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- PDB-5mix: Extracellular domain of human CD83 - trigonal crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mix
タイトルExtracellular domain of human CD83 - trigonal crystal form
要素CD83 antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / Dendritic cell / receptor / immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of interleukin-4 production / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of interleukin-2 production / defense response / : / external side of plasma membrane / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Klingl, S. / Egerer-Sieber, C. / Schmid, B. / Muller, Y.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB796 ドイツ
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Extracellular Domain of the Human Dendritic Cell Surface Marker CD83.
著者: Heilingloh, C.S. / Klingl, S. / Egerer-Sieber, C. / Schmid, B. / Weiler, S. / Muhl-Zurbes, P. / Hofmann, J. / Stump, J.D. / Sticht, H. / Kummer, M. / Steinkasserer, A. / Muller, Y.A.
履歴
登録2016年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD83 antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7671
ポリマ－12,7671
非ポリマー00
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.942, 62.942, 40.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 CD83 antigen / hCD83 / B-cell activation protein / Cell surface protein HB15


分子量: 12766.979 Da / 分子数: 1 / 変異: C27S, C100S, C129S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first four residues (GSPG) are non-native residues of the linker which remains after the GST-tag was cleaved off. The first three and last four residues as well as the central region were ...詳細: The first four residues (GSPG) are non-native residues of the linker which remains after the GST-tag was cleaved off. The first three and last four residues as well as the central region were not visible in the electron density maps.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Dendritic cells / 遺伝子: CD83 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold pLysS / 参照: UniProt: Q01151
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.4 microliter protein (39 mg/ml in 50 mM Tris-HCl (pH 8.0) buffer) were mixed with 0.2 microliter reservoir solution (1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.5% w/v polyethylene glycol ...詳細: 0.4 microliter protein (39 mg/ml in 50 mM Tris-HCl (pH 8.0) buffer) were mixed with 0.2 microliter reservoir solution (1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.5% w/v polyethylene glycol (PEG) 8000) and equilibrated against 70 microliter of reservoir solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40.06 Å / Num. obs: 10348 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.701→40.06 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2164 1026 9.92 %
Rwork0.1884 --
obs0.1912 10347 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→40.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数597 0 0 31 628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.088914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.682252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006121
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7006-1.79030.32181440.27861290X-RAY DIFFRACTION100
1.7903-1.90250.23451460.21431319X-RAY DIFFRACTION100
1.9025-2.04940.26511460.18551307X-RAY DIFFRACTION100
2.0494-2.25560.19631470.1931333X-RAY DIFFRACTION100
2.2556-2.58190.23361440.20071316X-RAY DIFFRACTION100
2.5819-3.25270.24041470.21171349X-RAY DIFFRACTION100
3.2527-40.07510.19251520.16811407X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9805-3.26960.26313.75320.89690.7719-0.2623-2.2640.9623-0.1892-0.12420.3508-0.8455-2.28950.34510.37750.0767-0.01290.5567-0.02190.311791.79683.164658.0915
21.26552.05160.9494.8791-1.37456.1948-0.1144-0.7926-1.84210.33870.60520.34470.3446-0.6172-0.35680.3542-0.0882-0.09360.27150.05970.877990.304970.67954.8268
39.05965.3011-2.51493.5764-1.89076.8041-0.34980.7888-1.0635-1.5850.4434-0.59320.5499-0.1007-0.06860.35880.0109-0.080.3435-0.06190.352396.784175.587349.6133
45.0475-2.7898-4.74037.51513.29845.30310.09770.71670.4581-0.8002-0.05490.0458-0.5068-0.3868-0.01370.5921-0.01970.08250.47060.01720.3381105.939489.344443.8169
58.6365-0.71560.23038.0838-0.28361.7446-0.08650.00150.0423-0.00190.1735-0.0444-0.2217-0.0718-0.11220.21030.01990.03470.2553-0.02440.2015105.215678.935557.6473
69.4373.8303-1.78074.0413-3.72815.5039-0.39851.2694-0.7416-1.44460.6545-0.5690.0564-0.5835-0.1720.48190.021-0.01710.4256-0.05640.2086100.872678.434846.2961
75.15371.4737-3.70778.9273-0.16272.8945-0.59790.0333-1.9754-1.0073-0.03040.09541.41840.62420.39160.66040.0239-0.05050.3701-0.00340.768197.618966.141554.5096
86.72913.2858-3.68016.4826-3.69546.4420.3834-0.1933-0.0826-0.0381-0.3727-0.7463-0.35560.6084-0.01970.28350.03620.07080.2988-0.00730.2446106.550683.602452.9031
93.67071.5224-5.60393.9815-3.00827.74630.4857-0.1506-0.33720.1035-0.224-0.7909-0.36460.4999-0.29760.2720.02960.0490.2807-0.00410.3194106.467589.001353.4173
102.37641.87352.42224.53624.83145.3838-0.1122-0.9525-0.84151.1134-0.52541.62270.5544-2.0150.14320.4680.01490.01170.48340.07770.458891.630272.787358.8438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 19:22)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 23:27)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 28:36)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 37:47)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 48:87)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 88:94)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 95:100)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 101:114)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 115:123)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 124:127)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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