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- PDB-4adv: Structure of the E. coli methyltransferase KsgA bound to the E. c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4adv
タイトルStructure of the E. coli methyltransferase KsgA bound to the E. coli 30S ribosomal subunit
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • 16S RIBOSOMAL RNA
  • RIBOSOMAL RNA SMALL SUBUNIT METHYLTRANSFERASE A
キーワードTRANSLATION / RIBOSOME BIOGENESIS / SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA methylation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / ribosomal small subunit binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing ...16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA methylation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / ribosomal small subunit binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / maturation of SSU-rRNA / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / rRNA processing / ribosome biogenesis / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / double-stranded DNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Ribosomal protein S21, conserved site ...rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / : / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S17 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS21
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.5 Å
データ登録者Boehringer, D. / O'Farrell, H.C. / Rife, J.P. / Ban, N.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2012
タイトル: Structural insights into methyltransferase KsgA function in 30S ribosomal subunit biogenesis.
著者: Daniel Boehringer / Heather C O'Farrell / Jason P Rife / Nenad Ban /
要旨: The assembly of the ribosomal subunits is facilitated by ribosome biogenesis factors. The universally conserved methyltransferase KsgA modifies two adjacent adenosine residues in the 3'-terminal ...The assembly of the ribosomal subunits is facilitated by ribosome biogenesis factors. The universally conserved methyltransferase KsgA modifies two adjacent adenosine residues in the 3'-terminal helix 45 of the 16 S ribosomal RNA (rRNA). KsgA recognizes its substrate adenosine residues only in the context of a near mature 30S subunit and is required for the efficient processing of the rRNA termini during ribosome biogenesis. Here, we present the cryo-EM structure of KsgA bound to a nonmethylated 30S ribosomal subunit. The structure reveals that KsgA binds to the 30S platform with the catalytic N-terminal domain interacting with substrate adenosine residues in helix 45 and the C-terminal domain making extensive contacts to helix 27 and helix 24. KsgA excludes the penultimate rRNA helix 44 from adopting its position in the mature 30S subunit, blocking the formation of the decoding site and subunit joining. We suggest that the activation of methyltransferase activity and subsequent dissociation of KsgA control conformational changes in helix 44 required for final rRNA processing and translation initiation.
履歴
登録2012年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Other
改定 1.22013年9月25日Group: Other
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: em_3d_fitting / em_image_scans ...em_3d_fitting / em_image_scans / em_software / entity / struct_conn
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id ..._em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _entity.src_method
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.52018年4月11日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S RIBOSOMAL RNA
B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
C: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
D: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
E: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
G: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
H: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
I: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
J: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
K: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
L: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
M: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
N: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
O: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
P: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
Q: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
R: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
S: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
T: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
U: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21
V: RIBOSOMAL RNA SMALL SUBUNIT METHYLTRANSFERASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)815,55722
ポリマ－815,55722
非ポリマー00
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU

#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2


分子量: 26650.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3


分子量: 25900.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V3
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量: 17498.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 19923.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W7
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9


分子量: 14755.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7X3
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R5
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11


分子量: 13739.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R9
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S3
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13


分子量: 12997.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S9
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02370, UniProt: P0AG59*PLUS
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10319.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02371, UniProt: P0ADZ4*PLUS
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T3
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17


分子量: 9593.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02373, UniProt: P0AG63*PLUS
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量: 8874.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19


分子量: 10324.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U3
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68679

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RNA鎖 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 141分子 AV

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA


分子量: 499690.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: KASUGAMYCIN RESISTANT / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 33357879
#22: タンパク質 RIBOSOMAL RNA SMALL SUBUNIT METHYLTRANSFERASE A / 16S RRNA (ADENINE(1518)-N(6)/ADENINE(1519)-N(6))-DIMETHYLTRANSFERASE / 16S RRNA DIMETHYLADENOSINE ...16S RRNA (ADENINE(1518)-N(6)/ADENINE(1519)-N(6))-DIMETHYLTRANSFERASE / 16S RRNA DIMETHYLADENOSINE TRANSFERASE / 16S RRNA DIMETHYLASE / HIGH LEVEL KASUGAMYCIN RESISTANCE PROTEIN KSGA / KASUGAMYCIN DIMETHYLTRANSFERASE / S-ADENOSYLMETHIONINE-6-N\ / N'-ADENOSYL(RRNA) DIMETHYLTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE KSGA


分子量: 27988.273 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 17-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): HMS174
参照: UniProt: P06992, 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase
#23: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E. COLI METHYLTRANSFERASE KSGA BOUND TO THE E. COLI 30S RIBOSOMAL SUBUNIT
タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 40 MM KCL, 4MM MGCL2, 20 MM HEPES/KOH PH 7. 6, 6 MM 2- MERCAPTOETHANOL
pH: 7.6
詳細: 40 MM KCL, 4MM MGCL2, 20 MM HEPES/KOH PH 7. 6, 6 MM 2- MERCAPTOETHANOL
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- PLUNGER,

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 20
詳細: SEMI-AUTOMATIC DATA ACQUISITION WITH SERIAL EM SCRIPT
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 62000 X / 倍率（補正後）: 82000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2IMAGIC5３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: PER IMAGE, CTFFIND3
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: ANGULAR RECONSTITUTION, PROJECTION MATCHING / 解像度: 13.5 Å / 粒子像の数: 23343 / ピクセルサイズ（実測値）: 3.07 Å
詳細: 30S RIBOSOMAL SUBUNIT HEAD AND BODY WERE FITTED SEPARATELY AS RIGID BODIES. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2017. (DEPOSITION ID: 10519).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--XRAY
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
12AVY

2avy
PDB 未公開エントリ

12AVY1PDBexperimental model
21QYR

1qyr

11QYR2PDBexperimental model
精密化最高解像度: 13.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 13.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20487 30262 0 139 50888

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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