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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ac5 | ||||||
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タイトル | Lipidic sponge phase crystal structure of the Bl. viridis reaction centre solved using serial femtosecond crystallography | ||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / LIPIDIC-SPONGE PHASE / REACTION CENTER / ELECTRON TRANSPORT / CELL MEMBRANE / METAL- BINDING / TRANSMEMBRANE / FORMYLATION / CHROMOPHORE / LIPOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Johansson, L.C. / Arnlund, D. / White, T.A. / Katona, G. / DePonte, D.P. / Weierstall, U. / Doak, R.B. / Shoeman, R.L. / Lomb, L. / Malmerberg, E. ...Johansson, L.C. / Arnlund, D. / White, T.A. / Katona, G. / DePonte, D.P. / Weierstall, U. / Doak, R.B. / Shoeman, R.L. / Lomb, L. / Malmerberg, E. / Davidsson, J. / Nass, K. / Liang, M. / Andreasson, J. / Aquila, A. / Bajt, S. / Barthelmess, M. / Barty, A. / Bogan, M.J. / Bostedt, C. / Bozek, J.D. / Caleman, C. / Coffee, R. / Coppola, N. / Ekeberg, T. / Epp, S.W. / Erk, B. / Fleckenstein, H. / Foucar, L. / Graafsma, H. / Gumprecht, L. / Hajdu, J. / Hampton, C.Y. / Hartmann, R. / Hartmann, A. / Hauser, G. / Hirsemann, H. / Holl, P. / Hunter, M.S. / Kassemeyer, S. / Kimmel, N. / Kirian, R.A. / Maia, F.R.N.C. / Marchesini, S. / Martin, A.V. / Reich, C. / Rolles, D. / Rudek, B. / Rudenko, A. / Schlichting, I. / Schulz, J. / Seibert, M.M. / Sierra, R. / Soltau, H. / Starodub, D. / Stellato, F. / Stern, S. / Struder, L. / Timneanu, N. / Ullrich, J. / Wahlgren, W.Y. / Wang, X. / Weidenspointner, G. / Wunderer, C. / Fromme, P. / Chapman, H.N. / Spence, J.C.H. / Neutze, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Lipidic Phase Membrane Protein Serial Femtosecond Crystallography. 著者: Johansson, L.C. / Arnlund, D. / White, T.A. / Katona, G. / Deponte, D.P. / Weierstall, U. / Doak, R.B. / Shoeman, R.L. / Lomb, L. / Malmerberg, E. / Davidsson, J. / Nass, K. / Liang, M. / ...著者: Johansson, L.C. / Arnlund, D. / White, T.A. / Katona, G. / Deponte, D.P. / Weierstall, U. / Doak, R.B. / Shoeman, R.L. / Lomb, L. / Malmerberg, E. / Davidsson, J. / Nass, K. / Liang, M. / Andreasson, J. / Aquila, A. / Bajt, S. / Barthelmess, M. / Barty, A. / Bogan, M.J. / Bostedt, C. / Bozek, J.D. / Caleman, C. / Coffee, R. / Coppola, N. / Ekeberg, T. / Epp, S.W. / Erk, B. / Fleckenstein, H. / Foucar, L. / Graafsma, H. / Gumprecht, L. / Hajdu, J. / Hampton, C.Y. / Hartmann, R. / Hartmann, A. / Hauser, G. / Hirsemann, H. / Holl, P. / Hunter, M.S. / Kassemeyer, S. / Kimmel, N. / Kirian, R.A. / Maia, F.R.N.C. / Marchesini, S. / Martin, A.V. / Reich, C. / Rolles, D. / Rudek, B. / Rudenko, A. / Schlichting, I. / Schulz, J. / Seibert, M.M. / Sierra, R. / Soltau, H. / Starodub, D. / Stellato, F. / Stern, S. / Struder, L. / Timneanu, N. / Ullrich, J. / Wahlgren, W.Y. / Wang, X. / Weidenspointner, G. / Wunderer, C. / Fromme, P. / Chapman, H.N. / Spence, J.C.H. / Neutze, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 254.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 199.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2wjnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#1: タンパク質 | 分子量: 37450.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH (DSMZ) 由来: (天然) ![]() |
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-REACTION CENTER PROTEIN ... , 3種, 3分子 HLM
#2: タンパク質 | 分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH (DSMZ) 由来: (天然) ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 30600.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH (DSMZ) 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 36091.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH (DSMZ) 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 6種, 13分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/BCB.gif)
![](data/chem/img/BPB.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/MQ7.gif)
![](data/chem/img/NS5.gif)
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![](data/chem/img/BPB.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/MQ7.gif)
![](data/chem/img/NS5.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-HEM / #6: 化合物 | ChemComp-BCB / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #9: 化合物 | ChemComp-MQ7 / | #10: 化合物 | ChemComp-NS5 / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % 解説: THE DATA WERE COLLECTED AT THE LINAC COHERENT LIGHT SOURCE USING SERIAL FEMTOSECOND CRYSTALLOGRAPHY TO PROVE THAT THE SPONGE PHASE CRYSTALLISATION METHOD IS COMPATABLE WITH SERIAL FEMTOSECOND ...解説: THE DATA WERE COLLECTED AT THE LINAC COHERENT LIGHT SOURCE USING SERIAL FEMTOSECOND CRYSTALLOGRAPHY TO PROVE THAT THE SPONGE PHASE CRYSTALLISATION METHOD IS COMPATABLE WITH SERIAL FEMTOSECOND CRYSTALLOGRAPHY. THE DATA WAS MERGED FROM 265 MICROCRYSTALS USING THE IN-HOUSE PROGRAM CRYSTFEL 0.1.0 AND INDEXAMAJIG. |
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結晶化 | pH: 7.9 詳細: BATCH CRYSTALLIZATIONS WERE SET UP IN SEPTUM-SEALED GLASS VIALS CONTAINING 100 UL PROTEIN (20-30 MG/ML) , 100 UL LIPIDIC SPONGE PHASE (12 % MONOOLEIN, 17.5 % JEFFAMINE M- 600, 1.0 M HEPES PH ...詳細: BATCH CRYSTALLIZATIONS WERE SET UP IN SEPTUM-SEALED GLASS VIALS CONTAINING 100 UL PROTEIN (20-30 MG/ML) , 100 UL LIPIDIC SPONGE PHASE (12 % MONOOLEIN, 17.5 % JEFFAMINE M- 600, 1.0 M HEPES PH 8.0, 0.7 M (NH4)2SO4, 2.5 % 1,2,3- HEPTANETRIOL) AND 50 UL 1.0-1.2 M TRI-SODIUM CITRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月14日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 6.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 7.4→46.1 Å / Num. obs: 2431 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Net I/σ(I): 1.9 |
反射 シェル | 解像度: 7.37→7.62 Å / 冗長度: 1.1 % / % possible all: 21.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2WJN 解像度: 8.2→46.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.665 / SU ML: 9.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 7.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.401 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 8.2→46.1 Å
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拘束条件 |
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