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- PDB-4a63: Crystal structure of the p73-ASPP2 complex at 2.6A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a63
タイトルCrystal structure of the p73-ASPP2 complex at 2.6A resolution
要素
  • APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2
  • TUMOUR PROTEIN 73
キーワードCELL CYCLE / TP53BP2 / TUMOUR SUPPRESSOR / ANKYRINS / APOPTOSIS REGULATORY PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lung ciliated cell differentiation / cerebrospinal fluid secretion / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuron differentiation / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / digestive tract morphogenesis ...positive regulation of lung ciliated cell differentiation / cerebrospinal fluid secretion / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuron differentiation / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / digestive tract morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / negative regulation of cell cycle / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of cell size / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of execution phase of apoptosis / NF-kappaB binding / neuron development / mismatch repair / MDM2/MDM4 family protein binding / regulation of mitotic cell cycle / release of cytochrome c from mitochondria / transcription corepressor binding / post-embryonic development / hippocampus development / protein tetramerization / kidney development / SH3 domain binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / p53 binding / cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of MAPK cascade / regulation of cell cycle / ciliary basal body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / DNA damage response / centrosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Apoptosis-stimulating of p53 protein 2-like, N-terminal RA domain / Tumour protein p73, SAM domain / Immunoglobulin-like - #720 / Ankyrin repeat / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif ...: / : / : / Apoptosis-stimulating of p53 protein 2-like, N-terminal RA domain / Tumour protein p73, SAM domain / Immunoglobulin-like - #720 / Ankyrin repeat / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / Ankyrin repeat-containing domain / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / SH3 Domains / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / SH3 domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / SH3 type barrels. / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Roll / Ubiquitin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Tumor protein p73 / Apoptosis-stimulating of p53 protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Canning, P. / Sharpe, T. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Cooper, C.D.O. / Salah, E. / Keates, T. / Muniz, J. / Vollmar, M. / von Delft, F. ...Canning, P. / Sharpe, T. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Cooper, C.D.O. / Salah, E. / Keates, T. / Muniz, J. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C. / Bountra, C. / Edwards, A. / Bullock, A.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Aspp2 Recognition by the Tumor Suppressor P73.
著者: Canning, P. / von Delft, F. / Bullock, A.N.
履歴
登録2011年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22012年10月31日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUMOUR PROTEIN 73
B: APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2
C: TUMOUR PROTEIN 73
D: APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2
E: TUMOUR PROTEIN 73
F: APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2
G: TUMOUR PROTEIN 73
H: APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2
I: TUMOUR PROTEIN 73
J: APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2
K: TUMOUR PROTEIN 73
L: APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,62326
ポリマ－301,76412
非ポリマー85814
水12,088671
1
A: TUMOUR PROTEIN 73
B: APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2942
ポリマ－50,2942
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-4.4 kcal/mol
Surface area23880 Å2
手法PISA
2
C: TUMOUR PROTEIN 73
D: APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5376
ポリマ－50,2942
非ポリマー2434
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-4.6 kcal/mol
Surface area22920 Å2
手法PISA
3
E: TUMOUR PROTEIN 73
F: APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3593
ポリマ－50,2942
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-5.9 kcal/mol
Surface area22730 Å2
手法PISA
4
G: TUMOUR PROTEIN 73
H: APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4184
ポリマ－50,2942
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-3.8 kcal/mol
Surface area23070 Å2
手法PISA
5
I: TUMOUR PROTEIN 73
J: APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4785
ポリマ－50,2942
非ポリマー1833
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-4.1 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
6
K: TUMOUR PROTEIN 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5264
ポリマ－23,3431
非ポリマー1833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
L: APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0112
ポリマ－26,9511
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.810, 170.100, 177.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9978, -0.0418, 0.0521), (-0.0385, 0.9973, 0.0625), (-0.0546, 0.0603, -0.9967)118.5932, 2.6553, 125.0005
2given(0.9982, -0.0509, -0.0313), (0.0511, 0.9987, 0.0065), (0.0309, -0.0081, 0.9995)-4.9379, -1.0056, 59.6942
3given(0.9999, 0.003, 0.0127), (0.0033, -0.9997, -0.0239), (0.0126, 0.024, -0.9996)-66.4735, 46.3594, 117.1661
4given(-0.9985, 0.0258, -0.0487), (-0.0278, -0.9988, 0.0406), (-0.0476, 0.0419, 0.998)56.5417, 44.506, 1.6732
5given(-0.999, 0.0263, -0.0351), (-0.0272, -0.9993, 0.0246), (-0.0344, 0.0255, 0.9991)59.9801, 46.566, 60.174
6given(-0.9998, 0.0167, -0.0114), (-0.0179, -0.993, 0.1164), (-0.0094, 0.1166, 0.9931)54.2497, 38.9586, -3.2515
7given(-0.9982, -0.0583, 0.0118), (-0.0589, 0.9963, -0.0626), (-0.0081, -0.0632, -0.998)-12.1315, 3.1359, 118.5837
8given(-0.9997, 0.0253, -0.0034), (-0.0254, -0.9995, 0.021), (-0.0028, 0.0211, 0.9998)59.4735, 46.6306, 58.421
9given(0.9993, -0.0384, -0.0033), (0.0385, 0.9977, 0.0553), (0.0012, -0.0554, 0.9985)-5.3151, -0.8583, 59.9342
10given(0.9994, 0.0344, -0.0027), (0.0344, -0.9994, 0.007), (-0.0025, -0.0071, -1)-67.0543, 42.5625, 119.1191

