PDB-6nbn: Structure of Aedes aegypti OBP22 in the complex with arachidonic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nbn

タイトル

Structure of Aedes aegypti OBP22 in the complex with arachidonic acid

要素

AAEL005772-PA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Odorant binding protein Chemo-sensory signaling Lipid binding

機能・相同性

Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily /

odorant binding /

lipid binding /

アラキドン酸 /

Odorant binding protein

機能・相同性情報

生物種

Aedes aegypti (ネッタイシマカ)

手法

溶液NMR /

simulated annealing

データ登録者

Jones, D.N. / Wang, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Aedes aegypti Odorant Binding Protein 22 selectively binds fatty acids through a conformational change in its C-terminal tail.
著者: Wang, J. / Murphy, E.J. / Nix, J.C. / Jones, D.N.M.

履歴

登録	2018年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nbn.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nbn.ent.gz	987.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nbn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/6nbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/6nbn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6og0C 6oghC 6oiiC 6omwC 6opbC 6otlC 6p2eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dhf-4 3o5e-d 4hr2-1 6tbe-d 5b1w-4 5ndu-2 5w62-d 4drq-d 1khy-1 4oa3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30550Structure of Aedes aegypti OBP22 in the complex with arachidonic acid

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AAEL005772-PA

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: Fluorescence competition binding assays and NMR titrations support binding of lipid to protein

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 50	NOE violation energy
代表モデル	モデル #1	medoid

#1: タンパク質	AAEL005772-PA / Odorant binding protein 分子量: 14400.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ) 組織: Antennal cDNA / 遺伝子: 5567053, AAEL005772 / プラスミド: PET1a / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1HRL7
#2: 化合物	ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸 / アラキドン酸分子量: 304.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₂O₂

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
2	17	2	isotropic	1	2D (HB)CB(CGCD)HD
1	4	1	isotropic	2	3D HN(CA)CB
1	5	1	isotropic	2	3D CBCA(CO)NH
1	6	1	isotropic	2	3D C(CO)NH
1	10	1	isotropic	2	3D HBHA(CO)NH
1	9	1	isotropic	2	3D HNCO
1	8	1	isotropic	2	3D (HACA)CO(CA)NH
1	7	1	isotropic	1	3D 13C/15N- NOESY-HSQC
1	13	1	isotropic	1	3D 13C/15N-NOESY-HSQC (AROMATIC)
2	12	2	isotropic	1	3D 12C-filtered-13C/15N-editedNOESY-HSQC
2	11	2	isotropic	1	2D 12C-filtered-1H-1H-NOESY
2	15	2	isotropic	1	2D 12C-filterd-1H-1H-TOCSY
2	14	2	isotropic	1	3D HAHB
2	16	2	isotropic	1	2D (HB)CB(CGCDCE)HE
2	18	2	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	650 uM [U-13C; U-15N] OBP22, 650 uM ARACHIDONIC ACID, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O	15N/C13 H2O	90% H2O/10% D2O
solution	2	670 uM [U-95% 13C; U-98% 15N] Aedes aegypti odorant binding protein 22, 670 uM ARACHIDONIC ACID, 20 mM sodium phosphate, 99% D2O/1 % H2O	15N/C13 D2O	99% D2O/1 % H2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
650 uM	OBP22	[U-13C; U-15N]	1
650 uM	ARACHIDONIC ACID	natural abundance	1
20 mM	sodium phosphate	natural abundance	1
670 uM	Aedes aegypti odorant binding protein 22	[U-95% 13C; U-98% 15N]	2
670 uM	ARACHIDONIC ACID	natural abundance	2
20 mM	sodium phosphate	natural abundance	2

試料状態

イオン強度: 20 mM / Ionic strength err: 0.2 / 圧: 820 mbar / 温度: 298 K / Temperature err: 1

Conditions-ID	Label	pH	PH err	Pressure err
1	H2O_Sample	6.5	0.1	10
2	D2O_Sample	6.1 pD	0.05	5

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian DD2	Varian	DD2	900	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Analysis	2.4.2	CCPN	chemical shift assignment
ARIA	2.3.2	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	structure calculation
Analysis	2.4.2	CCPN	peak picking

精密化

手法:

simulated annealing / ソフトェア番号: 3
詳細: Structure were determined using the unambiguous assignment protocol in Aria2 using a final total of 2381 restraint of which 1998 were NOE based

代表構造

選択基準: medoid

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NOE violation energy / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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