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万見
- PDB-4a4m: Crystal structure of the light-activated constitutively active N2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a4m
タイトルCrystal structure of the light-activated constitutively active N2C, M257Y,D282C rhodopsin mutant in complex with a peptide resembling the C-terminus of the Galpha-protein subunit (GaCT)
要素
  • GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-3
  • RHODOPSIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / G-PROTEIN / G-PROTEIN-COUPLED RECEPTORS / SIGNAL TANSDUCTION / VISUAL SYSTEM / METARHODOPSIN-II
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylate cyclase inhibitory pathway / Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / sensory perception of bitter taste / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / sperm head plasma membrane / rod bipolar cell differentiation / absorption of visible light / sensory perception of umami taste / opsin binding ...Adenylate cyclase inhibitory pathway / Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / sensory perception of bitter taste / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / sperm head plasma membrane / rod bipolar cell differentiation / absorption of visible light / sensory perception of umami taste / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / G protein-coupled opsin signaling pathway / photoreceptor inner segment membrane / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / podosome assembly / G protein-coupled photoreceptor activity / 11-cis retinal binding / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / detection of light stimulus involved in visual perception / sensory perception of sweet taste / rod photoreceptor outer segment / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / response to light intensity / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Extra-nuclear estrogen signaling / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / acyl binding / phototransduction, visible light / response to light stimulus / photoreceptor outer segment / phototransduction / G-protein alpha-subunit binding / photoreceptor inner segment / sperm midpiece / visual perception / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / microtubule cytoskeleton organization / photoreceptor disc membrane / GDP binding / cell-cell junction / heterotrimeric G-protein complex / gene expression / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / GTPase activity / protein kinase binding / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein alpha subunit, group I ...Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PALMITIC ACID / RETINAL / Rhodopsin / Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Deupi, X. / Edwards, P. / Singhal, A. / Nickle, B. / Oprian, D.D. / Schertler, G.F.X. / Standfuss, J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Stabilized G Protein Binding Site in the Structure of Constitutively Active Metarhodopsin-II.
著者: Deupi, X. / Edwards, P. / Singhal, A. / Nickle, B. / Oprian, D. / Schertler, G. / Standfuss, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of a Thermally Stable Rhodopsin Mutant.
著者: Standfuss, J. / Xie, G. / Edwards, P.C. / Burghammer, M. / Oprian, D.D. / Schertler, G.F.X.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: The Structural Basis of Agonist-Induced Activation in Constitutively Active Rhodopsin.
著者: Standfuss, J. / Edwards, P.C. / D'Antona, A. / Fransen, M. / Xie, G. / Oprian, D.D. / Schertler, G.F.X.
履歴
登録2011年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHODOPSIN
B: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6497
ポリマ－40,3322
非ポリマー1,3175
水1629
1
A: RHODOPSIN
B: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-3
ヘテロ分子

A: RHODOPSIN
B: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,29714
ポリマ－80,6644
非ポリマー2,63310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area9720 Å2
ΔGint-22.9 kcal/mol
Surface area29330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)242.190, 242.190, 109.829
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RHODOPSIN / CONSTITUTIVELY ACTIVE RHODOPSIN MUTANT


分子量: 39066.562 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 組織: RETINA / Cell: ROD PHOTORECEPTOR / 器官: EYE / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P02699
#2: タンパク質・ペプチド GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(T) SUBUNIT ALPHA-3 / GACT PEPTIDE / GUSTDUCIN ALPHA-3 CHAIN


分子量: 1265.499 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 344-354 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: P0C7Q4, UniProt: P04695*PLUS

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 12分子

#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 2 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 257 TO TYR ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 2 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 257 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 282 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 345 TO LEU
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.43 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5
詳細: 3.0-3.4 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→45 Å / Num. obs: 17649 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 75.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 65.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X72

2x72


解像度: 3.3→45.77 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2618 901 5.1 %
Rwork0.2157 --
obs0.218 17632 94.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.896 Å2 / ksol: 0.279 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.6526 Å20 Å20 Å2
2---19.6526 Å20 Å2
3---39.3052 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→45.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2683 0 89 9 2781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.453881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6691015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01476
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.50670.3731120.30112006X-RAY DIFFRACTION69
3.5067-3.77730.27851690.25092905X-RAY DIFFRACTION100
3.7773-4.15720.24951670.19422917X-RAY DIFFRACTION100
4.1572-4.75820.20181580.162928X-RAY DIFFRACTION100
4.7582-5.99280.22351440.18272969X-RAY DIFFRACTION100
5.9928-45.7740.28781510.23463006X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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