[日本語] English
万見
- PDB-6nbn: Structure of Aedes aegypti OBP22 in the complex with arachidonic acid -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nbn
タイトルStructure of Aedes aegypti OBP22 in the complex with arachidonic acid
要素AAEL005772-PA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Odorant binding protein Chemo-sensory signaling Lipid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / sensory perception of smell / lipid binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ARACHIDONIC ACID / Odorant-binding protein 22
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Jones, D.N. / Wang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI121253 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Aedes aegypti Odorant Binding Protein 22 selectively binds fatty acids through a conformational change in its C-terminal tail.
著者: Wang, J. / Murphy, E.J. / Nix, J.C. / Jones, D.N.M.
履歴
登録2018年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AAEL005772-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7052
ポリマ－14,4001
非ポリマー3041
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Fluorescence competition binding assays and NMR titrations support binding of lipid to protein
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 50NOE violation energy
代表モデルモデル #1medoid

-
要素

#1: タンパク質 AAEL005772-PA / Odorant binding protein


分子量: 14400.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
組織: Antennal cDNA / 遺伝子: 5567053, AAEL005772 / プラスミド: PET1a / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1HRL7
#2: 化合物 ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸


分子量: 304.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O2
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
2172isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
141isotropic23D HN(CA)CB
151isotropic23D CBCA(CO)NH
161isotropic23D C(CO)NH
1101isotropic23D HBHA(CO)NH
191isotropic23D HNCO
181isotropic23D (HACA)CO(CA)NH
171isotropic13D 13C/15N- NOESY-HSQC
1131isotropic13D 13C/15N-NOESY-HSQC (AROMATIC)
2122isotropic13D 12C-filtered-13C/15N-editedNOESY-HSQC
2112isotropic12D 12C-filtered-1H-1H-NOESY
2152isotropic12D 12C-filterd-1H-1H-TOCSY
2142isotropic13D HAHB
2162isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
2182isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1650 uM [U-13C; U-15N] OBP22, 650 uM ARACHIDONIC ACID, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N/C13 H2O90% H2O/10% D2O
solution2670 uM [U-95% 13C; U-98% 15N] Aedes aegypti odorant binding protein 22, 670 uM ARACHIDONIC ACID, 20 mM sodium phosphate, 99% D2O/1 % H2O15N/C13 D2O99% D2O/1 % H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
650 uMOBP22[U-13C; U-15N]1
650 uMARACHIDONIC ACIDnatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
670 uMAedes aegypti odorant binding protein 22[U-95% 13C; U-98% 15N]2
670 uMARACHIDONIC ACIDnatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
試料状態

イオン強度: 20 mM / Ionic strength err: 0.2 / 圧: 820 mbar / 温度: 298 K / Temperature err: 1

Conditions-IDLabelpHPH errPressure err
1H2O_Sample6.50.110
2D2O_Sample6.1 pD0.055

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian DD2VarianDD29001
Varian INOVAVarianINOVA6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
Analysis2.4.2CCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
詳細: Structure were determined using the unambiguous assignment protocol in Aria2 using a final total of 2381 restraint of which 1998 were NOE based
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NOE violation energy / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 30

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る