PDB-4a1f: Crystal structure of C-terminal domain of Helicobacter pylori Dna...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a1f

タイトル

Crystal structure of C-terminal domain of Helicobacter pylori DnaB Helicase

要素

REPLICATIVE DNA HELICASE

キーワード

HYDROLASE / DNA REPLICATION / ATPASE

機能・相同性

機能・相同性情報

primosome complex / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / isomerase activity / 5'-3' DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Stelter, M. / Kapp, U. / Timmins, J. / Terradot, L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Architecture of a Dodecameric Bacterial Replicative Helicase.
著者: Stelter, M. / Gutsche, I. / Kapp, U. / Bazin, A. / Bajic, G. / Goret, G. / Jamin, M. / Timmins, J. / Terradot, L.

履歴

登録	2011年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a1f.cif.gz	264.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a1f.ent.gz	216.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/4a1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/4a1f	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4608 5zg8-1 2plv-d 6thq-d 4w5o-d 2qtv-d 5o5p-d 4nl4-d 6cbd-d 1n9w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (8) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (8)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: REPLICATIVE DNA HELICASE

B: REPLICATIVE DNA HELICASE

ヘテロ分子

78 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.859, 102.164, 85.141
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	REPLICATIVE DNA HELICASE / DNAB HELICASE 分子量: 38692.938 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 152-488 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O25916, DNA helicase
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M CITRIC ACID PH 5.0, 2-10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 6000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→45.6 Å / Num. obs: 30696 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 57.44 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→40.178 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2511	1547	5 %
R_work	0.2173	-	-
obs	0.219	30672	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 75.801 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.8841 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.9322 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.9519 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.178 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4916	0	39	105	5060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5031
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.875	6777
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.483	1923
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	765
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	885

