PDB-4a7p: Se-Met derivatized UgdG, UDP-glucose dehydrogenase from Sphingomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a7p

タイトル

Se-Met derivatized UgdG, UDP-glucose dehydrogenase from Sphingomonas elodea

要素

UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CARBOHYDRATE SYNTHESIS / EXOPOLYSACCHARIDE / GELLAN

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SPHINGOMONAS ELODEA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.403 Å

データ登録者

Rocha, J. / Granja, A.T. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of Ugdg, an Udp-Glucose Dehydrogenase from Sphingomonas Elodea Atcc 31461
著者: Rocha, J. / Granja, A.T. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C.

履歴

登録	2011年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月12日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2019年9月25日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a7p.cif.gz	345.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a7p.ent.gz	287.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a7p_validation.pdf.gz	925 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a7p_full_validation.pdf.gz	948.4 KB	表示
XML形式データ	4a7p_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	4a7p_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/4a7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/4a7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2y0e-2 5vr8-3 4xr9-d 2y0c-1 2qg4-2 2qg4-3 4edf-2 5vr8-1 5tw8-d 5vr8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

B: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

98.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

B: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.030, 109.030, 175.813
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:189 OR RESSEQ 195:248 OR RESSEQ 253:435 OR RESSEQ 501:501 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:189 OR RESSEQ 195:248 OR RESSEQ 253:435 OR RESSEQ 501:501 )

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.22146, 0.776726, 0.58962), (0.792343, -0.20914, 0.573108), (0.568461, 0.594102, -0.569118)
ベクター: -203.418, -5.15969, 280.045)

#1: タンパク質	UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE / UGDG SE-MET FORM 分子量: 48449.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SE-METHIONINE DERIVATIZED UGDG 由来: (組換発現) SPHINGOMONAS ELODEA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B843 / 参照: UniProt: A4UTT2, UDP-glucose 6-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
Has protein modification	Y
配列の詳細	CRYSTALLIZED PROTEIN CONTAINS ADDITIONAL N-TERMINAL HISTIDINE TAG AND LINKER HHHHHHGS. ...CRYSTALLIZED PROTEIN CONTAINS ADDITIONAL N-TERMINAL HISTIDINE TAG AND LINKER HHHHHHGS. ADDITIONALLY, ALL METHIONINE RESIDUES WERE DERIVATISED INTO SELENO- METHIONINE RESIDUES. THIS SE-MET UGDG PROTEIN STRUCTURE CORRESPONDS TO THE SE-MET DERIVATIZED DNA SEQUENCE OF GENBANK ENTRY EF488145.2, WHERE UGDG CORRESPONDS TO NUCLEOTIDES 1359-2675. UGDG THUS BEGINS WITH NUCLEOTIDES 1359-13560-13561, WHICH FORM THE CODON GTG. THE CANONICAL TRANSLATION OF CODON GTG IS VALINE, AS IN THE PRESENT STRUCTURE.ODDLY, IN ITS GENBANK ENTRY THE GTG FIRST CODON OF UGDG WAS WRONGLY TRANSLATED INTO METHIONINE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 1 ML DROPS OF PROTEIN SOLUTION, 5.5 MG/ML SE-MET UGDG IN 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT AND 1 MM NAD, WERE MIXED WITH 1 ML DROPS OF PRECIPITANT SOLUTION, 0.1 M MES PH 6.5, 40 % ...詳細: 1 ML DROPS OF PROTEIN SOLUTION, 5.5 MG/ML SE-MET UGDG IN 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT AND 1 MM NAD, WERE MIXED WITH 1 ML DROPS OF PRECIPITANT SOLUTION, 0.1 M MES PH 6.5, 40 % (W/V) PEG 200, AND LET EQUILIBRATE BY VAPOR DIFFUSION AGAINST 500 ML PRECIPITANT SOLUTION AT 293 K.

結晶

マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 1 ML DROPS OF PROTEIN SOLUTION, 5.5 MG/ML SE-MET UGDG IN 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT AND 1 MM NAD, WERE MIXED WITH 1 ML DROPS OF PRECIPITANT SOLUTION, 0.1 M MES PH 6.5, 40 % ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月2日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→48.78 Å / Num. obs: 27657 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 121.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
FFFEAR	モデル構築
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
SOLVE	位相決定
直接法	位相決定
RESOLVE	位相決定
FFFEAR	位相決定
XFIT	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.403→48.76 Å / SU ML: 0.91 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.28 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SE-MET UGDG SAD PHASES LED TO A PRELIMINARY MODEL, WITH 346 OUT OF 438 RESIDUES OF WHICH 318 WERE ASSIGNED AS ALANINES, WHICH WAS USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT OF A NATIVE UGDG HEXAGONAL ...

