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- PDB-4ab0: X-ray crystal structure of Nicotiana alata defensin NaD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ab0
タイトルX-ray crystal structure of Nicotiana alata defensin NaD1
要素FLOWER-SPECIFIC DEFENSIN
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / INNATE IMMUNITY
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuole / defense response to fungus / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Defensin, plant / Gamma-thionins family signature. / Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Flower-specific defensin
類似検索 - 構成要素
生物種NICOTIANA ALATA (ヤバネタバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.636 Å
データ登録者Mills, G.D. / Lay, F.T. / Hulett, M.D. / Kvansakul, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Dimerization of Plant Defensin Nad1 Enhances its Antifungal Activity.
著者: Lay, F.T. / Mills, G.D. / Poon, I.K. / Cowieson, N.P. / Kirby, N. / Baxter, A.A. / Van Der Weerden, N.L. / Dogovski, C. / Perugini, M.A. / Anderson, M.A. / Kvansakul, M. / Hulett, M.D.
履歴
登録2011年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Other
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLOWER-SPECIFIC DEFENSIN
B: FLOWER-SPECIFIC DEFENSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8214
ポリマ－10,6312
非ポリマー1902
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-14.1 kcal/mol
Surface area5970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.091, 33.091, 128.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2001-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド FLOWER-SPECIFIC DEFENSIN / NAD1


分子量: 5315.377 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 26-72 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) NICOTIANA ALATA (ヤバネタバコ) / 器官: FLOWER / 参照: UniProt: Q8GTM0
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.75 %
解説: MR PERFORMED WITH ALTERNATIVE CRYSTAL FORM THAT WAS SOLVED BY SIRAS
結晶化pH: 9
詳細: 21% (W/V) PEG 1500, 10% (V/V) SUCCINATE-PHOSPHATE-GLYCINE BUFFER, PH 9.15

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→42.94 Å / Num. obs: 10797 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 18.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.64→1.72 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.636→42.923 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 516 4.8 %
Rwork0.2064 --
obs0.2075 10677 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.817 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4232 Å20 Å20 Å2
2--5.4232 Å20 Å2
3---10.1898 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.636→42.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数691 0 10 76 777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.294993
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.137289
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006124
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6363-1.8010.29651390.24432359X-RAY DIFFRACTION96
1.801-2.06160.25871320.19932528X-RAY DIFFRACTION100
2.0616-2.59740.20871210.19012552X-RAY DIFFRACTION100
2.5974-42.93810.22141240.20962722X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.00710.68774.2144.62661.09452.0002-0.15680.0501-0.0583-0.21080.18140.53380.1707-0.6535-0.02820.21250.0589-0.05730.23740.00140.1014-21.05938.545811.7178
21.16940.2278-0.34250.57630.83441.90260.0063-0.0323-0.00120.0472-0.00110.00030.01250.018-0.0072-0.00640.0382-0.01220.1118-0.06230.0808-13.0514.416719.4573
36.05640.6794-2.17391.8371-0.37143.3844-0.0184-0.2922-0.12890.11150.001-0.11640.09440.17540.0140.09980.0377-0.01230.1988-0.05270.1158-18.045915.847327.9017
43.61480.6906-1.87673.5841-0.40662.60930.011-0.02060.1595-0.00370.0180.1254-0.1329-0.15-0.01290.05590.04270.00740.0985-0.0240.1243-22.925519.369221.5916
56.1481-1.8924-1.21012.6989-1.21724.40170.0677-0.07090.2862-0.03930.0317-0.0708-0.28670.0635-0.0980.0570.00790.02110.10520.00370.1107-17.092620.473215.5395
62.0276-0.9867-0.87371.6598-1.83155.74980.07020.1240.1329-0.02850.02760.0743-0.1536-0.1167-0.10520.05210.0182-0.00360.1161-0.01540.0561-21.436616.322113.8306
73.4052-1.20060.71461.197-1.85373.966-0.0726-0.2731-0.35210.27290.01230.17440.2056-0.15680.04390.16890.01570.04070.11740.05480.1221-21.8067.750326.8493
81.4610.42461.77490.4121-0.07594.11190.09250.225-0.0621-0.2182-0.05270.07870.17960.253-0.03880.03870.0958-0.0610.12230.01440.0449-20.198611.455312.9359
91.46390.9092-1.08564.2303-4.42375.4184-0.065-0.1039-0.18140.02430.08130.11670.1332-0.206-0.02470.2371-0.06280.01850.1330.02770.0992-16.70145.183910.4162
103.56311.40020.00733.6491.70943.103-0.09860.26950.0794-0.26460.01370.1692-0.1661-0.06460.08740.1539-0.11290.03020.02490.00280.0403-10.08519.7095-1.434
112.74030.5036-0.61773.89271.18441.57310.03430.1655-0.0128-0.2464-0.03110.1118-0.0049-0.0451-0.00160.2019-0.0598-0.0060.1659-0.0770.0898-13.86450.8219-4.9498
122.4968-1.20650.98753.53190.79774.56390.02140.0395-0.2322-0.06460.0131-0.12670.19040.0304-0.03390.0559-0.03740.04980.0639-0.02320.1215-8.32880.81781.8034
132.58221.4313-0.69227.748-2.09613.77450.0089-0.1378-0.08680.0978-0.0079-0.1940.02750.20980.00030.04980.0059-0.03030.11190.00690.1854-6.78682.9258.1442
144.07821.93640.22231.84581.62072.48990.06630.0579-0.0997-0.13370.00870.16060.0555-0.0642-0.09110.1187-0.01540.00030.0125-0.04110.048-17.66772.15170.8956
153.5334-2.152.63343.3099-0.14153.0262-0.083-0.16160.3545-0.23590.04590.3367-0.4333-0.27760.04650.1958-0.0211-0.06980.08220.01010.1489-19.84669.4805-1.4897
160.5654-0.32130.08611.689-3.4567.7210.0137-0.2108-0.03450.2785-0.0917-0.1742-0.11760.19750.07850.1399-0.0695-0.04030.04770.05280.0635-13.92082.414610.9876
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:5)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 6:10)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 11:16)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 17:21)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 22:27)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 28:33)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 34:39)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 40:47)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 1:6)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 7:13)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 14:19)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 20:25)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 26:30)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 31:36)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 37:41)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 42:47)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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