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万見
- PDB-2hkb: NMR Structure of the B-DNA Dodecamer CTCGGCGCCATC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hkb
タイトルNMR Structure of the B-DNA Dodecamer CTCGGCGCCATC
要素
  • 5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*G)-3'
キーワードDNA / Nar1 / rMD calculations / Anneal / NOESY / COSY / HSQC
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / distance restraint Constraints simulated annealing restrained molecular dynamics
データ登録者Wang, F. / DeMuro, N.E. / Elmquist, C.E. / Stover, J.S. / Rizzo, C.J. / Stone, M.P.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Base-displaced intercalated structure of the food mutagen 2-amino-3-methylimidazo[4,5-f]quinoline in the recognition sequence of the NarI restriction enzyme, a hotspot for -2 bp deletions.
著者: Wang, F. / DeMuro, N.E. / Elmquist, C.E. / Stover, J.S. / Rizzo, C.J. / Stone, M.P.
履歴
登録2006年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / diffrn ...database_2 / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.solvent_system / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*AP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3282
ポリマ－7,3282
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 12structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*C)-3'


分子量: 3599.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The unmodified oligodeoxynucleotides 5'-d(CTCGGCGCCATC)-3' and 5'-d(GATGGCGCCGAG)-3' were obtained from the Midland Certified Reagent Company, and had been purified by anion exchange chromatography.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*G)-3'


分子量: 3728.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121Magnitude COSY
331E-COSY
341DQF-COSY
351P-COSY
2622D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.7 mM Oligodeoxynucleotide duplex, 0.1 M NaCl, 10 mM phosphate buffer, and 50 uM Na2EDTA (pH 7.0), 100% D2Osample_1100% D2O
solution20.7 mM Oligodeoxynucleotide duplex, 0.1 M NaCl, 10 mM phosphate buffer, and 50 uM Na2EDTA (pH 7.0), 90% H2O, 10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMOligodeoxynucleotide duplexnatural abundance1
0.1 mMNaClnatural abundance1
10 mMphosphate buffernatural abundance1
50 mMNa2EDTAnatural abundance1
0.7 mMOligodeoxynucleotide duplexnatural abundance2
0.1 mMNaClnatural abundance2
10 mMphosphate buffernatural abundance2
50 mMNa2EDTAnatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.1 M NaCl 71 atm288 K
20.1 M NaCl 71 atm278 K
30.1 M NaCl 71 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix95Accelrys Software Inc.解析
CORMA5.2Keepersiterative matrix relaxation
X-PLOR3.1Brunger精密化
MARDIGRAS5.2Borgiasiterative matrix relaxation
精密化手法: distance restraint Constraints simulated annealing restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 12 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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