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万見
- PDB-6g03: NMR Solution Structure of yeast TSR2(1-152) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g03
タイトルNMR Solution Structure of yeast TSR2(1-152)
要素Pre-rRNA-processing protein TSR2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ribosome maturation / transport of ribosomal protein S26 / nuclear unloading factor / escortin / nucleus / alpha-helical protein / eukaryotic specific segments
機能・相同性Pre-rRNA-processing protein TSR2 / Pre-rRNA-processing protein TSR2 / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome binding / nucleus / cytoplasm / Pre-rRNA-processing protein TSR2
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Michel, E. / Schuetz, S. / Damberger, F.F. / Allain, F.H.-T. / Panse, V.G.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research CouncilEURIBIO260676
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for disassembly of an importin:ribosomal protein complex by the escortin Tsr2.
著者: Schutz, S. / Michel, E. / Damberger, F.F. / Oplova, M. / Pena, C. / Leitner, A. / Aebersold, R. / Allain, F.H. / Panse, V.G.
履歴
登録2018年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-rRNA-processing protein TSR2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9381
ポリマ－17,9381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9080 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein TSR2 / 20S rRNA accumulation protein 2


分子量: 17938.062 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-152 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TSR2, YLR435W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlusRIL / 参照: UniProt: Q06672

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic32D 1H-15N HSQC
121isotropic33D HNCA
131isotropic33D CBCA(CO)NH
141isotropic33D HN(CA)CB
151isotropic23D 1H-15N TOCSY
161isotropic33D C(CO)NH
171isotropic23D H(CCO)NH
181isotropic23D (H)CCH-TOCSY
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.8 mM [U-13C; U-15N] Tsr2(1-152), 20 mM sodium phosphate, 1 mM [U-2H] DTT, 10 uM EDTA, 95% H2O/5% D2O
Label: 15N,13C-Tsr2(1-152) / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMTsr2(1-152)[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
1 mMDTT[U-2H]1
10 uMEDTAnatural abundance1
試料状態イオン強度: 41 mM / Label: NMR Buffer / pH: 7 / 圧: Ambient atm / 温度: 293.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003

-
解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
ATNOSHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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