PDB-4ab4: Structure of Xenobiotic Reductase B from Pseudomonas putida in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ab4

タイトル

Structure of Xenobiotic Reductase B from Pseudomonas putida in complex with TNT

要素

XENOBIOTIC REDUCTASE B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / OLD YELLOW ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN binding / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS PUTIDA KT2440 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Carvalho, A.L. / Mukhopadhyay, A. / Romao, M.J. / Bursakov, S. / Kladova, A. / Ramos, J.L. / van Dillewijn, P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Determinants of Aromatic Ring Reduction in the Xenobiotic Reductase B from Pseudomonas Putida
著者: Carvalho, A.L. / Mukhopadhyay, A. / Bonifacio, C. / Romao, M.J. / Bursakov, S. / Kladova, A. / Ramos, J.L. / Van Dillewijn, P.

履歴

登録	2011年12月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4ab4.ent.gz	224.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/4ab4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/4ab4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4aeoC 2r14S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4aeo-2 4w86-2 2hs6-2 7l9i-4 5hos-d 7l9f-4 2xm7-d 6d3a-2 6d36-2 6d3a-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: XENOBIOTIC REDUCTASE B

B: XENOBIOTIC REDUCTASE B

ヘテロ分子

80.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: XENOBIOTIC REDUCTASE B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: XENOBIOTIC REDUCTASE B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.010, 104.870, 106.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9999, 0.0095, 0.0097), (0.0101, -0.998, -0.0626), (0.0091, 0.0627, -0.998)
ベクター: -33.4947, 1.3063, 3.9597)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	XENOBIOTIC REDUCTASE B 分子量: 39374.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) PSEUDOMONAS PUTIDA KT2440 (バクテリア) 参照: UniProt: Q88PD0

-
非ポリマー , 6種, 835分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-TNL / 2,4,6-TRINITROTOLUENE / TNT 分子量: 227.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅N₃O₆
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 824 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.4 % / 解説: NONE

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→21.4 Å / Num. obs: 111101 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 6.71 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R14

2r14

解像度: 1.5→21.172 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.07 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1841	5557	5 %
R_work	0.1602	-	-
obs	0.1614	111027	92.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.588 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.1822 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.9835 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1987 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→21.172 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5299	0	131	824	6254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5593
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.227	7643
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.201	2043
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	817
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1020

