PDB-3hm3: The Structure and conformation of Lys-63 linked tetra-ubiquitin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hm3

タイトル

The Structure and conformation of Lys-63 linked tetra-ubiquitin

要素

Ubiquitin

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Ubiquitin chain / Lys63-linked / tetrameric ubiquitin / Isopeptide bond / Nucleus / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / protein modification process => GO:0036211 / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation ...: / : / protein modification process => GO:0036211 / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Maturation of protein E / Maturation of protein E / cytosolic ribosome / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / VLDLR internalisation and degradation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Regulation of signaling by CBL / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of DVL / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Negative regulation of FGFR3 signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Fanconi Anemia Pathway / Peroxisomal protein import / Degradation of AXIN / Regulation of TNFR1 signaling
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Datta, A.B. / Hura, G.L. / Wolberger, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The structure and conformation of Lys63-linked tetraubiquitin.
著者: Datta, A.B. / Hura, G.L. / Wolberger, C.

履歴

登録	2009年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hm3.cif.gz	80.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hm3.ent.gz	62.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hm3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hm3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ubqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2kox-d 2kn5-d 6v5d-d 6exx-d 2mi8-d 5m93-3 22 2znv-3 2pku-d 5dk8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin

B: Ubiquitin

C: Ubiquitin

D: Ubiquitin

ヘテロ分子

34.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ubiquitin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.71 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ubiquitin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.64 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ubiquitin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.71 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ubiquitin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.64 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.882, 105.882, 105.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	D
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PHE	PHE	ASN	ASN	2	B	B	4 - 60	4 - 60
2	1	1	PHE	PHE	ASN	ASN	2	D	D	4 - 60	4 - 60
1	2	1	SER	SER	ARG	ARG	2	B	B	65 - 72	65 - 72
2	2	1	SER	SER	ARG	ARG	2	D	D	65 - 72	65 - 72
1	1	2	PHE	PHE	ASN	ASN	2	A	A	4 - 60	4 - 60
2	1	2	PHE	PHE	ASN	ASN	2	C	C	4 - 60	4 - 60
1	2	2	SER	SER	ARG	ARG	2	A	A	65 - 72	65 - 72
2	2	2	SER	SER	ARG	ARG	2	C	C	65 - 72	65 - 72
1	1	3	LEU	LEU	LYS	LYS	5	A	A	15 - 27	15 - 27
2	1	3	LEU	LEU	LYS	LYS	5	B	B	15 - 27	15 - 27
3	1	3	LEU	LEU	LYS	LYS	5	C	C	15 - 27	15 - 27
4	1	3	LEU	LEU	LYS	LYS	5	D	D	15 - 27	15 - 27
1	2	3	GLN	GLN	PHE	PHE	5	A	A	40 - 45	40 - 45
2	2	3	GLN	GLN	PHE	PHE	5	B	B	40 - 45	40 - 45
3	2	3	GLN	GLN	PHE	PHE	5	C	C	40 - 45	40 - 45
4	2	3	GLN	GLN	PHE	PHE	5	D	D	40 - 45	40 - 45
1	3	3	LEU	LEU	ILE	ILE	5	A	A	50 - 61	50 - 61
2	3	3	LEU	LEU	ILE	ILE	5	B	B	50 - 61	50 - 61
3	3	3	LEU	LEU	ILE	ILE	5	C	C	50 - 61	50 - 61
4	3	3	LEU	LEU	ILE	ILE	5	D	D	50 - 61	50 - 61
1	4	3	THR	THR	LEU	LEU	5	A	A	66 - 69	66 - 69
2	4	3	THR	THR	LEU	LEU	5	B	B	66 - 69	66 - 69
3	4	3	THR	THR	LEU	LEU	5	C	C	66 - 69	66 - 69
4	4	3	THR	THR	LEU	LEU	5	D	D	66 - 69	66 - 69

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Ubiquitin 分子量: 8576.831 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS27A, UBA80, UBCEP1, UBA52, UBCEP2, UBB, UBC / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62988, UniProt: P0CG48*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium acetate, 5% PEG 3000, 50 mM Zinc acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9002 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.96→25.68 Å / Num. obs: 28616 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 42.9 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 54.367

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.96-2.01	43.1	0.902	1	100
2.01-2.06	43.3	0.702	1	100
2.06-2.11	43.4	0.548	1	100
2.11-2.17	43.5	0.434	1	100
2.17-2.24	43.6	0.344	1	100
2.24-2.32	43.6	0.286	1	100
2.32-2.42	43.7	0.222	1	100
2.42-2.53	43.7	0.18	1	100
2.53-2.66	43.7	0.152	1	100
2.66-2.83	43.6	0.123	1	100
2.83-3.04	43.5	0.103	1	100
3.04-3.35	43.2	0.092	1	100
3.35-3.84	42.7	0.081	1	100
3.84-4.83	40.4	0.061	1	99.9
4.83-50	38.6	0.046	1	94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UBQ

