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- PDB-4ala: Structure of Dengue virus DIII in complex with Fab 2H12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ala
タイトルStructure of Dengue virus DIII in complex with Fab 2H12
要素
  • ENVELOPE PROTEIN
  • FAB 2H12 HEAVY CHAIN
  • FAB 2H12 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / NEUTRALISATION
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種DENGUE VIRUS 3 (デング熱ウイルス)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Midgley, C.M. / Flanagan, A. / Mongkolsapaya, J. / Grimes, J.M. / Screaton, G.R.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Structural Analysis of a Dengue Cross-Reactive Antibody Complexed with Envelope Domain III Reveals the Molecular Basis of Cross-Reactivity.
著者: Midgley, C.M. / Flanagan, A. / Tran, H.B. / Dejnirattisai, W. / Chawansuntati, K. / Jumnainsong, A. / Wongwiwat, W. / Duangchinda, T. / Mongkolsapaya, J. / Grimes, J.M. / Screaton, G.R.
履歴
登録2012年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: ENVELOPE PROTEIN
H: FAB 2H12 HEAVY CHAIN
L: FAB 2H12 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0997
ポリマ－57,7303
非ポリマー3684
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-36.3 kcal/mol
Surface area28340 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)40.590, 126.040, 52.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ENVELOPE PROTEIN / E GLYCOPROTEIN


分子量: 11134.793 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN III, RESIDUES 293-393 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DENGUE VIRUS 3 (デング熱ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7TGD1
#2: 抗体 FAB 2H12 HEAVY CHAIN


分子量: 23037.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B-CELLS / 器官: SPLEEN
#3: 抗体 FAB 2H12 LIGHT CHAIN


分子量: 23558.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B-CELLS / 器官: SPLEEN
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M DI-HYDROGEN PHOSPHATE, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.975
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→38 Å / Num. obs: 44605 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 26.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.84→1.88 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9526 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Blow DPI: 0.125 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.124
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2139 2228 5.03 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.1788 44332 96.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0944 Å20 Å2-0.7325 Å2
2--0.4357 Å20 Å2
3----1.53 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.243 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3822 0 24 449 4295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013951HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.145379HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1305SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes83HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes558HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3951HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion537SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4704SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.89 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 138 5.1 %
Rwork0.237 2567 -
all0.2389 2705 -
obs--96.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22721.38530.90321.54260.63935.439-0.16720.0825-0.0657-0.28090.0233-0.05610.53620.10680.14390.04140.00770.0526-0.114-0.0313-0.084912.644232.9806-5.087
20.10361.58740.84175.525-0.91814.5497-0.0226-0.001-0.0875-0.05330.0106-0.03830.2209-0.19660.01190.055-0.07990.12930.058-0.0382-0.08097.909325.5336-1.8932
3-0.2531-0.02511.219800.53650.7808-0.00270.0776-0.0013-0.009-0.01390.14920.0157-0.09030.01660.05040.0036-0.0028-0.0445-0.0821-0.03555.858733.892-4.5509
40.7414-1.5288-2.86181.6539-0.0973-0.5820.00620.0005-0.1617-0.0255-0.1119-0.16070.0780.250.1057-0.02420.13640.1891-0.02070.00350.085321.310728.2101-4.6125
50.6606-1.7074-0.11221.55370.04270.7415-0.0142-0.01080.1721-0.1305-0.0103-0.1414-0.22320.07910.02450.0253-0.0383-0.0631-0.0870.0307-0.061710.891662.38678.5541
60.7165-0.36450.17311.23170.30781.835-0.05740.0109-0.0237-0.1847-0.00470.0122-0.2150.04610.0621-0.0688-0.0379-0.0276-0.12770.0261-0.13249.554953.61687.4187
71.5799-1.0876-1.23843.34451.07336.73340.1535-0.10310.25080.06770.2649-0.13710.08990.3415-0.4185-0.11290.0267-0.0258-0.0349-0.0621-0.0395-7.160774.276229.6975
83.3506-0.2437-0.74353.9052-1.33160.6543-0.08020.10340.39760.05280.16820.0711-0.23810.1374-0.088-0.0476-0.04840.0257-0.0117-0.06730.0182-5.141582.390229.023
90.6896-0.0825-0.14651.30360.24473.0481-0.0967-0.0316-0.05180.1279-0.0428-0.03760.089-0.14240.13950.0227-0.0052-0.0179-0.0170.0078-0.01186.130941.917725.2238
100.82480.1313-0.48371.369-0.13634.2422-0.0202-0.1361-0.07710.1864-0.0562-0.1375-0.05510.20980.0764-0.0172-0.0257-0.0277-0.07410.0193-0.061311.87643.165325.5206
112.5315-1.71641.10332.1064-0.7892.44650.1478-0.0067-0.1190.01790.06570.22450.2987-0.112-0.2136-0.04730.0164-0.0651-0.0668-0.0022-0.0662-15.956565.290635.8484
121.7945-0.81640.8420.9861-0.23941.85280.1759-0.1219-0.14750.01280.02850.15780.3622-0.2908-0.2043-0.02020.014-0.05140.02680.0153-0.0088-18.733265.85635.102
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN C AND RESID 300-327)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN C AND RESID 328-360)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C AND RESID 361-368)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN C AND RESID 369-391)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN H AND RESID 1-27)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN H AND RESID 28-119)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN H AND RESID 120-194)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN H AND RESID 195-217)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN L AND RESID 1-44)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN L AND RESID 45-104)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN L AND RESID 105-155)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN L AND RESID 156-212)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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