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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 483d | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE SARCIN/RICIN DOMAIN FROM E. COLI 23 S RRNA | ||||||
![]() | SARCIN/RICIN RRNA DOMAIN | ||||||
![]() | RNA / SACIN/RICIN DOMAIN RNA RECOGNITION RIBOSOMES ELONGATION FACTORS CRYSTAL STRUCTURE | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Correll, C.C. / Wool, I.G. / Munishkin, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The two faces of the Escherichia coli 23 S rRNA sarcin/ricin domain: the structure at 1.11 A resolution. 著者: Correll, C.C. / Wool, I.G. / Munishkin, A. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Ribosomal RNA Domain Essential for Binding Elongation Factors 著者: Correll, C.C. / Munishkin, A. / Chan, Y.-L. / Ren, Z. / Wool, I.G. #2: ![]() タイトル: Comparison of the Crystal and Solution Structures of Two RNA Oligonucleotides 著者: Rife, J.P. / Stallings, S.G. / Correll, C.C. / Dallas, A. / Steitz, T.A. / Moore, P.B. #3: ![]() タイトル: The Sarcin/Ricin Loop, a Modular RNA 著者: Szewczak, A.A. / Moore, P.B. #4: ![]() タイトル: The Conformation of the Sarcin/Ricin Loop from 28 S Ribosomal RNA 著者: Szewczak, A.A. / Moore, P.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 396.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 397.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8744.255 Da / 分子数: 1 / 断片: 27 NA LONG SARCIN/RICIN DOMAIN / 由来タイプ: 合成 詳細: SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN E.COLI 28 S RIBOSOMAL RNA |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.0 - 3.2 M (NH4)2SO4, (50 MM KMOPS, 10 MM MGCL2, 10MM MNCL2), 2.5 MG/ML RNA, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 19 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月14日 / 詳細: BENT CYLINDRICAL SI-MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9188 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.11→20 Å / Num. obs: 25407 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 35.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.11→1.12 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.487 / % possible all: 2.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.11 Å / 最低解像度: 20 Å / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.5 % / 冗長度: 2.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: THE RELATED RAT SARCIN/RICIN STRUCTURE (430D) 解像度: 1.11→20 Å / Num. parameters: 7554 / Num. restraintsaints: 10247 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: G. PARKINSON, J. VOJTECHOVSKY, L. CLOWNEY, A.T. BRUNGER, H.M. BERMAN: ACTA CRYST.D, 52, 57 (1996) 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST. 28 (1995) 53-56
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL. 91 (1973) 201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 732 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.11→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.152 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 13.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.295 |