PDB-4aaa: Crystal structure of the human CDKL2 kinase domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aaa

タイトル

Crystal structure of the human CDKL2 kinase domain

要素

CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 2

キーワード

TRANSFERASE / PHOSPHO-MIMETIC

機能・相同性

機能・相同性情報

sex differentiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Canning, P. / Vollmar, M. / Cooper, C.D.O. / Mahajan, P. / Daga, N. / Berridge, G. / Burgess-Brown, N. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / von Delft, F. ...

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: CDKL Family Kinases Have Evolved Distinct Structural Features and Ciliary Function.
著者: Canning, P. / Park, K. / Goncalves, J. / Li, C. / Howard, C.J. / Sharpe, T.D. / Holt, L.J. / Pelletier, L. / Bullock, A.N. / Leroux, M.R.

履歴

登録	2011年11月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2022年3月30日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aaa.cif.gz	145.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aaa.ent.gz	114 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aaa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4aaa_validation.pdf.gz	766.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4aaa_full_validation.pdf.gz	771.1 KB	表示
XML形式データ	4aaa_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	4aaa_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/4aaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/4aaa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zduC 4aguC 4bbmC 4bgqC 3nizS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6seh-2 2g01-2 6ifg-2 2jld-3 6q8z-4 2wxu-d 3o2m-1 5zca-d 1ca1-d 6zgx-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 2

ヘテロ分子

39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.819, 70.220, 83.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 2 / PROTEIN KINASE P56 KKIAMRE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE KKIAMRE 分子量: 38390.457 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-308 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: HIS85 CONFORMATION B AND ASP84 CONFORMATION A MAY NOT BE OCCUPIED SIMULTANEOUSLY. 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFB-LIC-BSE / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92772, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物	ChemComp-DKI / 5-AMINO-3-{[4-(AMINOSULFONYL)PHENYL]AMINO}-N-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-CARBOTHIOAMIDE / CDK 1/2 INHIBITOR 分子量: 425.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₃F₂N₇O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 159 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 161 TO GLU
非ポリマーの詳細	5-AMINO-3-((4-(AMINOSULFONYL)PHENYL)AMINO)-N-(2, 6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1- ...5-AMINO-3-((4-(AMINOSULFONYL)PHENYL)AMINO)-N-(2, 6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-CARBOTHIOAMIDE (DKI): CDK12 INHIBITOR III
配列の詳細	TWO PHOSPHO-MIMETIC ACTIVATING MUTATIONS INTRODUCED.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.7 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2M NACL, 0.1M TRIS PH 8.5; 25% PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→42.14 Å / Num. obs: 53461 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NIZ

3niz

解像度: 1.53→53.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.88 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES WITH TLS ADDED. RESIDUES 149 TO 160 ARE DISORDERED RESIDUE HIS85 CONFORMATION B AND ASP84 CONFORMATION A MAY NOT BE OCCUPIED SIMULTANEOUSLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2082	3041	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18033	-	-	-
obs	0.18178	56974	99.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.666 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→53.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2393	0	52	259	2704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.563	1.976	3576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.935	2.997	4554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.509	5	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.518	24.286	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.981	15	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.58	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2921
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.275	0.2	797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.301	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.213	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.161	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it			5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it			7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it			9
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it			11
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.533→1.573 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	174	-
R_work	0.395	3479	-
obs	-	-	86.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2865	0.1649	0.3267	0.2296	0.3761	0.6576	0.0241	0.0941	-0.188	-0.002	0.0841	-0.0286	-0.033	0.1439	-0.1083	0.0637	-0.0036	-0.0031	0.0487	-0.0498	0.1753	29.6913	-0.3418	78.4371
2	1.6067	0.473	0.3204	0.3998	0.1624	0.0824	-0.052	0.3794	-0.3801	0.1083	0.1173	-0.0811	0.0192	0.0788	-0.0653	0.073	-0.0222	0.0112	0.1328	-0.0798	0.1132	42.1659	1.5063	78.6955
3	0.451	0.2257	0.0044	0.3923	-0.0889	0.0312	0.0219	-0.045	0.0161	-0.0198	-0.0245	0.0027	0.0174	-0.0036	0.0026	0.0494	-0.0032	0.0021	0.0467	-0.0044	0.038	34.9948	21.435	80.3436
4	0.1987	-0.0279	0.0659	0.1512	-0.1553	0.819	0.0082	0.0155	0.0705	0.0115	-0.0449	-0.0142	-0.0222	0.0156	0.0368	0.041	-0.0063	-0.0042	0.0479	0.0182	0.0343	42.7036	32.9002	73.0624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	86 - 165
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	166 - 303

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