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- PDB-4ar4: Neutron crystallographic structure of the reduced form perdeutera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ar4
タイトルNeutron crystallographic structure of the reduced form perdeuterated Pyrococcus furiosus rubredoxin to 1.38 Angstrom resolution.
要素Rubredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / PERDEUTERATED / MONOCHROMATIC NEUTRON CRYSTALLOGRAPHY / HYDRONIUM / PROTONATION STATE
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
trideuteriooxidanium / : / DEUTERATED WATER / : / Rubredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 1.381 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Mason, S.A. / Blakeley, M.P. / Mitchell, E.P. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Near-Atomic Resolution Neutron Crystallography on Perdeuterated Pyrococcus Furiosus Rubredoxin: Implication of Hydronium Ions and Protonation State Equilibria in Redox Changes.
著者: Cuypers, M.G. / Mason, S.A. / Blakeley, M.P. / Mitchell, E.P. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T.
履歴
登録2012年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22013年8月14日Group: Atomic model
改定 1.32017年3月22日Group: Atomic model / Data collection / Structure summary
改定 1.42019年8月28日Group: Data collection / カテゴリ: reflns
Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI
改定 2.02021年6月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _citation.journal_id_ASTM ..._chem_comp.formula / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1808
ポリマ－6,0321
非ポリマー1487
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9090 Å2
ΔGint40 kcal/mol
Surface area6170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.375, 35.183, 43.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rubredoxin / Rd


分子量: 6031.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: REDUCED STATE (FE II), HYDRONIUM IONS, CARBOXYLIC DEUTERONS
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: rub, PF1282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24297
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-D8U / deuterium(1+)


分子量: 2.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: D
#4: 化合物
ChemComp-D3O / trideuteriooxidanium / perdeuterated oxonium


分子量: 22.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: D3O
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
配列の詳細M IN POSITION 0

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 15.08 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.2 / 詳細: pH 6.2

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データ収集

放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: ILL / ビームライン: D19 / 波長: 2.42
検出器タイプ: INSTITUT LAUE LANGEVIN DETECTOR GROUP / 検出器: 5ATM 3HE, CURVED 120X30 DEGREES / 詳細: BORON CARBIDE BEAM DEFINING APERTURES
放射モノクロメーター: PYROLYTIC GRAPHITE (002) / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 2.42 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→27.42 Å / Num. obs: 10521 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 12.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
RETREATデータ削減
RETREATデータスケーリング
精密化解像度: 1.381→27.465 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.14 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE HIGH HYGROSCOPICITY OF SODIUM DITHIONITE ADDED TO THE CRYSTAL FOR FE REDUCTION LEADS TO THE INTRODUCTION OF EXCHANGEABLE H AND D ATOM POSITIONS DESPITE EFFORTS TO AVOID THE PRESENCE OF HYDROGEN ATOMS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 505 4.8 %
Rwork0.1861 --
obs0.1881 10500 91.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.158 Å2 / ksol: 0.6 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5527 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3---0.4326 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.381→27.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数421 0 5 104 530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0051120
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d0.8651873
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.09257
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06564
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.006186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3812-1.52020.41661230.35962306NEUTRON DIFFRACTION87
1.5202-1.74010.25681140.22032486NEUTRON DIFFRACTION92
1.7401-2.19220.20711390.14852538NEUTRON DIFFRACTION94
2.1922-27.47020.19351290.16562665NEUTRON DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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