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.2248	200	0.1924	3338	X-RAY DIFFRACTION	89
1.517-1.5349	0.2332	155	0.1894	3363	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5349-1.5536	0.1852	176	0.1718	3378	X-RAY DIFFRACTION	89
1.5536-1.5733	0.2067	194	0.1781	3380	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5733-1.594	0.206	194	0.1725	3400	X-RAY DIFFRACTION	90
1.594-1.6158	0.2027	169	0.1665	3399	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6158-1.6389	0.1938	187	0.1634	3425	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6389-1.6633	0.1721	182	0.1566	3426	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6633-1.6893	0.1795	189	0.1564	3439	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6893-1.717	0.1892	183	0.1564	3453	X-RAY DIFFRACTION	91
1.717-1.7466	0.1738	184	0.1512	3474	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7466-1.7783	0.1676	171	0.1434	3436	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7783-1.8125	0.1892	191	0.1473	3457	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8125-1.8495	0.1871	199	0.139	3440	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8495-1.8897	0.1657	170	0.1433	3484	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8897-1.9336	0.1674	174	0.1524	3474	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9336-1.9819	0.1703	187	0.143	3432	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9819-2.0355	0.1756	163	0.147	3487	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0355-2.0953	0.1848	194	0.1537	3450	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0953-2.1629	0.1784	163	0.1471	3459	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1629-2.2401	0.1678	167	0.1481	3480	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2401-2.3297	0.1764	183	0.1535	3459	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3297-2.4356	0.1797	195	0.1543	3453	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4356-2.5638	0.1752	185	0.1634	3491	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5638-2.7241	0.1597	176	0.1643	3613	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7241-2.9339	0.176	189	0.1641	3715	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9339-3.2282	0.2046	203	0.1656	3812	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2282-3.6932	0.1729	200	0.1563	3865	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6932-4.6449	0.1667	212	0.1505	3919	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6449-21.1742	0.2367	222	0.21	4069	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0334	0.011	-0.008	0.0153	-0.0139	0.0329	0.0162	-0.0139	0.0329	-0.0052	0.0036	0.0055	-0.015	-0.016	0.022	0.0216	-0.0024	0.0147	0.008	-0.0032	0.03	-21.2021	8.9226	-2.6495
2	0.0662	0.0107	-0.0047	0.0087	0.0182	0.0548	0.0104	0.0086	0.0252	0.0075	0.0341	0.0221	-0.0264	-0.0148	-0.0227	0.044	-0.0022	0.0096	0.0233	0.0101	0.071	-15.9627	29.8281	-11.7397
3	0.0653	0.0801	-0.0493	0.1089	-0.0347	0.114	0.01	-0.0225	0.0086	0.0077	-0.0033	0.0043	-0.0079	0.003	-0.0039	0.0267	-0.0052	0.0026	0.0426	-0.0154	0.0324	-8.0591	17.3373	5.0856
4	0.0533	0.0097	0.0135	0.0442	0.0129	0.0072	0.0197	-0.0124	0.0081	0.0164	0.0028	-0.0009	-0.0173	0.0119	0.0042	0.0227	-0.0051	0.0063	0.0189	-0.0018	0.0176	-4.0847	13.4308	-8.7959
5	0.0537	-0.0193	-0.0244	0.0305	-0.0108	0.0926	-0.0007	0.0196	-0.003	-0.0174	0.0015	0.0011	0.0033	-0.0086	0.0017	0.0249	-0.0067	0.0109	0.0308	-0.007	0.0059	-8.0518	3.0825	-20.2944
6	0.0404	0.0117	0.0623	0.0412	0.0142	0.111	0.0098	0.0082	-0.0106	-0.002	0.0132	-0.0072	0.008	-0.0046	0.011	0.0233	-0.0129	-0.0023	0.0389	-0.0124	0.0077	-20.1221	-3.759	-17.536
7	0.0818	0.1406	0.0561	0.3063	0.0769	0.045	-0.006	0.0252	0.017	-0.027	0.0043	0.0606	-0.0048	-0.0339	0.0066	0.0375	-0.0062	-0.0133	0.0581	0.005	0.0434	-33.5897	4.2062	-14.5382
8	0.2398	0.0087	0.0357	0.0293	-0.0127	0.0874	-0.0047	0.0271	0.0328	-0.0021	-0.0044	-0.0067	-0.0099	0.0018	0.0055	0.0085	0.0043	-0.0027	0.017	0.0009	0.0289	18.8756	8.6321	13.872
9	0.0412	0.0077	0.0197	0.0019	0.0041	0.0338	0.0179	0.0129	-0.0301	-0.001	0.0054	0.0053	0.0298	-0.021	0.0101	0.0118	-0.0134	-0.0233	0.0124	-0.0003	0.0152	10.8833	-11.5503	4.4863
10	0.162	-0.0011	-0.0016	0.03	0.0508	0.0872	0.0026	-0.0097	-0.0561	-0.0266	0.0372	0.0394	0.0605	-0.0135	-0.0206	0.0855	0.0013	-0.0093	0.0402	0.0127	0.0912	18.0355	-29.2685	13.9265
11	0.061	-0.0345	-0.0255	0.0844	0.0145	0.0107	0.0122	0.0503	-0.0028	-0.0649	-0.0076	-0.0065	0.0325	-0.0014	-0.0019	0.0494	0.0086	0.0016	0.0647	-0.0144	0.0306	25.7008	-16.1251	-1.905
12	0.1055	0.0069	-0.0077	0.0278	-0.0216	0.0512	-0.009	0.0073	0	0.0042	0.0064	-0.0001	0.0199	0.0063	0.001	0.0336	0.0099	-0.008	0.0206	0.0025	0.0208	29.5154	-15.436	8.9862
13	0.0458	-0.0163	0.0232	0.0212	0.0074	0.0267	0.0066	-0.0131	-0.0034	0.012	0.0115	-0.0057	0.0168	0.0076	0.0177	0.0206	-0.0024	-0.0111	0.0369	0.0138	0.0093	28.397	-8.5328	18.5316
14	0.1742	-0.0359	-0.0365	0.0539	-0.015	0.0332	0.0016	-0.0354	0.0171	0.0304	0.0104	0.0023	-0.0113	-0.0216	-0.0038	0.0273	0.0006	-0.0034	0.027	-0.0008	0.0106	18.071	1.661	21.8715
15	0.0077	-0.028	0.0028	0.1138	-0.0008	0.0102	0.0044	-0.0117	0.0116	0.0107	0.0268	0.0348	-0.0028	-0.0312	-0.0147	0.0256	-0.004	0.0108	0.0617	0.0118	0.0317	-0.4227	-4.1605	17.9219

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:115)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 116:144)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 145:164)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 165:262)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 263:289)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 290:322)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 323:350)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 2:21)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 22:115)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 116:144)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 145:164)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 165:217)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 218:270)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 271:322)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 323:350)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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