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- PDB-4aez: Crystal Structure of Mitotic Checkpoint Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aez
タイトルCrystal Structure of Mitotic Checkpoint Complex
要素
  • MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD2
  • MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD3
  • WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN SLP1
キーワードCELL CYCLE / KEN-BOX / D-BOX / APC/C
機能・相同性
機能・相同性情報


meiosis I spindle assembly checkpoint signaling / metaphase/anaphase transition of meiosis II / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / metaphase/anaphase transition of meiosis I / mitotic checkpoint complex / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitotic spindle pole body ...meiosis I spindle assembly checkpoint signaling / metaphase/anaphase transition of meiosis II / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / metaphase/anaphase transition of meiosis I / mitotic checkpoint complex / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitotic spindle pole body / mitotic spindle microtubule / anaphase-promoting complex / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / anaphase-promoting complex binding / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / ubiquitin ligase activator activity / cell division site / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / ubiquitin ligase inhibitor activity / nuclear periphery / mitotic spindle / kinetochore / cell division / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #430 / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Mad2-like ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #430 / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitotic spindle checkpoint component mad2 / Mitotic spindle checkpoint component mad3 / WD repeat-containing protein slp1
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kulkarni, K.A. / Chao, W.C.H. / Zhang, Z. / Barford, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of the Mitotic Checkpoint Complex
著者: Chao, W.C.H. / Kulkarni, K.A. / Zhang, Z. / Kong, E.H. / Barford, D.
履歴
登録2012年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Other
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN SLP1
B: MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD2
C: MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD3
D: WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN SLP1
E: MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD2
F: MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD3
G: WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN SLP1
H: MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD2
I: MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,5249
ポリマ－281,5249
非ポリマー00
水5,729318
1
A: WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN SLP1
B: MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD2
C: MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8413
ポリマ－93,8413
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-20.5 kcal/mol
Surface area32540 Å2
手法PISA
2
D: WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN SLP1
E: MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD2
F: MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8413
ポリマ－93,8413
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-24.3 kcal/mol
Surface area29730 Å2
手法PISA
3
G: WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN SLP1
H: MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD2
I: MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8413
ポリマ－93,8413
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-25.2 kcal/mol
Surface area30540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.810, 286.900, 72.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 WD REPEAT-CONTAINING PROTEIN SLP1 / CDC20


分子量: 43980.910 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 88-488 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P78972
#2: タンパク質 MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD2 / MAD2


分子量: 23482.852 Da / 分子数: 3 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O14417
#3: タンパク質 MITOTIC SPINDLE CHECKPOINT COMPONENT MAD3 / MAD3


分子量: 26377.539 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 1-233 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O59767
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 12 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 133 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 12 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 133 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LEU 12 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, ARG 133 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, LEU 12 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, ARG 133 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED IN A HANGING-DROP FASHION BY PRE-INCUBATING 1:1 V/V OF 4.5 MG/ML OF PROTEIN WITH THE CRYSTALLIZATION SOLUTION, 100 MM TRIS-HCL PH 8.8, 21% PEG 3350, 30% ETHYLENE ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED IN A HANGING-DROP FASHION BY PRE-INCUBATING 1:1 V/V OF 4.5 MG/ML OF PROTEIN WITH THE CRYSTALLIZATION SOLUTION, 100 MM TRIS-HCL PH 8.8, 21% PEG 3350, 30% ETHYLENE GLYCOL, 5 MM DTT, AND 5 MM EDTA AT 20 OC FOR 24 HOURS, FOLLOWED BY STREAK SEEDING.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→62.96 Å / Num. obs: 110660 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 41.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2VFX, 2WVI, 3EMH

