[日本語] English
万見
- PDB-2fjy: Crystal Structure of B-form Bombyx mori Pheromone Binding Protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fjy
タイトルCrystal Structure of B-form Bombyx mori Pheromone Binding Protein
要素Pheromone-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / alpha helical
機能・相同性
機能・相同性情報


response to pheromone / pheromone binding
類似検索 - 分子機能
Odorant/pheromone binding protein, Lepidoptera / Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pheromone-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lautenschlager, C. / Leal, W.S. / Clardy, J.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2005
タイトル: Coil-to-helix transition and ligand release of Bombyx mori pheromone-binding protein.
著者: Lautenschlager, C. / Leal, W.S. / Clardy, J.
履歴
登録2006年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pheromone-binding protein
B: Pheromone-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8062
ポリマ－31,8062
非ポリマー00
水1,71195
1
A: Pheromone-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9031
ポリマ－15,9031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pheromone-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9031
ポリマ－15,9031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.240, 70.790, 75.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B), which are separated by a translation of 0.497 along the b-axis and 0.051 along the c-axis.

-
要素

#1: タンパク質 Pheromone-binding protein / PBP


分子量: 15903.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: PBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34174
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: NaF, PEG 3350, pH 7.5, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.95 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2002年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43 Å / Num. obs: 12094 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1GM0

1gm0


解像度: 2.3→43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 7.617 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.514 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 605 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
all0.222 13439 --
obs0.22 12080 89.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.569 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2--2.59 Å20 Å2
3----2.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2166 0 0 95 2261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0480.0212212
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5331.9462985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13334528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5625276
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.022458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.250.22147
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0980.21227
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3140.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3650.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3241.51378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.41422201
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1533834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.054.5784
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.334 42
Rwork0.23 790
obs-832

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る