PDB-4alm: Crystal structure of S. aureus FabI (P43212)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4alm

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI (P43212)

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Staphylococcus Aureus Fabi: Inhibition, Substrate Recognition and Potential Implications for in Vivo Essentiality
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Lu, H. / Baxter, M.V. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

履歴

登録	2012年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4alm.cif.gz	394 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4alm.ent.gz	326.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4alm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/4alm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/4alm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aliC 4aljC 4alkC 4allSC 4alnC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wx2-d 4o3a-d 6kr4-1 4bnu-d 6ell-d 1d5a-d 3c3n-d 3ek7-1 4fxd-2 4gop-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

126 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.490, 87.490, 307.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 2 TO VAL ENGINEERED ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 2 TO VAL

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.82 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5 詳細: 1.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.0, 1% ETHANOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.919
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 44583 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 45.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.6.4_486)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALL

4all

解像度: 2.45→48.177 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2516	2228	5 %
R_work	0.1847	-	-
obs	0.188	44548	98.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.03 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.3064 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.3064 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.6128 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→48.177 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7541	0	65	214	7820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.981	10373
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.267	2836
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1185
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4501-2.5376	0.3189	220	0.249	4170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5376-2.6392	0.3193	221	0.2239	4196	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6392-2.7593	0.3096	220	0.2067	4165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7593-2.9048	0.2558	220	0.1852	4210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9048-3.0868	0.2749	221	0.1812	4189	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0868-3.3251	0.243	222	0.1741	4206	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3251-3.6596	0.2349	223	0.1663	4241	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6596-4.1888	0.2165	223	0.1509	4244	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1888-5.2765	0.2044	224	0.155	4257	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2765-48.1861	0.2888	234	0.2264	4442	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3995	0.0798	1.6849	0.388	1.0684	6.4559	-0.3924	1.2222	-0.1685	0.2173	-0.1899	0.2079	0.2856	0.4738	0.5493	0.8939	0.3032	0.0764	0.8227	-0.053	0.2279	-31.5264	-12.3457	-6.2088
2	2.3912	-1.3509	0.2602	2.5522	-1.0259	2.4661	0.0569	0.2651	0.1903	-0.4911	-0.1194	0.2121	-0.6498	-0.4354	0.0783	0.3721	0.1307	-0.0541	0.3667	-0.0026	0.2269	-56.2484	18.7587	9.1168
3	0.312	-0.6016	-0.345	1.3613	-0.3233	3.2438	-0.0415	0.0947	0.1117	0.0782	0.0456	-0.0484	-0.5982	0.3784	-0.007	0.3062	0.0506	0.0154	0.4476	0.0044	0.2233	-49.3835	16.2218	26.1681
4	1.239	0.0023	-0.4545	2.0269	0.1061	0.2969	0.0523	-0.2863	-0.0792	-0.0364	-0.2093	-0.1491	0.1917	0.1854	0.131	0.2742	0.0522	0.0063	0.3545	-0.0258	0.1575	-43.3552	7.6809	14.3306
5	2.6289	-1.5223	-0.7361	2.6647	0.0401	0.3116	-0.0671	-0.5955	-0.0977	0.4539	0.1223	0.2295	-0.3338	-0.6149	-0.0323	0.3938	0.1103	0.0589	0.5067	-0.0243	0.1783	-58.8216	12.9663	60.4291
6	1.357	-0.7739	0.2156	1.2247	-0.2657	3.4265	0.093	0.0578	0.1518	-0.0001	-0.0644	0.0563	-0.2688	-0.4497	-0.1126	0.2736	0.1125	0.0917	0.2675	0.0045	0.1871	-55.4909	13.6098	42.8522
7	1.0591	1.5978	0.396	3.8842	2.5406	2.4413	0.1718	0.0862	0.0116	0.5967	-0.3031	-0.0467	0.8281	-0.8807	0.2381	0.702	-0.3651	-0.0638	0.7136	-0.0239	0.3689	-57.3144	-15.3431	45.5491
8	1.5947	0.7567	-0.203	1.8719	-0.8235	0.5459	0.1895	-0.3128	-0.1207	-0.09	-0.203	-0.0429	0.1016	0.0563	0.0441	0.3051	0.0416	-0.0323	0.271	0.0055	0.1838	-45.7325	3.1	53.0771
9	5.2055	-3.4325	-0.2296	3.4718	0.9637	0.5176	-0.587	-1.1108	-0.0091	1.0686	0.7037	0.1019	1.2359	0.1697	0.1301	0.5871	0.1182	0.0543	0.5068	0.1057	0.1244	-42.5954	-3.5939	69.542
10	1.5192	-0.5641	0.7088	1.5041	0.6217	0.8406	0.0986	-0.1309	0.1356	0.3567	-0.0944	-0.2684	0.5076	0.9756	0.0145	0.4222	0.2155	-0.1005	0.8314	0.0021	0.2269	-20.0942	-7.7453	59.7449
11	2.2487	0.1657	-0.4213	0.3879	0.0911	2.3522	0.1761	-0.0004	-0.1214	0.1284	-0.1116	0.0002	0.8242	0.7664	-0.1283	0.5879	0.3276	-0.0681	0.4455	-0.0534	0.2152	-28.9251	-11.336	45.3827
12	3.4265	3.7792	-2.6665	7.3717	-0.3923	4.0539	0.0937	-0.2127	1.0869	-1.0646	-0.0697	-0.2867	-0.3317	0.9671	-0.2293	0.3587	-0.1451	0.2438	0.4164	0.1194	0.8719	-22.2439	14.6982	47.5799
13	1.1093	0.3556	0.2525	2.2539	0.965	0.4008	0.0482	0.1748	0.1639	-0.4261	0.0304	0.2707	-0.0084	0.2974	0.0069	0.4319	0.0907	0.0119	0.3869	-0.0087	0.1476	-35.6107	1.5578	53.474
14	1.8414	-0.9759	-0.9937	1.4393	1.4268	2.2327	-0.1112	0.2739	-0.0416	-0.0327	0.0341	-0.1167	0.5149	0.5168	0.0603	0.3497	0.2281	0.0354	0.5055	-0.0412	0.1952	-28.2535	-12.1526	7.4807
15	1.1311	-0.0799	0.7798	1.4371	1.0624	2.5098	-0.2042	-0.1248	-0.079	0.3052	0.2804	0.0128	0.4737	0.1412	-0.0824	0.2639	0.2371	0.0104	0.3716	-0.047	0.121	-36.0436	-7.4862	22.1347

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID -17:0)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 1:100)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 101:220)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 221:252)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 1:95)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 96:187)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 188:220)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 221:250)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID -6:9)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN C AND RESID 10:71)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 72:189)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 190:219)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESID 220:253)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN D AND RESID -3:100)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN D AND RESID 101:256)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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