-
要素

#1: タンパク質
TUMOUR PROTEIN 73 / P53-LIKE TRANSCRIPTION FACTOR / P53-RELATED PROTEIN


分子量: 23342.561 Da / 分子数: 6 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 PRARE2 / 参照: UniProt: O15350
#2: タンパク質
APOPTOSIS STIMULATING OF P53 PROTEIN 2 / BCL2-BINDING PROTEIN / BBP / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-51 / TUMOR SUPPRESSOR P53-BINDING ...BCL2-BINDING PROTEIN / BBP / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-51 / TUMOR SUPPRESSOR P53-BINDING PROTEIN 2 / 53BP2 / P53-BINDING PROTEIN 2 / P53BP2


分子量: 26951.475 Da / 分子数: 6 / 断片: ANKYRIN AND SH3 DOMAINS, RESIDUES 892-1128 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q13625
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 671 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細ACETATE (ACT): PRESENT IN CRYSTALLIZATION BUFFER

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.03 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.00M NA/KPO4, 0.1M ACETATE PH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→88.72 Å / Num. obs: 111026 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 43.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2XWC AND 1YCS CHAIN B

2xwc

1ycs


解像度: 2.27→85.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7815 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU R Cruickshank DPI: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.212 / SU Rfree Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.184
詳細: INITIAL REFINEMENT WITH REFMAC BUSTER 2.1 PHENIX.XTRIAGE. THE ANALYSES OF THE PATTERSON FUNCTION REVEALS A SIGNIFICANT OFF-ORIGIN PEAK THAT IS 47.52 PERCENT OF THE ORIGIN PEAK, INDICATING ...詳細: INITIAL REFINEMENT WITH REFMAC BUSTER 2.1 PHENIX.XTRIAGE. THE ANALYSES OF THE PATTERSON FUNCTION REVEALS A SIGNIFICANT OFF-ORIGIN PEAK THAT IS 47.52 PERCENT OF THE ORIGIN PEAK, INDICATING PSEUDO TRANSLATIONAL SYMMETRY. IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=19288. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0 NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=6.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 8824 5.02 %RANDOM
Rwork0.2151 ---
obs0.2166 175926 97.07 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0135 Å20 Å2-2.2847 Å2
2---6.4261 Å20 Å2
3---7.4395 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.305 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→85.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18374 0 41 671 19086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0118918HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0825841HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8430SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes466HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2792HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18918HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd7SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2517SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact21358SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.33 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2617 693 5.29 %
Rwork0.2422 12399 -
all0.2432 13092 -
obs--97.07 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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