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万見
- PDB-486d: X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF 70S RIBOSOME FUNCTIONAL COMPLEXES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 486d
タイトルX-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF 70S RIBOSOME FUNCTIONAL COMPLEXES
要素
  • 900 STEM-LOOP OF 16S RRNA IN THE 70S RIBOSOME
  • A-SITE CODON OF 70S RIBOSOME
  • A-SITE TRNA OF 70S RIBOSOME
  • E-SITE TRNA OF 70S RIBOSOME
  • P-SITE CODON OF 70S RIBOSOME
  • P-SITE TRNA OF 70S RIBOSOME
  • PENULTIMATE STEM OF 16S RRNA IN THE 70S RIBOSOME
キーワードRIBOSOME / FUNCTIONAL MODELS OF 70S RIBOSOME / TRNA
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD PHASING / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Cate, J.H. / Yusupov, M.M. / Yusupova, G.Zh. / Earnest, T.N. / Noller, H.F.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: X-ray crystal structures of 70S ribosome functional complexes.
著者: Cate, J.H. / Yusupov, M.M. / Yusupova, G.Z. / Earnest, T.N. / Noller, H.F.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Identification of an RNA-Protein Bridge Spanning the Ribosomal Subunit Interface
著者: Culver, G.M. / Cate, J.H. / Yusupova, G.Z. / Yusupov, M.M. / Noller, H.F.
履歴
登録1999年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-SITE TRNA OF 70S RIBOSOME
B: P-SITE CODON OF 70S RIBOSOME
C: A-SITE TRNA OF 70S RIBOSOME
D: A-SITE CODON OF 70S RIBOSOME
E: E-SITE TRNA OF 70S RIBOSOME
F: PENULTIMATE STEM OF 16S RRNA IN THE 70S RIBOSOME
G: 900 STEM-LOOP OF 16S RRNA IN THE 70S RIBOSOME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,50011
ポリマ－110,7317
非ポリマー7694
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)508.020, 508.020, 802.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Cell settingtetragonal
Space group name H-MI422

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要素

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RNA鎖 , 7種, 7分子 ABCDEFG

#1: RNA鎖 P-SITE TRNA OF 70S RIBOSOME


分子量: 24158.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 P-SITE CODON OF 70S RIBOSOME


分子量: 873.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE FROM T. THERMOPHILUS
#3: RNA鎖 A-SITE TRNA OF 70S RIBOSOME


分子量: 23328.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#4: RNA鎖 A-SITE CODON OF 70S RIBOSOME


分子量: 911.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE FROM T. THERMOPHILUS
#5: RNA鎖 E-SITE TRNA OF 70S RIBOSOME


分子量: 23241.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#6: RNA鎖 PENULTIMATE STEM OF 16S RRNA IN THE 70S RIBOSOME / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 27506.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#7: RNA鎖 900 STEM-LOOP OF 16S RRNA IN THE 70S RIBOSOME / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 10710.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)

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非ポリマー , 1種, 4分子

#8: 化合物
ChemComp-IR / IRIDIUM ION


分子量: 192.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, hanging, シッティングドロップ法
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mM1dropMgCl2
2100 mM1dropKCl
320 mMTris-HCl1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1051, 1.1055, 1.0764, 1.1047
検出器検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.10511
21.10551
31.07641
41.10471
反射最高解像度: 7.5 Å / Num. all: 124437 / Num. obs: 124437 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 15.8
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
Oモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MAD PHASING
開始モデル: 4TNA, 3TRA, 1PBR, 1GID, 430D

4tna

3tra

1pbr

1gid

430d


最高解像度: 7.5 Å
詳細: THE MODEL WAS BULIT BY MANUAL FITTING OF INDIVIDUAL RNA MOLECULES INTO THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY USING THE GRAPHIC PROGRAM O. P TRNA WAS BUILT FROM 3TRA (ALL BUT ANTICODON STEM-LOOP) ...詳細: THE MODEL WAS BULIT BY MANUAL FITTING OF INDIVIDUAL RNA MOLECULES INTO THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY USING THE GRAPHIC PROGRAM O. P TRNA WAS BUILT FROM 3TRA (ALL BUT ANTICODON STEM-LOOP) AND 4TRNA (ANTICODON STEM-LOOP), A TRNA WAS BUILT FROM 3TRA (ANTICODON STEM-LOOP) AND 4TRNA (ALL BUT ANTICODON STEM-LOOP). THE P CODON WAS BASED ON A-RNA, THE A-SITE CODON ON 3TRA. BOTH FRAGMENTS OF 16S RRNA (MOLECULES 6 AND 7) WERE BASED ON 1GID, 1PBR, 430D, AND A-RNA
反射数%反射
all124437 -
obs-97.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4930 4 0 4934
精密化
*PLUS
最高解像度: 7.5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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