PDB-4a52: NMR structure of the imipenem-acylated L,D-transpeptidase from Ba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a52

タイトル

NMR structure of the imipenem-acylated L,D-transpeptidase from Bacillus subtilis

要素

PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

キーワード

TRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / CYSTEINE PROTEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

spore wall / 転移酵素 / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / glycosyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)

手法

溶液NMR / ITERATIVE STRUCTURE CALCULATION WITH ARIA2.3

データ登録者

Lecoq, L. / Simorre, J. / Bougault, C. / Arthur, M. / Hugonnet, J. / Veckerle, C. / Pessey, O.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Dynamics Induced by Beta-Lactam Antibiotics in the Active Site of Bacillus subtilis L,D-Transpeptidase.
著者: Lecoq, L. / Bougault, C. / Hugonnet, J. / Veckerle, C. / Pessey, O. / Arthur, M. / Simorre, J.P.

履歴

登録	2011年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月11日	Group: Other
改定 1.2	2014年1月15日	Group: Database references / Structure summary
改定 2.0	2018年1月24日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / database_PDB_caveat / pdbx_nmr_spectrometer Item: _citation.page_last / _citation.title ..._citation.page_last / _citation.title / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a52.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a52.ent.gz	906.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a52_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a52_full_validation.pdf.gz	622.1 KB	表示
XML形式データ	4a52_validation.xml.gz	88.4 KB	表示
CIF形式データ	4a52_validation.cif.gz	108.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/4a52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/4a52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zqdC 1y7m 4a1i 4a1j 4a1k C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1knb-d 1j08-5 6e3b-14 3n7r-2 4pwu-2 6cjn-2 6g03-d 4zyz-d 6e3b-13 1j08-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18037

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

ヘテロ分子

19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	STRUCTURE WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD / SPORE PROTEIN YKUD / IMIPENEM-LDTBS 分子量: 18960.732 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-164 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PREP4GROESL / 参照: UniProt: O34816, 転移酵素
#2: 化合物	ChemComp-IM2 / (5R)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-3-[(2-{[(E)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbox ylic acid / IMIPENEM, open form / N-FORMIMIDOYL-THIENAMYCINE, open form 分子量: 301.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₃O₄S / コメント: 抗生剤*YM
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	13C-HSQC-NOESY
2	2	1	1H-15N- HSQC
3	3	1	1H -13C-HSQC
4	4	1	13C- HSQC-NOESY METHYL SELECTIVE
5	5	1	15N-HSQC-NOESY
6	6	1	1H-15N- HMQC OPTIMIZED FOR IMIDAZOLE RING OF HISTIDINES
7	7	1	HNCO
8	8	1	HN(CA)CB
9	9	1	1H- 13C-HSQC CENTERED ON AROMATICS
10	10	1	13C-HSQC-NOESY CENTERED ON AROMATICS

NMR実験の詳細

Text: THE 20 NMR STRUCTURES WERE DETERMINED USING TRIPLE- RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON A 13C, 15N-LABELED LDTBS SAMPLE INCUBATED WITH 2.5 EQUIVALENTS OF IMIPENEM ANTIBIOTIC. THESE STRUCTURES WERE ...

-
試料調製

詳細

内容: 90% H2O/10% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0.15	6.5	1.0 atm	298.0 K
2	0.15	6.5	1.0 atm	298.0 K
3	0.15	6.5	1.0 atm	298.0 K
4	0.15	6.5	1.0 atm	298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	900	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	2
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS		BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
CNS	1.2		構造決定
TALOS+	ANY		構造決定
UNIO	10		構造決定
NMRDraw	ANY		構造決定
NMRPipe	ANY		構造決定
CcpNmr Analysis	2.2		構造決定

精密化

手法: ITERATIVE STRUCTURE CALCULATION WITH ARIA2.3 / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINEMENT IN WATER AFTER 8 ITERATIONS.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: STRUCTURE WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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