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.2298	-	-
obs	-	27657	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 85.669 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 130 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.0266 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-10.0266 Å²	0 Å²
3-	-	-	20.0532 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.403→48.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6469	0	88	0	6557

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6665
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.011	9047
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.835	2456
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1055
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1177

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3260	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3260	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.403-3.4417	0.2945	919	0.2945	919	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4417-3.4822	0.3049	907	0.3049	907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4822-3.5246	0.312	929	0.312	929	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5246-3.5692	0.273	918	0.273	918	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5692-3.6162	0.2827	933	0.2827	933	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6162-3.6657	0.2716	924	0.2716	924	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6657-3.7181	0.2405	916	0.2405	916	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7181-3.7735	0.2577	941	0.2577	941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7735-3.8325	0.2631	937	0.2631	937	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8325-3.8953	0.2423	939	0.2423	939	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8953-3.9624	0.2607	897	0.2607	897	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9624-4.0345	0.2479	948	0.2479	948	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0345-4.112	0.2321	899	0.2321	899	X-RAY DIFFRACTION	100
4.112-4.1959	0.2276	925	0.2276	925	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1959-4.2871	0.2201	920	0.2201	920	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2871-4.3867	0.2039	927	0.2039	927	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3867-4.4964	0.2342	924	0.2342	924	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4964-4.6179	0.2107	923	0.2107	923	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6179-4.7536	0.2193	929	0.2193	929	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7536-4.9069	0.2327	921	0.2327	921	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9069-5.0821	0.2352	923	0.2352	923	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0821-5.2854	0.2251	925	0.2251	925	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2854-5.5256	0.2533	930	0.2533	930	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5256-5.8165	0.2522	926	0.2522	926	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8165-6.1802	0.2688	915	0.2688	915	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1802-6.6563	0.2391	939	0.2391	939	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6563-7.3242	0.2528	923	0.2528	923	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3242-8.3794	0.1977	924	0.1977	924	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3794-10.5395	0.1571	897	0.1571	897	X-RAY DIFFRACTION	98
10.5395-48.7647	0.2263	879	0.2263	879	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6901	-1.9883	-0.8426	1.7598	0.7235	2.5264	-0.1708	0.6019	-0.754	-0.0284	-0.5682	0.9586	0.1295	-1.1041	-0.34	0.7764	-0.2381	0.3037	0.8239	-0.1982	1.1378	2.5847	65.618	220.2009
2	0.8211	0.7356	0.756	1.4418	-0.6949	3.149	-0.5446	0.3439	0.012	-0.7531	-0.1885	-0.8763	-0.1118	1.8975	-0.1382	0.6319	0.072	-0.0237	1.137	-0.0537	0.7479	21.9831	92.8907	211.9689
3	1.7258	0.1089	0.7908	2.1352	-0.0415	1.5943	0.0086	0.9739	-0.1905	-0.7719	-0.0572	0.1353	-0.089	0.0347	0.0286	0.7518	-0.0293	-0.0301	0.9239	-0.2016	0.4693	10.0269	88.9554	197.9496
4	2.3194	0.2988	-0.5933	1.6144	0.7232	2.3929	-0.7389	-0.2837	0.1716	-0.0115	-0.0258	0.351	0.1504	0.0278	-1.7612	0.7413	-0.081	-0.3693	0.7028	-0.25	0.7591	-23.5351	109.7471	196.224
5	4.9522	-1.131	4.4544	6.4105	-1.169	4.0065	0.2533	-1.6839	-0.047	1.6567	0.2773	0.8142	-0.178	-0.9915	0.5976	0.4269	-0.0335	0.1099	0.6344	-0.395	0.7228	-10.8946	113.9094	227.9439
6	1.0408	0.209	0.6832	1.3678	-0.7006	2.0867	-0.0221	-0.3341	0.1035	0.148	-0.2761	1.0571	-0.2578	-0.7249	-0.3084	0.4219	-0.1042	0.0902	0.6873	-0.1984	0.744	-19.3661	97.3094	226.5143

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID -1:209)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 210:253)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 254:438)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID -1:209)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 210:253)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 254:438)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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