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- PDB-6no5: ADP bound to K46bE&K114bD mutant ATP-grasp fold of Blastocystis h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6no5
タイトルADP bound to K46bE&K114bD mutant ATP-grasp fold of Blastocystis hominis succinyl-CoA synthetase
要素Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
キーワードLIGASE / Double mutation / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenosome / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Succinate--CoA synthetase, beta subunit / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / Succinyl-CoA synthetase-like / ATP-grasp fold, subdomain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / AMMONIUM ION / Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Blastocystis sp. subtype 1
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.069 Å
データ登録者Huang, J. / Fraser, M.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)222915-2013 カナダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: ATP-specificity of succinyl-CoA synthetase from Blastocystis hominis.
著者: Huang, J. / Nguyen, V.H. / Hamblin, K.A. / Maytum, R. / van der Giezen, M. / Fraser, M.E.
履歴
登録2019年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
B: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
C: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
D: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,26616
ポリマ－110,3884
非ポリマー1,87812
水7,296405
1
A: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
B: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1338
ポリマ－55,1942
非ポリマー9396
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
2
C: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
D: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1338
ポリマ－55,1942
非ポリマー9396
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.052, 82.494, 91.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...
21(chain B and (resid 2 through 5 or resid 8...
31(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...
41(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNGLUGLU(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA2 - 52 - 5
12SERSERGLUGLU(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA8 - 238 - 23
13ALAALALYSLYS(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA25 - 3625 - 36
14LEULEUTRPTRP(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA38 - 6338 - 63
15TRPTRPTRPTRP(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA66
16ILEILEALAALA(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA88 - 9988 - 99
17METMETPHEPHE(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA1 - 2391 - 239
18METMETPHEPHE(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA1 - 2391 - 239
19METMETPHEPHE(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA1 - 2391 - 239
110METMETPHEPHE(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA1 - 2391 - 239
111GLYGLYALAALA(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA130 - 136130 - 136
112PHEPHEILEILE(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA156 - 209156 - 209
113PROPROPHEPHE(chain A and (resid 2 through 5 or resid 8...AA211 - 233211 - 233
21ASNASNGLUGLU(chain B and (resid 2 through 5 or resid 8...BB2 - 52 - 5
22SERSERGLUGLU(chain B and (resid 2 through 5 or resid 8...BB8 - 238 - 23
23ALAALALYSLYS(chain B and (resid 2 through 5 or resid 8...BB25 - 3625 - 36
24METMETASPASP(chain B and (resid 2 through 5 or resid 8...BB1 - 2341 - 234
25GLYGLYVALVAL(chain B and (resid 2 through 5 or resid 8...BB101 - 107101 - 107
26METMETASPASP(chain B and (resid 2 through 5 or resid 8...BB1 - 2341 - 234
27VALVALVALVAL(chain B and (resid 2 through 5 or resid 8...BB109109
28GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 2 through 5 or resid 8...BB111 - 121111 - 121
29GLYGLYALAALA(chain B and (resid 2 through 5 or resid 8...BB130 - 136130 - 136
210PHEPHEILEILE(chain B and (resid 2 through 5 or resid 8...BB156 - 209156 - 209
211PROPROPHEPHE(chain B and (resid 2 through 5 or resid 8...BB211 - 233211 - 233
31ASNASNGLUGLU(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC2 - 52 - 5
32SERSERGLUGLU(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC8 - 238 - 23
33ALAALALYSLYS(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC25 - 3625 - 36
34LEULEUTRPTRP(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC38 - 6338 - 63
35TRPTRPTRPTRP(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC66
36ILEILEALAALA(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC88 - 9988 - 99
37ASNASNPHEPHE(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC2 - 2332 - 233
38ASNASNPHEPHE(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC2 - 2332 - 233
39ASNASNPHEPHE(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC2 - 2332 - 233
310ASNASNPHEPHE(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC2 - 2332 - 233
311GLYGLYALAALA(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC130 - 136130 - 136
312PHEPHEILEILE(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC156 - 209156 - 209
313PROPROPHEPHE(chain C and (resid 2 through 5 or resid 8...CC211 - 233211 - 233
41ASNASNGLUGLU(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...DD2 - 52 - 5
42SERSERGLUGLU(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...DD8 - 238 - 23
43ALAALALYSLYS(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...DD25 - 3625 - 36
44TRPTRPTRPTRP(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...DD66
45ILEILEALAALA(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...DD88 - 9988 - 99
46METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...DD1 - 2341 - 234
47VALVALVALVAL(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...DD109109
48GLYGLYLEULEU(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...DD111 - 121111 - 121
49METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...DD1 - 2341 - 234
410GLYGLYALAALA(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...DD130 - 136130 - 136
411PHEPHEILEILE(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...DD156 - 209156 - 209
412PROPROPHEPHE(chain D and (resid 2 through 5 or resid 8...DD211 - 233211 - 233

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要素

#1: タンパク質
Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta / Succinyl-CoA synthetase beta chain / SCS-beta


分子量: 27596.898 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 16-253 / 変異: K46E, K114D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Blastocystis sp. subtype 1 (strain ATCC 50177 / NandII) (真核生物)
株: ATCC 50177 / NandII / 遺伝子: SCSb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3FHP0, succinate-CoA ligase (ADP-forming)
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% w/v PEG3350, 100 mM MES, pH 6.6, 140 mM ammonium tartrate, pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.069→45.61 Å / Num. obs: 70552 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.07-2.123.20.575199.8
9.26-45.613.20.14199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIXdev_3311精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.069→36.648 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 25.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 3505 4.97 %
Rwork0.1943 --
obs0.1957 70490 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 173.27 Å2 / Biso mean: 54.1789 Å2 / Biso min: 26.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.069→36.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7088 0 192 405 7685
Biso mean--46.74 45.33 -
残基数----927
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3665X-RAY DIFFRACTION5.073TORSIONAL
12B3665X-RAY DIFFRACTION5.073TORSIONAL
13C3665X-RAY DIFFRACTION5.073TORSIONAL
14D3665X-RAY DIFFRACTION5.073TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0693-2.09770.29071180.28752613273199
2.0977-2.12760.32331420.289127192861100
2.1276-2.15940.29531210.290226572778100
2.1594-2.19310.31841200.280726652785100
2.1931-2.22910.3111300.307927302860100
2.2291-2.26750.3111840.280925662750100
2.2675-2.30870.35091560.288826492805100
2.3087-2.35310.28251440.248426992843100
2.3531-2.40110.30151300.236826672797100
2.4011-2.45330.25061190.22426872806100
2.4533-2.51040.24851320.217826852817100
2.5104-2.57320.26641450.215826642809100
2.5732-2.64270.26711590.215426542813100
2.6427-2.72050.27781440.215226822826100
2.7205-2.80820.22561080.206427022810100
2.8082-2.90860.23231490.204626752824100
2.9086-3.0250.21331820.212126362818100
3.025-3.16260.23141490.207426942843100
3.1626-3.32920.27221530.208726582811100
3.3292-3.53760.20671410.191526802821100
3.5376-3.81050.21581270.174727122839100
3.8105-4.19350.19511220.154627182840100
4.1935-4.79920.17051440.138426882832100
4.7992-6.0420.16841520.152127102862100
6.042-36.6540.15641340.17452775290999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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