PDB-4aem: Structural and biochemical characterization of a novel Carbohydra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aem

タイトル

Structural and biochemical characterization of a novel Carbohydrate Binding Module of endoglucanase Cel5A from Eubacterium cellulosolvens

要素

ENDOGLUCANASE CEL5A

キーワード

HYDROLASE / FAMILY 5 GLYCOSIDE HYDROLASE / CELLULOSOME

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

EUBACTERIUM CELLULOSOLVENS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Luis, A.S. / Venditto, I. / Prates, J.A.M. / Ferreira, L.M.A. / Gilbert, H.J. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Understanding How Non-Catalytic Carbohydrate Binding Modules Can Display Specificity for Xyloglucan
著者: Luis, A.S. / Venditto, I. / Prates, J.A.M. / Ferreira, L.M.A. / Temple, M.J. / Rogowski, A. / Basle, A. / Xue, J. / Knox, J.P. / Najmudin, S. / Fontes, C.M.G.A. / Gilbert, H.J.

履歴

登録	2012年1月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月30日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aem.cif.gz	66.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aem.ent.gz	49.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aem.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/4aem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/4aem	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ypjC 4aekSC 4afdC 4afmC 4ba6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4afm-d 4aek-d 5jp5-4 5jp5-6 5hey-d 2fjy-2 7bv4-3 4afd-d 5kqm-d 6gpu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ENDOGLUCANASE CEL5A

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.320, 79.320, 44.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	ENDOGLUCANASE CEL5A 分子量: 14799.314 Da / 分子数: 1 / 断片: CARBOHYDRATE BINDING MODULE, RESIDUES 37-170 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) EUBACTERIUM CELLULOSOLVENS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3LHN3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 292 K / pH: 4.76 詳細: 100 MG/ML PROTEIN WAS USED AT 292 K WITH 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 4.6, 30% W/V PEG 2K MME. 30% GLYCEROL WAS USED AS CRYOPROTECTANT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→68.69 Å / Num. obs: 8165 / % possible obs: 83.6 % / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 53.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AEK

4aek

解像度: 2.1→68.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 10.403 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. PHENIX-1.7.2-869 WAS ALSO USED FOR REFINEMENT, TO GENERATE TLS GROUPS AND UPDATE WATERS. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22704	417	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17053	-	-	-
obs	0.17353	7748	84.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.376 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.65 Å²	-0.33 Å²	0 Å²
2-	-	-0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→68.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	998	0	0	92	1090

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.213	1.94	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.741	5	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.036	25.208	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.58	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.226	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.145	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	22	-
R_work	0.28	318	-
obs	-	-	49.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5927	-1.6352	-3.5513	6.2097	1.722	2.8454	-0.1992	0.1123	-0.0813	0.4091	0.2453	-0.4988	0.3153	-0.0775	-0.0461	0.3129	0.0173	-0.1691	0.1658	0.0132	0.1342	58.0687	14.523	4.904
2	5.2765	1.8104	-2.8335	2.4212	-2.0931	2.4043	-0.0029	-0.1619	-0.0371	0.2301	0.0142	0.0701	-0.0825	0.0524	-0.0113	0.1256	0.0041	0	0.1169	-0.0178	0.0157	56.7285	26.1742	9.6716
3	1.3609	0.2428	-0.2749	2.8605	-0.2678	0.906	-0.0361	0.1115	-0.1176	-0.1806	-0.0216	-0.0809	0.0631	0.0512	0.0577	0.0878	-0.0091	-0.0081	0.1367	-0.0223	0.0191	53.9337	22.9325	-2.0047
4	2.6021	-0.0417	-0.1314	2.4781	0.3179	1.8245	-0.0832	-0.0293	0.2566	-0.0691	0.0953	-0.0467	-0.1338	0.0039	-0.0121	0.0867	-0.0147	-0.0087	0.1369	0.003	0.0435	47.5986	26.1345	-1.2311
5	1.3795	-0.0647	0.4155	1.39	0.3762	0.6141	-0.0437	0.1337	0.0154	-0.1758	0.0021	-0.0846	0.0809	0.0671	0.0416	0.1104	-0.0026	0.0256	0.154	0.0007	0.0172	52.5936	23.8687	0.2826

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	39 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	72 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	100 - 127
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	128 - 164

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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