1722	95904	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 70.323 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.3384 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.5156 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.8539 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→28.806 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8295	0	153	989	9437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	11969
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.664	3166
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1571

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.3063	0.3242	131	0.2599	6602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3063-2.3686	0.2971	134	0.2439	6643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3686-2.4382	0.277	133	0.2287	6642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4382-2.5169	0.2571	119	0.2191	6652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5169-2.6068	0.2633	138	0.2015	6676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6068-2.7111	0.2734	150	0.2006	6664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7111-2.8344	0.237	138	0.2025	6650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8344-2.9837	0.2343	133	0.1808	6704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9837-3.1704	0.2106	153	0.1752	6685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1704-3.4148	0.2124	115	0.1804	6729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4148-3.7578	0.197	148	0.1627	6713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7578-4.3	0.177	131	0.1354	6779	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-5.4117	0.1495	133	0.1288	6819	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4117-28.8081	0.2016	137	0.1742	7053	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2391	0.0017	-0.0694	0.175	-0.0483	1.0047	-0.0438	-0.0881	0.0254	0.0719	0.0221	-0.0443	0.0516	0.0421	0	0.2646	0.0076	-0.0112	0.2397	0.0323	0.2736	31.2088	11.2991	28.9999
2	1.0184	0.2585	-0.1056	0.0643	-0.4797	1.2735	-0.0891	0.213	-0.089	-0.0831	-0.0196	-0.0817	0.2389	0.2579	0	0.2642	0.0414	0.0194	0.2348	0.0199	0.3165	40.5221	9.9315	10.2869
3	0.4685	-0.0506	0.2512	0.3454	-0.2481	1.8033	-0.0321	0.0905	0.0152	-0.0809	0.0074	0.0865	0.0158	-0.2667	0	0.2307	-0.0206	-0.0072	0.2595	0.0204	0.2875	18.7065	17.4241	6.4363
4	0.1025	-0.1197	0.1317	0.198	-0.0917	0.1138	-0.0452	0.198	-0.1113	-0.1038	0.0938	0.5021	0.6675	-0.8945	0.0004	0.3952	-0.1935	-0.0118	0.5363	0.0467	0.4444	6.9359	1.3383	13.5125
5	0.2836	-0.156	0.4453	-0.0757	-0.13	0.5231	0.1991	-0.0153	0.0005	-0.2693	-0.1343	0.2499	-0.0638	0.0471	0	0.3523	-0.0561	-0.058	0.428	-0.0034	0.384	17.2854	6.3249	-1.0277
6	0.247	-0.0083	0.3197	0.496	0.1435	0.7685	-0.0289	0.2933	-0.021	-0.2022	-0.0718	-0.0605	-0.0268	-0.2764	-0	0.3031	0.0569	-0.0669	0.4555	-0.076	0.3374	-3.6209	6.1949	-61.79
7	-0.1448	0.064	0.1585	0.4353	0.188	0.4277	0.0551	0.2136	-0.1023	-0.0542	-0.0798	0.0205	0.2582	0.0331	0	0.4212	-0.001	-0.0408	0.4162	-0.0815	0.3377	5.2144	-4.2019	-52.952
8	0.1928	0.2255	0.4407	0.3626	0.2671	1.4111	0.0477	0.1461	-0.1781	-0.0732	-0.0485	0.0562	0.1067	-0.1163	-0	0.2692	0.0047	-0.0364	0.3304	-0.0659	0.2832	3.9177	4.0898	-50.9208
9	0.2609	0.0051	-0.336	0.2579	0.279	0.476	0.0297	0.108	-0.0077	-0.0268	0.0297	0.0254	-0.1421	0.0455	0	0.3195	0.0167	-0.0162	0.3344	-0.0299	0.3006	9.1949	13.3797	-48.2655
10	0.2473	-0.2345	0.242	0.4135	-0.1041	0.2147	0.0813	0.1012	-0.0585	0.2057	0.0516	-0.109	0.3595	0.6006	0	0.405	0.1291	-0.0919	0.4446	-0.0748	0.3683	24.0118	-8.3606	-45.956
11	0.6304	-0.3974	0.1829	0.5318	0.6252	1.1269	0.0742	0.0264	0.0674	0.0471	0.009	-0.0498	0.0264	0.1718	-0.0001	0.2984	-0.039	-0.0315	0.2801	-0.0576	0.3343	14.8863	10.7038	-36.7752
12	0.4761	0.0122	0.2987	0.2269	0.4391	1.5145	0.1166	-0.0545	-0.0072	0.184	-0.1111	0.0591	0.2369	-0.126	-0	0.3423	-0.05	-0.0111	0.2729	-0.0231	0.3089	4.6017	2.4875	-26.6503
13	0.1251	-0.0622	-0.2261	0.2306	0.144	0.3656	0.0779	-0.1933	0.508	0.1458	-0.0633	0.3032	-0.2831	-0.1344	-0.0002	0.3392	0.0112	0.0035	0.2581	-0.054	0.3472	-1.4034	22.5491	-28.6421
14	0.0624	0.0085	0.2249	0.0994	-0.0175	0.5935	0.1209	-0.0032	-0.0857	0.0694	-0.101	0.1504	-0.0121	0.1605	-0	0.3579	0.0065	-0.0014	0.4036	-0.0193	0.2966	13.1696	11.3791	-21.5857

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:228)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 229:331)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 332:486)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 487:513)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 514:542)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 4:45)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 46:86)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 87:170)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 171:237)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 238:300)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 301:341)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 342:486)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 487:513)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 514:543)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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