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- PDB-6thq: Crystal structure of branched-chain aminotransferase from thermop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6thq
タイトルCrystal structure of branched-chain aminotransferase from thermophilic archaea Thermoproteus uzoniensis with norvaline
要素Branched-chain-amino-acid aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / aminotransferase / branched-chain / PLP / BCAT
機能・相同性
機能・相同性情報


L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine biosynthetic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase I / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / : / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 2-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]-AMINO-PENTANOIC ACID / Branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoproteus uzoniensis 768-20 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Bezsudnova, E.Y. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-14-00164 ロシア
引用ジャーナル: Crystallography Reports / 年: 2020
タイトル: Three-Dimensional Structure of Branched-Chain Amino Acid Transaminase from Thermoproteus uzoniensis in Complex with L-Norvaline
著者: Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Timofeev, V.I. / Popov, V.O. / Bezsudnova, E.Y.
履歴
登録2019年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
C: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6679
ポリマ－102,8813
非ポリマー1,7866
水3,225179
1
A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子

A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7786
ポリマ－68,5872
非ポリマー1,1914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554-x+y,y,-z-1/31
Buried area5870 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21180 Å2
手法PISA
2
B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
C: Branched-chain-amino-acid aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7786
ポリマ－68,5872
非ポリマー1,1914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area21530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.460, 93.460, 213.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYAA-1 - 29411 - 306
21GLYGLYBB-1 - 29411 - 306
12SERSERAA0 - 29412 - 306
22SERSERCC0 - 29412 - 306
13SERSERBB0 - 29412 - 306
23SERSERCC0 - 29412 - 306

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Branched-chain-amino-acid aminotransferase / BCAT


分子量: 34293.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoproteus uzoniensis 768-20 (古細菌)
遺伝子: ilvE, TUZN_1299 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F2L0W0, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-PY5 / 2-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]-AMINO-PENTANOIC ACID / VITAMIN B6 COMPLEXED WITH 2-AMINO-PENTANOIC ACID


分子量: 348.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H21N2O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 8% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→80.94 Å / Num. obs: 58111 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.153 % / Biso Wilson estimate: 49.495 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 22.96 / Num. measured all: 473788 / Scaling rejects: 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.15-2.28.3091.1112.2637660.7611.18398.2
2.2-2.38.2360.7553.2767140.8670.80599.7
2.3-2.47.6890.5783.9556940.9020.61999.5
2.4-2.58.5450.4415.4747560.9490.46999.9
2.5-38.1790.20810.62155220.9880.22299.8
3-48.2040.05434.25124080.9990.05799.9
4-108.0550.02470.83861610.02599.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CE8

5ce8


解像度: 2.15→80.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.2226 / WRfactor Rwork: 0.1592 / FOM work R set: 0.7005 / SU B: 8.666 / SU ML: 0.197 / SU R Cruickshank DPI: 0.2039 / SU Rfree: 0.1925 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2342 2979 5.1 %RANDOM
Rwork0.1871 ---
obs0.1895 55103 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 170.28 Å2 / Biso mean: 48.145 Å2 / Biso min: 24.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20.39 Å20 Å2
2--0.77 Å2-0 Å2
3----2.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→80.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6956 0 114 179 7249
Biso mean--40.59 44.32 -
残基数----894
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0197261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1411.9959847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4935893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.11322.676299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.491151257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8481568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.21113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215392
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A92070.07
12B92070.07
21A91360.07
22C91360.07
31B91830.08
32C91830.08
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 209 -
Rwork0.37 3969 -
all-4178 -
obs--98.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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