[日本語] English
- PDB-4a2q: Structure of duck RIG-I tandem CARDs and helicase domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a2q
タイトルStructure of duck RIG-I tandem CARDs and helicase domain
要素RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
キーワードHYDROLASE / SUPERFAMILY 2 RNA HELICASE / ATP AND DSRNA BINDING / ANTIVIRAL SIGNALLING PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


antiviral innate immune response / double-stranded RNA binding / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / hydrolase activity / RNA helicase / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / RIG-I, CARD domain repeat 2 / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : ...phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / RIG-I, CARD domain repeat 2 / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ANAS PLATYRHYNCHOS (アヒル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Kowalinski, E. / Lunardi, T. / McCarthy, A.A. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / : 2011
タイトル: Structural Basis for the Activation of Innate Immune Pattern Recognition Receptor Rig-I by Viral RNA.
著者: Kowalinski, E. / Lunardi, T. / Mccarthy, A.A. / Louber, J. / Brunel, J. / Grigorov, B. / Gerlier, D. / Cusack, S.
履歴
登録2011年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22012年2月8日Group: Other
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
B: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
D: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I
E: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,9334
ポリマ-362,9334
非ポリマー00
00
1
A: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7331
ポリマ-90,7331
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7331
ポリマ-90,7331
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7331
ポリマ-90,7331
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
E: RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7331
ポリマ-90,7331
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)314.970, 134.490, 102.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
32D
42E
13A
23B
33D
43E
14A
24B
34D
44E
15A
25B
35D
45E
16A
26B
17D
27E
18D
28E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 94
2111B1 - 94
1121A246 - 457
2121B246 - 457
3121D246 - 457
4121E246 - 457
1131A611 - 707
2131B611 - 707
3131D611 - 707
4131E611 - 707
1231A730 - 743
2231B730 - 743
3231D730 - 743
4231E730 - 743
1141A471 - 602
2141B471 - 602
3141D471 - 602
4141E471 - 602
1151A750 - 790
2151B750 - 790
3151D750 - 790
4151E750 - 790
1161A95 - 186
2161B95 - 186
1171D2 - 94
2171E2 - 94
1181D95 - 186
2181E95 - 186

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.996959, -0.006014, 0.07769), (-0.005947, -0.999982, -0.001097), (0.077695, 0.000631, -0.996977)-2.10358, 64.79903, 57.16931
3given(-0.955674, 0.076495, 0.284315), (0.082274, 0.996574, 0.008419), (-0.282697, 0.031437, -0.958694)-78.8286, 14.1496, 53.39284
4given(-0.932957, -0.072516, -0.352608), (0.082222, -0.996534, -0.012605), (-0.350472, -0.040752, 0.935686)-55.88608, 79.8201, 2.08132

-
要素

#1: タンパク質
RETINOIC ACID INDUCIBLE PROTEIN I / RIG-I


分子量: 90733.344 Da / 分子数: 4 / 断片: TANDEM CARDS AND HELICASE DOMAIN, RESIDUES 1-794 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ANAS PLATYRHYNCHOS (アヒル) / プラスミド: PFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: D3TI84
配列の詳細ADDITIONAL GAM AT N-TERMINUS AFTER CLEAVAGE OF HIS-TAG

