PDB-3zzs: Engineered 12-subunit Bacillus stearothermophilus trp RNA-binding...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zzs

タイトル

Engineered 12-subunit Bacillus stearothermophilus trp RNA-binding attenuation protein (TRAP)

要素

TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

キーワード

TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / PROTEIN ENGINEERING

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Chen, C. / Smits, C. / Dodson, G.G. / Shevtsov, M.B. / Merlino, N. / Gollnick, P. / Antson, A.A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: How to Change the Oligomeric State of a Circular Protein Assembly: Switch from 11-Subunit to 12-Subunit Trap Suggests a General Mechanism
著者: Chen, C. / Smits, C. / Dodson, G.G. / Shevtsov, M.B. / Merlino, N. / Gollnick, P. / Antson, A.A.

履歴

登録	2011年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zzs.cif.gz	288.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zzs.ent.gz	239.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zzs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zzs_validation.pdf.gz	485.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zzs_full_validation.pdf.gz	490.2 KB	表示
XML形式データ	3zzs_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	3zzs_validation.cif.gz	53.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/3zzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/3zzs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zzlC 3zzqC 1qawS 1c9s 1gtf 1gtn 1utd 4v4f S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ext-1 2exs-1 2zd0-1 2zcz-2 4b27-1 3zzq-1 2zcz-1 3zzl-1 3zte-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

D: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

E: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

F: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

G: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

H: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

I: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

66.8 kDa, 9 ポリマー
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1

A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89 kDa, 12 ポリマー
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2

D: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

E: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

F: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

D: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

E: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

F: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

D: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

E: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

F: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

D: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

E: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

F: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89 kDa, 12 ポリマー
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3

G: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

H: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

I: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

G: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

H: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

I: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

G: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

H: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

I: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

G: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

H: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

I: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.203, 110.203, 128.304
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB / TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN / TRAP / TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN 分子量: 7216.196 Da / 分子数: 9 / 断片: RESIDUES 5-69 / 由来タイプ: 組換発現詳細: THE LAST FIVE RESIDUES ARE REMOVED IN B. STEAROTHERMOPHILUS TRAP E71STOP 由来: (組換発現) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9X6J6
#2: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→25 Å / Num. obs: 124338 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 31.5
反射シェル	解像度: 1.49→1.73 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0116	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QAW

1qaw

解像度: 1.49→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.888 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18228	1250	1 %	RANDOM
R_work	0.14678	-	-	-
obs	0.14713	123011	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.058 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4581	0	135	978	5694

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	4964
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.075	1.932	6739
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3	8103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.981	5	634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.428	23.447	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.648	15	896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.992	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.227	3	8277
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	38.589	5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	10.206	5	8676

LS精密化シェル

解像度: 1.49→1.529 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	87	-
R_work	0.218	8988	-
obs	-	-	99.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8118	0.1929	0.2791	0.4725	-0.0107	1.1928	0.0121	-0.0448	-0.0728	0.029	-0.0464	-0.0201	0.014	0.0471	0.0343	0.0148	0.0019	-0.0027	0.0246	0.018	0.0192	21.0484	-19.8281	-0.1665
2	1.0375	0.151	0.7999	0.4372	-0.0374	1.5397	0.0164	-0.0557	-0.0805	0.0155	-0.0104	0.01	0.0441	-0.0155	-0.006	0.0137	0.0098	0.0108	0.0214	0.0164	0.0203	8.1784	-27.6451	-0.1111
3	1.2747	0.0056	0.7039	0.4356	-0.1209	1.1668	-0.0242	-0.1108	-0.0791	0.0404	0.0066	0.04	0.0533	-0.0473	0.0177	0.0291	0.0093	0.0219	0.024	0.016	0.0221	-6.6995	-28.0469	-0.0468
4	0.9414	0.1977	-0.486	1.013	-0.3538	1.1296	0.0083	0.0751	0.0152	-0.04	0.0024	0.0621	-0.0103	-0.0641	-0.0107	0.0171	0.0117	-0.0134	0.0205	-0.0017	0.0163	35.2718	-34.3084	-12.0597
5	0.5357	0.1771	-0.1298	1.1582	-0.6816	1.61	-0.0018	0.0414	-0.0167	-0.0519	0.0061	0.1071	0.0173	-0.1075	-0.0043	0.016	0.0119	-0.0185	0.0217	-0.0154	0.0283	27.6582	-47.0165	-11.9781
6	0.5185	0.0156	0.152	1.3395	-0.6883	1.3408	-0.0181	0.0273	-0.0273	-0.087	0.0051	0.0987	0.0565	-0.1152	0.013	0.0167	-0.0007	-0.0151	0.032	-0.0204	0.0298	27.0726	-61.9361	-12.0644
7	0.8409	-0.1611	0.7101	0.3902	-0.2332	1.457	0.0345	0.0155	-0.0587	-0.0303	0.0007	-0.0062	0.0678	-0.0054	-0.0352	0.0249	-0.0081	0.0036	0.0271	-0.0121	0.0095	-15.0423	-24.5795	-38.3209
8	1.1371	-0.0263	0.7423	0.5684	-0.0414	1.5471	0.0167	0.0562	-0.0789	-0.0465	-0.0152	-0.0293	0.0982	0.0352	-0.0015	0.034	-0.0067	0.0147	0.0189	-0.0105	0.0144	-0.8471	-28.8158	-38.2438
9	1.0099	0.3015	0.5934	0.7491	0.4775	1.5842	-0.0159	0.0768	-0.0563	-0.01	0.0136	-0.0749	0.0433	0.0667	0.0023	0.0319	0.0035	0.0173	0.0253	-0.001	0.0174	13.7228	-25.3576	-38.3936
10	0.0478	-0.0213	0.0163	0.0322	-0.0239	0.0179	-0.001	0.0059	-0.0054	-0.0057	0.0004	-0.0026	0.0043	-0.0015	0.0007	0.0394	-0.0028	0.0009	0.0469	-0.0043	0.0352	11.6549	-33.2332	-16.3458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 81
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 81
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	5 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	5 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	5 - 81
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	5 - 81
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	5 - 81
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	2001 - 2137
11	X-RAY DIFFRACTION	10	B	2001 - 2120
12	X-RAY DIFFRACTION	10	C	2001 - 2099
13	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2001 - 2123
14	X-RAY DIFFRACTION	10	E	2001 - 2096
15	X-RAY DIFFRACTION	10	F	2001 - 2093
16	X-RAY DIFFRACTION	10	G	2001 - 2125
17	X-RAY DIFFRACTION	10	H	2001 - 2102
18	X-RAY DIFFRACTION	10	I	2001 - 2083

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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