1ubq

解像度: 1.96→25.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 7.252 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23611	1448	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18569	-	-	-
obs	0.1882	27141	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.133 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→25.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2404	0	6	209	2619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.885	1.994	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.008	3	4471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.573	5	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.892	25.254	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.208	15	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.941	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2789
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.103	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.195	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.378	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.291	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.238	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.046	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.271	1.5	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.348	1.5	615
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.634	2	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.923	3	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.225	4.5	873
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	383	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	383	tight positional	0.02	0.05
1	1	B	509	medium positional	0.73	0.5
2	1	A	486	medium positional	0.26	0.5
3	1	A	189	medium positional	0.1	0.5
3	2	B	189	medium positional	0.1	0.5
3	3	C	189	medium positional	0.11	0.5
3	4	D	189	medium positional	0.11	0.5
3	1	A	233	loose positional	0.42	5
3	2	B	233	loose positional	0.54	5
3	3	C	233	loose positional	0.45	5
3	4	D	233	loose positional	0.75	5
1	1	B	383	tight thermal	0.12	0.5
2	1	A	383	tight thermal	0.13	0.5
1	1	B	509	medium thermal	0.56	2
2	1	A	486	medium thermal	0.42	2
3	1	A	189	medium thermal	0.61	2
3	2	B	189	medium thermal	0.63	2
3	3	C	189	medium thermal	0.63	2
3	4	D	189	medium thermal	0.6	2
3	1	A	233	loose thermal	1.38	10
3	2	B	233	loose thermal	1.51	10
3	3	C	233	loose thermal	1.41	10
3	4	D	233	loose thermal	1.31	10

LS精密化シェル

解像度: 1.96→2.01 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	101	-
R_work	0.201	1986	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1851	0.62	-1.8968	5.8836	2.0694	5.6652	-0.0973	-0.1811	0.0178	-0.3919	0.2617	-0.4503	-0.0799	0.4082	-0.1643	-0.2142	-0.0146	0.0788	-0.2154	-0.0333	-0.2328	65.15	104.4568	-8.3844
2	27.6342	7.3592	-9.213	48.4461	25.0188	19.307	-1.3682	-0.9066	1.9022	-0.2988	1.1423	-0.169	-1.6609	-0.4303	0.2259	0.0815	-0.0665	-0.1197	0.1347	0.0276	0.2421	76.9964	117.1411	-9.8929
3	7.176	1.7969	-0.3084	5.7935	0.7757	5.1232	-0.0634	-0.1437	-0.3734	0.0004	0.1009	-0.1934	0.0132	0.0464	-0.0376	-0.1878	-0.0413	-0.0083	-0.2153	0.0254	-0.153	50.0589	67.2469	-6.463
4	20.7855	16.1192	14.8239	45.4594	44.4604	51.45	-0.008	-2.0767	1.3891	1.1012	-0.0612	0.0225	-0.2767	-0.1117	0.0693	0.027	0.0371	-0.0115	0.0648	-0.1269	0.1308	57.3004	81.6387	-2.3323
5	6.215	0.3551	-1.9972	6.3373	1.868	5.6054	0.2665	-0.3776	0.4538	-0.1651	-0.1031	-0.0359	-0.4077	0.0916	-0.1634	-0.2144	-0.0186	0.0359	-0.2217	-0.0774	-0.2313	25.0448	38.6747	-18.0808
6	51.2139	-7.1171	-41.3215	77.5137	-0.4831	33.8464	0.8493	0.4514	1.4319	-0.7496	-0.1701	-2.1042	0.401	0.3431	-0.6792	0.1552	-0.1068	0.0178	0.1474	0.1525	0.2006	37.7342	50.3819	-16.8016
7	5.7288	1.7079	-0.842	7.3063	0.3592	4.6049	0.0837	-0.0202	0.2287	-0.0975	-0.1042	0.3715	-0.0786	-0.0458	0.0206	-0.202	-0.0395	-0.0231	-0.1833	0.0081	-0.1565	-12.1553	23.5689	-20.0081
8	51.5448	9.3552	-39.569	23.4364	-17.5284	35.3004	0.6665	0.8905	0.3696	-2.3046	-0.479	-0.98	0.3947	0.0543	-0.1876	0.1141	-0.0212	0.1797	0.0058	-0.0631	0.1272	2.3104	30.7882	-23.9149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	64 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	64 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	71 - 76
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	64 - 70
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	71 - 76
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	64 - 70
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	71 - 76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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