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万見
- PDB-1sgk: NUCLEOTIDE-FREE DIPHTHERIA TOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sgk
タイトルNUCLEOTIDE-FREE DIPHTHERIA TOXIN
要素DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC)
キーワードTOXIN / ADP-RIBOSYLATION / TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / NAD / ADP-RIBOSYL TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / Uptake and function of diphtheria toxin / protein transmembrane transporter activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain ...Diphtheria toxin, translocation domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain / Diphtheria toxin, receptor-binding domain superfamily / Diphtheria toxin, R domain / Diphtheria toxin (NAD+-dipthamide ADP-ribosyltransferase) / Diphtheria toxin, catalytic domain / Diphtheria toxin, C domain / Diphtheria toxin, translocation domain superfamily / Diphtheria toxin, T domain / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Globin-like / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Corynephage beta (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bell, C.E. / Eisenberg, D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of nucleotide-free diphtheria toxin.
著者: Bell, C.E. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of Diphtheria Toxin Bound to Nicotinamide Adenine Dinucleotide
著者: Bell, C.E. / Eisenberg, D.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Domain Swapping: Entangling Alliances between Proteins
著者: Bennett, M.J. / Choe, S. / Eisenberg, D.
#3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Refined Structure of Monomeric Diphtheria Toxin at 2.3 A Resolution
著者: Bennett, M.J. / Eisenberg, D.
#4: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Refined Structure of Dimeric Diphtheria Toxin at 2.0 A Resolution
著者: Bennett, M.J. / Choe, S. / Eisenberg, D.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: The Crystal Structure of Diphtheria Toxin
著者: Choe, S. / Bennett, M.J. / Fujii, G. / Curmi, P.M. / Kantardjieff, K.A. / Collier, R.J. / Eisenberg, D.
履歴
登録1996年9月12日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4111
ポリマ－58,4111
非ポリマー00
水6,431357
1
A: DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC)

A: DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8232
ポリマ－116,8232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area8350 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area41190 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.200, 91.200, 65.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 DIPHTHERIA TOXIN (DIMERIC) / DT


分子量: 58411.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURCHASED FROM CONNAUGHT LABORATORIES / 由来: (天然) Corynephage beta (ファージ) / 属: Lambda-like viruses
参照: UniProt: P00588, NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HANGING DROP, 12 % PEG8000, 0.43M NACL, 0.043M TRIS, PH 7.5, vapor diffusion - hanging drop
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 %(w/v)PEG80001reservoir
20.43 M1reservoirNaCl
30.043 MTris1reservoir
425 mg/mlDT1drop
514 %(w/v)PEG80001drop
60.5 M1dropNaCl
70.05 MTris1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 26627 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 92.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. measured all: 74281
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
R-AXISデータ収集
R-AXISデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
R-AXISデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DT-DIMER APUP COMPLEX (PDB ENTRY 1DDT)

1ddt


解像度: 2.3→8 Å / 交差検証法: FREE R-FACTOR / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 2565 10 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 25726 96.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4021 0 0 357 4378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 325 81.5 %
Rwork0.2874 2729 -
obs--9.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 23161
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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