[日本語] English
万見
- PDB-3zxg: lysenin sphingomyelin complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zxg
タイトルlysenin sphingomyelin complex
要素LYSENIN
キーワードTOXIN / PORE-FORMING TOXIN / EARTHWORM
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / monoatomic ion transport / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #980 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0SM / Lysenin
類似検索 - 構成要素
生物種EISENIA FETIDA (シマミミズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者De Colibus, L. / Sonnen, A.F.P. / Morris, K.J. / Siebert, C.A. / Abrusci, P. / Plitzko, J. / Hodnik, V. / Leippe, M. / Volpi, E. / Anderluh, G. / Gilbert, R.J.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
著者: De Colibus, L. / Sonnen, A.F.P. / Morris, K.J. / Siebert, C.A. / Abrusci, P. / Plitzko, J. / Hodnik, V. / Leippe, M. / Volpi, E. / Anderluh, G. / Gilbert, R.J.C.
履歴
登録2011年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Derived calculations
改定 1.22012年10月3日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LYSENIN
B: LYSENIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5186
ポリマ－69,6922
非ポリマー8264
水905
1
A: LYSENIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5764
ポリマ－34,8461
非ポリマー7303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LYSENIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9422
ポリマ－34,8461
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.150, 37.200, 96.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8497, 0.31144, 0.42592), (0.37571, -0.92379, -0.07383), (0.37047, 0.22274, -0.90174)
ベクター: -1.84641, -15.3269, 53.19016)

-
要素

#1: タンパク質 LYSENIN / EFL1


分子量: 34846.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) EISENIA FETIDA (シマミミズ) / 組織: COELOMIC FLUID / プラスミド: PTETLYS1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O18423
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-0SM / TRIMETHYL-[2-[[(2S,3S)-2-(OCTADECANOYLAMINO)-3-OXIDANYL-BUTOXY]-OXIDANYL-PHOSPHORYL]OXYETHYL]AZANIUM / N-OCTADECANOYL-D-ERYTHRO-SPHINGOSYLPHOSPHORYLCHOLINE


分子量: 537.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H58N2O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細BRAIN SPHINGOMYELIN IS REPRESENTED BY N-OCTADECANOYL-D-ERYTHRO- SPHINGOSYLPHOSPHORYLCHOLINE ...BRAIN SPHINGOMYELIN IS REPRESENTED BY N-OCTADECANOYL-D-ERYTHRO- SPHINGOSYLPHOSPHORYLCHOLINE (TRIMETHYL-[2-[[(2S,3S)-2-(OCTA DECANOYLAMINO)-3-OXIDANYL-BUTOXY]-OXIDANYL-PHOSPHORYL] OXYETHYL]AZANIUM - RESIDUE 0SM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 0.2 M LI2SO4.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→62.1 Å / Num. obs: 13456 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 82.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.3 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZX7

3zx7


解像度: 3.12→50.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8355 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.488
詳細: REFINEMENT NOTE 1: IDEAL-DIST CONTACT TERM SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. USED OPTION TO RESTRAIN IMPROPER TORSION AROUND CHIRAL CENTRES AROUND CHIRAL CENTRES FROM THE ...詳細: REFINEMENT NOTE 1: IDEAL-DIST CONTACT TERM SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. USED OPTION TO RESTRAIN IMPROPER TORSION AROUND CHIRAL CENTRES AROUND CHIRAL CENTRES FROM THE EQUILIBRIUM TO GET BETTER MOLPROBITY CB DEVIATION SCORE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2707 665 4.94 %RANDOM
Rwork0.2387 ---
obs0.2404 13453 99.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 99.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.7865 Å20 Å218.1193 Å2
2---25.0078 Å20 Å2
3---0.2213 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→50.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4657 0 51 5 4713
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0079355HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9416823HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2587SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes115HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1361HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9355HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion642SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9563SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.12→3.37 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2812 133 4.9 %
Rwork0.2438 2579 -
all0.2456 2712 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.46073.2839-6.69891.7462-4.335-2.51560.1277-0.2402-0.06620.02370.3393-0.1780.6648-0.254-0.46690.0856-0.3954-0.26210.25990.2372-0.0479-0.862-20.20411.2956
2-0.87391.13511.38640-4.325710.14840.0537-0.0055-0.1281-0.1177-0.04950.0935-0.0104-0.2311-0.00430.3746-0.5353-0.35090.55530.2613-0.1148-10.2537-40.449819.4663
39.64882.1953-5.66535.8655-4.31136.949-0.0144-1.08730.2795-0.6586-0.0442-0.68740.9993-0.07110.0585-0.1946-0.1141-0.0020.0474-0.0215-0.208412.9707-17.63829.8389
40.40746.9184-0.91850.83433.60073.709-0.0918-0.45340.59580.0820.18260.14590.0623-0.6591-0.0908-0.3051-0.237-0.05750.46160.0887-0.3828-1.9261-18.36217.6499
5-0.3677-1.0692-0.5294.8069-7.896510.17650.1008-0.2597-0.15570.0999-0.1818-0.279-0.09720.10880.0811-0.0466-0.4621-0.51850.67370.350.4782-16.3122-36.73819.2384
69.04893.6089-3.08064.054-1.85872.33690.2291-0.36110.1711-0.35650.20240.03270.2695-0.9118-0.43150.0333-0.291-0.21130.51890.1921-0.234-4.2712-20.043311.6845
73.10320.1225-0.40190.4013-0.18390.50580.09450.11070.5629-0.00450.05210.05870.1294-0.1752-0.14670.0653-0.03510.0059-0.15860.0960.192836.5867-6.31891.9583
8-1.57420.31512.18630.8613-1.55587.8220.0459-0.113-0.08450.38850.06220.3910.2425-0.2091-0.1082-0.1716-0.3273-0.04320.74430.3837-0.5979-2.47490.780439.2128
98.9932-5.36457.14114.2913-3.035610.68530.0921-0.9803-0.11380.8624-0.10310.31180.0223-0.39140.0111-0.2854-0.5465-0.00420.78020.3232-0.6738-3.32925.755634.2726
106.04332.8715-8.66470.4631-4.58534.3115-0.0271-0.3553-0.05220.36030.06750.77990.04240.0859-0.0404-0.5891-0.3264-0.12830.90570.3884-0.4809-9.7794.199233.4524
111.64595.0555-4.37034.22211.48748.62420.0085-0.05510.14630.19780.10980.3073-0.0411-0.0066-0.11830.2114-0.5067-0.2860.48460.3423-0.4778-4.7337-5.393238.4457
1211.22742.75026.74874.62790.59658.7697-0.27481.49560.4649-0.34280.81780.23310.41680.7297-0.5431-0.0820.0498-0.08020.08430.1724-0.406328.81193.742364.0169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 5-30)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 31-40)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 41-73)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 74-102)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 103-112)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 113-160)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 161-943)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 6-28)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 29-114)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 115-141)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 142-157)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 158-898)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る