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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2prc | ||||||
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タイトル | PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM RHODOPSEUDOMONAS VIRIDIS (UBIQUINONE-2 COMPLEX) | ||||||
![]() | (PHOTOSYNTHETIC REACTION ...) x 4 | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER / SECONDARY QUINONE (QB) | ||||||
機能・相同性 | ![]() plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lancaster, C.R.D. / Michel, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The coupling of light-induced electron transfer and proton uptake as derived from crystal structures of reaction centres from Rhodopseudomonas viridis modified at the binding site of ...タイトル: The coupling of light-induced electron transfer and proton uptake as derived from crystal structures of reaction centres from Rhodopseudomonas viridis modified at the binding site of the secondary quinone, QB. 著者: Lancaster, C.R. / Michel, H. #1: ![]() タイトル: Refined Crystal Structures of Reaction Centres from Rhodopseudomonas Viridis in Complexes with the Herbicide Atrazine and Two Chiral Atrazine Derivatives Also Lead to a New Model of the Bound Carotenoid 著者: Lancaster, C.R.D. / Michel, H. #2: ![]() タイトル: Ubiquinone Reduction and Protonation in the Reaction Centre of Rhodopseudomonas Viridis: X-Ray Structures and Their Functional Implications 著者: Lancaster, C.R.D. #3: ![]() タイトル: Crystallographic Refinement at 2.3 A Resolution and Refined Model of the Photosynthetic Reaction Centre from Rhodopseudomonas Viridis 著者: Deisenhofer, J. / Epp, O. / Sinning, I. / Michel, H. #4: ![]() タイトル: The Photosynthetic Reaction Center from the Purple Bacterium Rhodopseudomonas Viridis 著者: Deisenhofer, J. / Michel, H. #5: ![]() タイトル: Structure of the Protein Subunits in the Photosynthetic Reaction Centre of Rhodopseudomonas Viridis at 3 Angstroms Resolution 著者: Deisenhofer, J. / Epp, O. / Miki, K. / Huber, R. / Michel, H. #6: ![]() タイトル: X-Ray Structure Analysis of a Membrane Protein Complex. Electron Density Map at 3 A Resolution and a Model of the Chromophores of the Photosynthetic Reaction Center from Rhodopseudomonas Viridis 著者: Deisenhofer, J. / Epp, O. / Miki, K. / Huber, R. / Michel, H. #7: ![]() タイトル: Three-Dimensional Crystals of a Membrane Protein Complex. The Photosynthetic Reaction Centre from Rhodopseudomonas Viridis 著者: Michel, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 271.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 223.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-PHOTOSYNTHETIC REACTION ... , 4種, 4分子 CLMH
#1: タンパク質 | 分子量: 37450.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 30469.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 35932.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 10種, 340分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/BCB.gif)
![](data/chem/img/BPB.gif)
![](data/chem/img/UQ2.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MQ7.gif)
![](data/chem/img/NS5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BCB.gif)
![](data/chem/img/BPB.gif)
![](data/chem/img/UQ2.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MQ7.gif)
![](data/chem/img/NS5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-HEM / #6: 化合物 | ChemComp-BCB / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-UQ2 / | #9: 化合物 | ChemComp-LDA / #10: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #11: 化合物 | ChemComp-SO4 / #12: 化合物 | ChemComp-MQ7 / | #13: 化合物 | ChemComp-NS5 / | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 263 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年9月25日 / 詳細: FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→21.7 Å / Num. obs: 80997 / % possible obs: 76.5 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.49 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.261 / % possible all: 35 |
反射 | *PLUS Num. obs: 79397 / Num. measured all: 220257 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 54.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER, SA OMIT MAPS 開始モデル: PDB ENTRY 1PRC 解像度: 2.45→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.0026 / 交差検証法: A POSTERIORI / 詳細: N(OBS)/N(PAR) = 1.89
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.171 / Rfactor Rfree: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.301 |