PDB-4d40: High-Resolution Structure of a Type IV Pilin from Shewanella onei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d40

タイトル

High-Resolution Structure of a Type IV Pilin from Shewanella oneidensis

要素

PILD PROCESSED PROTEIN

キーワード

CELL ADHESION / PILUS / PILA

機能・相同性

機能・相同性情報

type IV pilus assembly / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

SHEWANELLA ONEIDENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.669 Å

データ登録者

Gorgel, M. / JensenUlstrup, J. / Boeggild, A. / Nissen, P. / Boesen, T.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: High-Resolution Structure of a Type Iv Pilin from the Metal- Reducing Bacterium Shewanella Oneidensis.
著者: Gorgel, M. / Ulstrup, J.J. / Boggild, A. / Jones, N.C. / Hoffmann, S.V. / Nissen, P. / Boesen, T.

履歴

登録	2014年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d40.cif.gz	117.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d40.ent.gz	95.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d40.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d40	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4us7SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4us7-1 4ab0-d 1ht4-d 3uxw-2 3uxw-4 6du9-d 5mix-d 5i5b-d 4mal-2 3fxd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (3)

登録構造単位

A: PILD PROCESSED PROTEIN

B: PILD PROCESSED PROTEIN

ヘテロ分子

19.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PILD PROCESSED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.91 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PILD PROCESSED PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.910, 96.460, 110.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2002- HOH
2	1	A-2049- HOH

#1: タンパク質	PILD PROCESSED PROTEIN / TYPE IV PILUS PROTEIN 分子量: 9913.945 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 36-123 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYS BRIDGE BETWEEN CYS69 AND CYS86 IN CHAIN A AND B 由来: (組換発現) SHEWANELLA ONEIDENSIS (バクテリア) 株: MR-1 / プラスミド: PET46 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ORIGAMI / 参照: UniProt: Q8EII5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.6 / 詳細: 26% PEG 8,000 0.1 M CHES PH 8.6 0.15 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→48.3 Å / Num. obs: 56946 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.96 % / B_iso Wilson estimate: 23.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.27
反射シェル	解像度: 1.67→1.71 Å / 冗長度: 1.95 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4US7

4us7

解像度: 1.669→44.713 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 22.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2075	3753	6.6 %
R_work	0.1798	-	-
obs	0.1817	56943	97.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.669→44.713 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1400	0	6	219	1625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012	1976
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.515	528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	202
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	262

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6691-1.6902	0.4295	134	0.3572	1897	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6902-1.7124	0.4169	139	0.3362	1984	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7124-1.7359	0.3463	136	0.3254	1934	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7359-1.7607	0.36	139	0.296	1997	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7607-1.787	0.3593	140	0.2924	1936	X-RAY DIFFRACTION	98
1.787-1.8149	0.316	140	0.2591	1951	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8149-1.8447	0.2631	136	0.2415	1979	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8447-1.8765	0.2591	143	0.2304	1974	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8765-1.9106	0.2583	141	0.227	1941	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9106-1.9474	0.2491	136	0.2145	1941	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9474-1.9871	0.2311	141	0.2052	1969	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9871-2.0303	0.197	142	0.1852	2013	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0303-2.0775	0.1782	140	0.1837	1960	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0775-2.1295	0.221	131	0.1811	1973	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1295-2.1871	0.227	139	0.1709	1989	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1871-2.2514	0.215	136	0.1725	1983	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2514-2.3241	0.201	137	0.185	1981	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3241-2.4071	0.234	139	0.1702	2025	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4071-2.5035	0.2096	140	0.1789	1947	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5035-2.6174	0.2166	143	0.1789	1975	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6174-2.7554	0.2252	143	0.1783	1993	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7554-2.928	0.2492	139	0.1874	1945	X-RAY DIFFRACTION	97
2.928-3.1541	0.194	138	0.1674	1966	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1541-3.4713	0.1615	140	0.1674	1965	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4713-3.9734	0.1753	141	0.1465	1958	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9734-5.005	0.158	137	0.1349	2010	X-RAY DIFFRACTION	99
5.005-44.7294	0.1737	143	0.1716	2004	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8134	2.2961	2.5099	6.2792	2.4277	3.9762	0.0549	-0.1599	-0.0019	0.0899	-0.0892	0.1087	0.1212	-0.3915	0.0634	0.1072	-0.0027	0.0363	0.1824	-0.0024	0.1581	12.0369	4.5605	130.9926
2	2.9874	0.3552	1.7939	4.2214	1.7222	5.474	-0.0595	0.1059	-0.101	-0.3771	0.1188	-0.3349	-0.1056	-0.0891	-0.0263	0.1933	-0.0222	0.0507	0.1456	-0.0394	0.2292	17.416	3.4127	124.2406
3	6.4243	0.7388	2.9333	6.4835	3.1446	8.6379	0.14	-0.4114	0.0191	0.4298	-0.0551	0.0572	0.5554	-0.1561	-0.0836	0.1714	-0.0293	0.0324	0.1677	-0.0292	0.2092	1.8777	16.3495	135.2036
4	1.931	-0.2402	0.7326	3.3429	0.8818	6.9651	0.1311	-0.2787	0.3684	0.1054	0.0959	-0.2135	0.1486	0.4653	-0.2821	0.1437	-0.0063	0.0394	0.2581	-0.1024	0.2567	9.5224	21.2925	134.3228
5	1.2843	0.7568	1.428	1.5995	0.2242	1.918	-0.0278	-0.2902	0.2451	0.5887	0.0792	-0.0404	-0.4164	0.0462	-0.1392	0.5322	-0.0662	0.1023	0.4983	-0.3098	0.502	5.8387	30.8811	146.1108
6	2.474	-2.0191	-2.5659	5.0688	4.2803	4.0995	0.2575	-0.1533	0.6312	-0.1115	0.0609	-0.0344	-1.0327	-0.2289	-0.2936	0.1807	0.0104	0.0428	0.1791	-0.0662	0.2936	4.7061	24.7984	131.5723
7	7.7938	-1.8989	-2.8943	7.2662	3.5188	5.0516	0.1745	0.762	0.3424	-0.9414	-0.1558	-0.0063	-0.2914	-0.2252	-0.103	0.3004	0.0325	0.0308	0.2064	0.0151	0.2341	2.218	22.9581	122.4257
8	5.7002	0.5758	-2.0068	2.6253	3.5744	7.2508	0.0066	0.2949	0.2535	-0.199	-0.2415	0.4431	-0.2168	-0.8217	0.2287	0.2057	0.034	-0.0218	0.2185	-0.0464	0.2961	-6.0874	22.9348	131.1864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 42 THROUGH 89 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 27 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 28 THROUGH 48 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 49 THROUGH 54 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 55 THROUGH 61 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 62 THROUGH 75 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 76 THROUGH 89 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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