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 12 MG/ML PROTEIN AND 0.2 M TRI-SODIUM CITRATE, 17% PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 57366 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.27 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0116精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A2P
解像度: 3.4→157.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 74.197 / SU ML: 0.519 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.608 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2764 2904 5.1 %RANDOM
Rwork0.23879 ---
obs0.2407 54462 97.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 129.542 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.65 Å20 Å2-1.38 Å2
2---5.58 Å20 Å2
3---1.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→157.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21661 0 0 0 21661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222001
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0215143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1111.96729683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.822337008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.93652662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96124.621052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.205154184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.29515153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.23400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0223975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024262
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11A1302tight positional0.010.05
12B1302tight positional0.010.05
21A2713tight positional0.020.05
22B2713tight positional0.020.05
23D2713tight positional0.020.05
24E2713tight positional0.020.05
31A915tight positional0.020.05
32B915tight positional0.020.05
33D915tight positional0.020.05
34E915tight positional0.020.05
41A1656tight positional0.020.05
42B1656tight positional0.020.05
43D1656tight positional0.020.05
44E1656tight positional0.020.05
51A625tight positional0.020.05
52B625tight positional0.020.05
53D625tight positional0.020.05
54E625tight positional0.010.05
61A1282tight positional0.020.05
62B1282tight positional0.020.05
71D1288tight positional0.010.05
72E1288tight positional0.010.05
81D1282tight positional0.010.05
82E1282tight positional0.010.05
11A1302tight thermal1.920.5
12B1302tight thermal1.920.5
21A2713tight thermal5.90.5
22B2713tight thermal6.380.5
23D2713tight thermal6.340.5
24E2713tight thermal7.010.5
31A915tight thermal7.010.5
32B915tight thermal7.610.5
33D915tight thermal8.50.5
34E915tight thermal7.250.5
41A1656tight thermal4.690.5
42B1656tight thermal4.980.5
43D1656tight thermal5.650.5
44E1656tight thermal5.610.5
51A625tight thermal70.5
52B625tight thermal7.230.5
53D625tight thermal7.410.5
54E625tight thermal7.30.5
61A1282tight thermal2.120.5
62B1282tight thermal2.120.5
71D1288tight thermal6.630.5
72E1288tight thermal6.630.5
81D1282tight thermal3.380.5
82E1282tight thermal3.380.5
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 227 -
Rwork0.298 3986 -
obs--99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.10680.2922-0.865812.90552.31129.3067-0.07170.54480.1529-0.67730.10330.82310.7039-0.5113-0.03160.4283-0.0003-0.11720.1757-0.00610.0733-58.5058-0.6519-0.0783
26.79210.6184-4.892111.12374.64568.6539-0.0683-0.26270.06360.42580.3022-0.13961.3450.213-0.23390.49430.0277-0.09280.1072-0.05180.0393-57.58418.356122.3843
33.51-0.1114-1.07189.3126-0.79433.5379-0.11850.3755-0.4366-0.37810.0099-0.53330.2313-0.02840.10860.2991-0.04630.02030.3851-0.06860.1225-56.8319-8.601665.8033
44.6950.36053.33252.9875-0.01037.8036-0.0898-0.1819-0.2280.4760.2792-0.16270.24650.0366-0.18940.32080.08730.09620.28360.03340.0859-64.301223.096443.2325
57.00960.5674-0.098815.29462.19339.0129-0.1227-0.4377-0.09480.64810.05040.8613-0.548-0.63670.07220.28430.05210.13320.1759-0.0040.0929-60.298165.751452.7646
66.3294-1.19934.783812.16455.293810.39630.15520.2443-0.0204-0.37180.2906-0.1059-1.24010.2036-0.44590.4493-0.00830.1680.0944-0.0360.0765-57.741956.755630.4246
73.08850.23240.7649.1809-0.87963.806-0.1667-0.42740.36650.51560.0615-0.407-0.2742-0.12990.10520.36890.1127-0.01220.4282-0.07510.0785-53.944773.7541-12.8518
84.8896-0.3842-3.62952.9270.15898.0346-0.05380.17290.1986-0.4620.236-0.1736-0.17290.0474-0.18230.3315-0.1031-0.07180.27060.03820.058-63.019242.04469.1522
90.09490.56-0.04895.4966-2.884312.00570.1084-0.10480.25560.79891.2810.98161.4724-2.2641-1.38931.1425-0.6334-0.45552.3890.20492.9767-21.350613.757765.9435
101.8253-2.8301-1.026310.0439-6.145112.9799-0.21410.0454-0.5323-0.44140.15810.87412.7324-1.95470.0561.4816-1.2901-0.79111.66890.35372.8999-22.59212.079741.1942
1110.28062.42110.78116.36860.99482.46381.13450.1685-0.95920.3989-0.4883-0.91970.40130.4556-0.64620.99980.2352-0.4190.7803-0.43671.1047-26.4693-20.5671-5.8381
121.8131.38922.27692.24124.00928.18170.38770.1056-0.25680.3323-0.1101-0.69951.1062-0.1878-0.27760.6690.0278-0.18790.72930.03992.9278-15.686317.857316.0837
130.0822-0.26110.51850.8819-1.84314.32890.324-0.2294-0.05-0.18410.92070.5563-0.4054-0.9553-1.24482.25780.42980.40243.13050.68453.5368-18.495551.8462-10.477
141.19042.8511-1.00897.7774-4.0847.82750.01170.52450.1681-0.1040.8710.2412-2.2733-1.7891-0.88271.52860.98440.34751.72890.79973.437-21.526153.298114.1552
1511.9159-2.43690.36426.8211.14032.22371.2416-0.04951.2023-0.302-0.5261-1.0457-0.29820.5127-0.71550.8041-0.03960.33430.7126-0.42291.1964-28.771985.551261.0707
162.3567-2.3933-1.84773.15123.79718.2020.36290.10630.7223-0.3904-0.0447-1.0836-1.2874-0.4015-0.31820.48230.0739-0.3840.56820.04443.0636-16.458947.275139.621
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2A95 - 186
3X-RAY DIFFRACTION3A245 - 466
4X-RAY DIFFRACTION3A745 - 791
5X-RAY DIFFRACTION4A467 - 744
6X-RAY DIFFRACTION5B1 - 94
7X-RAY DIFFRACTION6B95 - 186
8X-RAY DIFFRACTION7B245 - 466
9X-RAY DIFFRACTION7B745 - 792
10X-RAY DIFFRACTION8B467 - 744
11X-RAY DIFFRACTION9D2 - 94
12X-RAY DIFFRACTION10D95 - 186
13X-RAY DIFFRACTION11D245 - 466
14X-RAY DIFFRACTION11D745 - 791
15X-RAY DIFFRACTION12D467 - 744
16X-RAY DIFFRACTION13E2 - 94
17X-RAY DIFFRACTION14E95 - 186
18X-RAY DIFFRACTION15E245 - 466
19X-RAY DIFFRACTION15E745 - 791
20X-RAY DIFFRACTION16E467 - 744

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る