2vfx

2wvi

3emh


解像度: 2.3→62.957 Å / SU ML: 0.83 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DISORDERED REGIONS HAVE BEEN OMITTED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 1973 1.8 %
Rwork0.2207 --
obs0.2215 110586 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.44 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6148 Å20 Å21.766 Å2
2---2.3924 Å20 Å2
3----1.2223 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→62.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16578 0 0 318 16896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00616958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95923042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9225998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072557
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042957
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35750.37041320.30987767X-RAY DIFFRACTION100
2.3575-2.42130.36521450.29847785X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.49250.33391350.27447740X-RAY DIFFRACTION100
2.4925-2.5730.34911270.25377791X-RAY DIFFRACTION100
2.573-2.6650.28691340.22967747X-RAY DIFFRACTION100
2.665-2.77170.31721480.22327742X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.89780.28461560.22577744X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-3.05060.2511550.2177728X-RAY DIFFRACTION100
3.0506-3.24170.25141400.21277770X-RAY DIFFRACTION100
3.2417-3.4920.22581420.21367759X-RAY DIFFRACTION100
3.492-3.84330.25581490.20317756X-RAY DIFFRACTION100
3.8433-4.39940.23921460.19377752X-RAY DIFFRACTION100
4.3994-5.54220.25121270.1967797X-RAY DIFFRACTION100
5.5422-62.98050.2711370.24257735X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.808-3.8174-2.07474.98412.22231.03960.18910.1326-0.1964-0.0276-0.2065-0.31970.1542-0.3520.00910.3723-0.0475-0.13470.497-0.00310.26574.8867-14.308850.7481
21.89610.60050.16283.1097-0.72353.1965-0.13170.09870.4298-0.3520.10090.0749-0.3266-0.3226-0.05370.18310.0583-0.03710.22110.00880.2288-21.199414.693110.086
33.4333-0.2040.67144.11950.0821.3566-0.06570.17110.2086-0.13340.05580.3771-0.079-0.57180.01160.09410.042-0.00020.372-0.02610.1943-34.54334.292214.636
41.08340.195-0.15432.22520.04190.9097-0.2040.2257-0.1408-0.41840.1608-0.35880.0536-0.01830.04610.15460.01070.06060.2087-0.07650.1715-14.0114-3.185710.534
54.7561-1.3652-1.73226.26455.45694.81970.18931.8033-0.448-1.8654-0.462-0.9566-0.02180.12530.28450.5930.09940.2070.52230.03460.3982-8.95710.2114-1.6864
62.71440.32930.07174.9662-0.40225.01180.09070.2286-0.4769-0.29-0.1227-0.32060.7027-0.069-0.03630.23530.0004-0.02890.2209-0.03720.2374-1.522-19.793439.3606
73.88190.6248-1.51516.5639-1.97846.95620.0224-0.25010.01470.1706-0.0861-0.26280.1968-0.07460.02590.1506-0.0007-0.13410.2564-0.00710.1786-4.1127-13.889951.2143
83.47922.3654-0.07085.96640.09081.74190.0804-0.20840.03760.0557-0.14560.40630.4174-0.38660.03330.2252-0.0938-0.0810.3403-0.04720.2122-14.9591-14.745938.5132
91.05520.3237-0.06754.1016-2.12244.9178-0.0955-0.29190.0340.7167-0.2938-0.6993-0.51940.28910.12050.29470-0.15910.41680.01480.2775-0.9262-11.346755.8788
104.70373.5589-0.71663.1801-1.13854.01690.1378-0.34340.0150.2782-0.22250.02330.0345-0.56750.12180.1806-0.0816-0.10020.3464-0.00740.1338-13.2-7.683845.2116
116.44091.5579-1.09985.3491-0.00037.25650.1745-0.4160.11470.3862-0.2295-0.0007-0.2002-0.3651-0.05680.15170.0242-0.0640.139-0.03950.1707-12.04933.142734.8431
120.68740.5964-0.80632.61080.74521.9624-0.0238-0.27310.72450.0790.03360.0093-0.32170.06730.01420.31050.07-0.07830.2188-0.12440.3817-2.475420.798134.7597
134.8213-0.4782-0.67877.9524-1.99225.9882-0.1356-0.22650.483-0.3061-0.2621-0.9652-0.080.38140.39680.13320.05190.0240.3173-0.04650.462216.497213.042528.4425
142.4679-1.6517-1.80022.25742.30124.8764-0.501-0.3565-0.18580.39520.233-0.06910.91790.70090.27760.28520.13950.16820.32770.12540.482922.80840.353130.3493
156.08953.60051.57595.5172-0.61868.97160.1518-0.3090.868-0.1853-0.0569-0.6239-1.0481-0.1448-0.22670.5762-0.10440.13010.2635-0.12740.428244.5886-20.959726.1137
161.83281.23830.58772.2795-0.26660.4911-0.4597-0.0737-0.43790.37290.243-0.40770.2906-0.45180.36080.9269-0.06880.09860.64280.31510.7836-46.043-58.787350.5467
173.02760.862-1.21223.08660.30783.51750.03610.22170.2122-0.32470.0504-0.2142-0.3601-0.2414-0.00950.21360.00110.03470.1103-0.02250.1301-34.1286-31.835717.4844
180.7890.0970.56142.16510.28090.9446-0.27060.6224-0.1654-0.7339-0.04540.12650.2827-0.3475-0.02720.4602-0.2285-0.00080.5917-0.19210.1722-43.9242-41.09898.0417
190.3463-0.188-0.5631.0620.41590.9377-0.39020.1917-0.6328-0.1752-0.0226-0.34240.74740.0437-0.23690.38730.09370.3525-0.2953-0.2910.3044-32.7439-54.035223.7368
202.44590.2897-1.79752.73690.91297.4094-0.1437-0.3916-0.2423-0.0429-0.0129-0.75760.3220.7649-0.07320.1371-0.03480.02730.186-0.0050.2954-25.1547-37.158126.5829
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 125:144)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 162:234)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 235:302)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 303:461)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 462:467)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 13:64)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 65:103)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 104:145)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 146:176)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 177:201)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 9:37)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 38:129)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN C AND RESID 130:162)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN C AND RESID 163:209)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 210:223)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 129:166)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN D AND RESID 167:241)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN D AND RESID 242:302)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN D AND RESID 303:430)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN D AND RESID 431:467)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN E AND RESID 14:81)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN E AND RESID 82:96)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN E AND RESID 97:145)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN E AND RESID 146:177)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN E AND RESID 178:202)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN F AND RESID 10:41)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN F AND RESID 42:129)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN F AND RESID 130:178)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN F AND RESID 179:194)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN F AND RESID 195:222)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN G AND RESID 126:170)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN G AND RESID 171:214)
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN G AND RESID 215:281)
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN G AND RESID 282:424)
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN G AND RESID 425:467)
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN H AND RESID 6:84)
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN H AND RESID 85:106)
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN H AND RESID 115:145)
39X-RAY DIFFRACTION39(CHAIN H AND RESID 146:151)
40X-RAY DIFFRACTION40(CHAIN H AND RESID 152:201)
41X-RAY DIFFRACTION41(CHAIN I AND RESID 10:14)
42X-RAY DIFFRACTION42(CHAIN I AND RESID 15:104)
43X-RAY DIFFRACTION43(CHAIN I AND RESID 105:134)
44X-RAY DIFFRACTION44(CHAIN I AND RESID 135:198)
45X-RAY DIFFRACTION45(CHAIN I AND RESID 214:222)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る