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5002-2.5895	0.3343	150	0.3018	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5895-2.6932	0.3007	143	0.2767	2903	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6932-2.8157	0.3154	143	0.2718	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8157-2.9641	0.3361	166	0.2522	2901	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9641-3.1498	0.2283	143	0.2275	2923	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1498-3.3929	0.2553	143	0.2162	2900	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3929-3.7341	0.2289	179	0.194	2884	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7341-4.2739	0.2188	169	0.1854	2903	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2739-5.3826	0.2105	169	0.1779	2924	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3826-40.1827	0.2744	142	0.2186	2989	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9155	-0.1062	-0.1368	2.1793	0.2056	-0.303	0.2963	0.1453	0.241	-0.0172	-0.2737	-0.2661	-0.2021	0.0753	0.0001	0.4745	0.0875	0.0176	0.381	0.0111	0.364	-69.2201	28.5359	-15.2679
2	0.4574	0.2065	-0.0045	1.4677	-0.6356	1.1359	0.1033	-0.1549	0.273	0.1169	-0.1608	0.1804	-0.0634	0.0681	0.1263	0.225	-0.0231	-0.0067	0.1439	-0.0095	0.2523	-39.0874	17.9141	-3.7702
3	2.3598	1.0363	1.3025	2.4199	-0.3656	0.6512	-0.127	0.1728	0.3472	0.0235	-0.0564	-0.233	-0.0627	0.1284	0.1659	0.3812	-0.0734	-0.039	0.3206	0.0283	0.4246	-25.456	22.7856	5.8335
4	4.3282	1.5733	-0.087	0.3133	-1.1735	2.6179	0.2231	-0.4954	0.1264	0.5149	-0.3244	-0.0132	0.2452	-0.1274	0.0694	0.3467	-0.1286	0.0109	0.1996	-0.0322	0.1376	-35.521	17.1682	11.2353
5	2.8038	-1.8354	-0.6197	2.3621	2.0007	3.2952	1.2513	-0.0063	-0.3554	0.4292	0.2753	-1.211	0.8909	0.1757	-1.3394	1.0434	0.0028	-0.2427	0.769	-0.0997	1.1389	-32.2585	-8.2827	2.6701
6	1.8426	1.2826	-0.9879	-0.3283	-0.5559	1.9276	0.1462	-0.0247	-0.5626	-0.0671	-0.1727	-0.1309	0.2931	-0.0007	-0.0018	0.2444	-0.0157	-0.0356	0.1307	-0.0529	0.2665	-39.0001	3.2478	-4.2579
7	1.0167	1.0863	0.1821	0.9245	-0.8101	2.6334	-0.0827	0.3383	-0.4661	-0.099	-0.3321	-0.2837	0.4165	0.7788	0.2021	0.2572	0.1556	0.0462	0.5154	0.0683	0.2765	-22.0461	6.5267	-17.2679
8	0.0515	0.0942	0.2485	0.8253	0.3518	2.5616	0.2413	1.3218	0.6507	-0.2157	-0.4928	-0.6148	-0.2014	2.3516	0.0191	0.4421	0.0177	0.0532	1.4032	0.3203	0.7465	-10.0522	16.7243	-21.9083
9	3.3132	0.0676	0.3114	-0.3452	0.2828	0.8782	-0.2835	0.4874	0.6428	-0.4978	-0.011	0.0894	-0.0723	0.1801	0.29	0.3414	-0.0192	-0.0211	0.3083	0.1533	0.3107	-32.7428	20.3034	-13.3863
10	0.5021	-0.4033	0.6177	0.7978	-0.0866	1.5216	-0.3173	-1.2851	1.1719	2.4609	0.6218	0.3288	0.2203	1.2146	-0.1657	0.1506	-0.3447	0.334	0.8403	0.2921	0.4101	7.8978	22.3532	-28.497
11	0.1276	-0.2379	-0.2444	0.5887	-0.4289	0.3222	0.6916	-0.0441	0.8536	-0.1196	-0.936	-0.637	0.2488	1.1926	0.269	0.5158	0.1032	0.185	1.7788	0.1624	0.7018	-17.8074	17.9882	-35.6196
12	0.3342	-0.9199	0.2497	2.2966	-0.9789	1.4103	-0.2187	0.1186	0.4405	-0.0338	-0.0378	-0.283	0.2389	0.4028	0.0941	0.4572	0.1824	0.0066	1.1956	-0.0292	0.4655	-31.2839	20.1296	-44.4954
13	2.6099	0.867	1.6018	2.7107	-1.2738	2.7589	0.2299	0.4479	0.2027	-0.7606	0.0156	-0.1253	0.3503	0.068	-0.0731	0.2615	0.1781	0.1166	0.7247	0.1838	0.1231	-30.9529	23.9023	-52.7328
14	1.0058	-1.4491	0.95	2.8044	1.0191	1.534	0.224	0.4403	-0.341	-0.2224	-0.5573	0.303	0.8792	0.9757	0.0884	0.4654	0.3741	0.068	1.2162	-0.1206	0.1536	-27.2226	6.6178	-43.9338
15	0.4042	-0.0749	-0.2822	1.0693	1.4012	1.0988	0.4945	0.7169	-0.1933	-0.3396	-0.3781	0.0253	0.3012	0.217	0.0784	0.4291	0.2793	0.0144	0.9345	-0.1195	0.4336	-30.7146	3.6778	-33.1009
16	2.5974	0.3806	-1.5746	0.2258	-0.8261	1.2928	-0.0435	0.9939	-0.1172	-0.2873	0.0304	-0.1208	0.4086	-0.4148	-0.1238	0.3974	0.1047	0.0318	0.546	0.0117	0.3234	-48.9948	13.0897	-23.5569
17	1.5215	0.3787	0.7893	0.6222	-1.4379	2.1102	-0.0653	0.42	0.2555	0.23	0.001	0.1255	-0.3212	0.2245	0.1107	0.2913	-0.0066	0.0065	0.2709	0.085	0.2461	-45.8839	18.0997	-22.0625
18	1.3023	-0.5336	0.319	1.3444	-1.1397	1.5465	0.5079	1.4096	-0.0662	0.1001	-0.6418	0.3451	0.0344	1.2006	0.5177	0.601	0.0303	0.0382	1.0302	0.231	0.6342	-31.9635	22.6811	-30.3021

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 151:175)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 176:221)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 222:263)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 264:317)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 318:330)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 331:378)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 379:415)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 416:430)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 431:474)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 151:175)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 176:196)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 197:251)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 252:304)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 305:362)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 363:390)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 391:405)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 406:449)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 450:467)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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