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- PDB-4ae1: Crystal structure of diphtheria toxin mutant CRM197 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ae1
タイトルCrystal structure of diphtheria toxin mutant CRM197 in complex with nicotinamide
要素DIPHTHERIA TOXIN
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / Uptake and function of diphtheria toxin / protein transmembrane transporter activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain ...Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Globin-like / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE / Diphtheria toxin
類似検索 - 構成要素
生物種CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.078 Å
データ登録者Malito, E. / Spraggon, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Lack of Toxicity of the Diphtheria Toxin Mutant Crm197.
著者: Malito, E. / Bursulaya, B. / Chen, C. / Surdo, P.L. / Picchianti, M. / Balducci, E. / Biancucci, M. / Brock, A. / Berti, F. / Bottomley, M.J. / Nissum, M. / Costantino, P. / Rappuoli, R. / Spraggon, G.
履歴
登録2012年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIPHTHERIA TOXIN
B: DIPHTHERIA TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2114
ポリマ－116,9672
非ポリマー2442
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7720 Å2
ΔGint-20.9 kcal/mol
Surface area40180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.650, 69.260, 69.680
Angle α, β, γ (deg.)98.36, 99.57, 97.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 DIPHTHERIA TOXIN / DT / NAD(+)--DIPHTHAMIDE ADP-RIBOSYLTRANSFERASE / DIPHTHERIA TOXIN FRAGMENT A / DIPHTHERIA TOXIN ...DT / NAD(+)--DIPHTHAMIDE ADP-RIBOSYLTRANSFERASE / DIPHTHERIA TOXIN FRAGMENT A / DIPHTHERIA TOXIN FRAGMENT B / CRM197


分子量: 58483.422 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE (ジフテリア菌)
参照: UniProt: P00588, NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド


分子量: 122.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY 53 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLY 53 TO GLU
Has protein modificationY
配列の詳細COORDINATES USE STANDARD RESIDUE NUMBERING FOR CONSISTENCY WITH PREVIOUS WORK RESULTING IN THE ...COORDINATES USE STANDARD RESIDUE NUMBERING FOR CONSISTENCY WITH PREVIOUS WORK RESULTING IN THE NATURAL GLY TO GLU MUTATION AT POSITION 52 INSTEAD OF 53. RESIDUES 1-32 IN THE UNIPROT SEQUENCE ARE THE SIGNAL PEPTIDE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9 / 詳細: 1.9 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM BICINE [PH 9.0]

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→52.5 Å / Num. obs: 64344 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 29.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.08→2.19 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 84.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SGK

1sgk


解像度: 2.078→52.561 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 26.05 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES OF CHAIN A 38-50, 188-199, 350-353, 502-503, AND 517-519, ARE DISORDERED. AND RESIDUES OF CHAIN B 1-3, 38-50, 188-200, 352-353 AND 517-520, ARE DISORDERED. DISORDERED SIDE CHAINS ...詳細: RESIDUES OF CHAIN A 38-50, 188-199, 350-353, 502-503, AND 517-519, ARE DISORDERED. AND RESIDUES OF CHAIN B 1-3, 38-50, 188-200, 352-353 AND 517-520, ARE DISORDERED. DISORDERED SIDE CHAINS WERE MODELED UP TO THE BACKBONE BETA ATOMS, AND RESIDUE NAMES WERE KEPT CONSISTENT WITH WITH THE SEQUENCE OF THE PROTEIN.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 3019 5.1 %
Rwork0.1955 --
obs0.198 59591 83.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.156 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7665 Å20.1379 Å20.4956 Å2
2--4.0574 Å2-0.1731 Å2
3----2.2909 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.078→52.561 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7446 0 18 252 7716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05910371
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.572657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.078-2.15230.32812660.26294630X-RAY DIFFRACTION68
2.1523-2.23850.31772470.25564829X-RAY DIFFRACTION71
2.2385-2.34040.31722820.23315188X-RAY DIFFRACTION77
2.3404-2.46370.2642640.21245513X-RAY DIFFRACTION81
2.4637-2.61810.28023070.20095743X-RAY DIFFRACTION85
2.6181-2.82020.23563200.19345912X-RAY DIFFRACTION88
2.8202-3.1040.23723310.19186081X-RAY DIFFRACTION90
3.104-3.55310.23263480.18366162X-RAY DIFFRACTION92
3.5531-4.47610.21083280.15696214X-RAY DIFFRACTION92
4.4761-52.57770.21543260.18646300X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.349 Å / Origin y: -48.4499 Å / Origin z: 30.4154 Å
111213212223313233
T0.0964 Å20.001 Å20.0214 Å2-0.0594 Å2-0.0067 Å2--0.0447 Å2
L0.9647 °2-0.2986 °20.1738 °2-0.6633 °2-0.0917 °2--0.6882 °2
S0.0983 Å °0.0712 Å °-0.026 Å °-0.0537 Å °-0.0818 Å °0.0734 Å °0.027 Å °0.0876 Å °-0.0171 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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