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- PDB-3zvy: PHD finger of human UHRF1 in complex with unmodified histone H3 N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zvy
タイトルPHD finger of human UHRF1 in complex with unmodified histone H3 N- terminal tail
要素
  • E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE UHRF1
  • HISTONE H3.1
キーワードLIGASE/PEPTIDE / LIGASE-PEPTIDE COMPLEX / HISTONE READER / EPIGENETICS
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3 ubiquitin ligase activity / DNA damage sensor activity / hemi-methylated DNA-binding / homologous recombination / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / histone H3K9me2/3 reader activity / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / : / positive regulation of protein metabolic process ...histone H3 ubiquitin ligase activity / DNA damage sensor activity / hemi-methylated DNA-binding / homologous recombination / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / histone H3K9me2/3 reader activity / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / : / positive regulation of protein metabolic process / mitotic spindle assembly / heterochromatin / Chromatin modifying enzymes / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein autoubiquitination / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / replication fork / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / double-strand break repair via homologous recombination / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / euchromatin / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / RING-type E3 ubiquitin transferase / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / spindle / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear matrix / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / ubiquitin-protein transferase activity / structural constituent of chromatin / ubiquitin protein ligase activity / nucleosome / heterochromatin formation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / nucleic acid binding / protein ubiquitination / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
: / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily ...: / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / PHD-finger / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lallous, N. / Birck, C. / Mc Ewen, A.G. / Legrand, P. / Samama, J.P.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: The Phd Finger of Human Uhrf1 Reveals a New Subgroup of Unmethylated Histone H3 Tail Readers.
著者: Lallous, N. / Legrand, P. / Mcewen, A.G. / Ramon-Maiques, S. / Samama, J.P. / Birck, C.
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE UHRF1
B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE UHRF1
C: HISTONE H3.1
D: HISTONE H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,12116
ポリマ－18,2834
非ポリマー83812
水1,42379
1
B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE UHRF1
D: HISTONE H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5969
ポリマ－9,1412
非ポリマー4557
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-43.8 kcal/mol
Surface area4830 Å2
手法PISA
2
A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE UHRF1
C: HISTONE H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5257
ポリマ－9,1412
非ポリマー3845
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area5070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.300, 42.300, 182.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE UHRF1 / INVERTED CCAAT BOX-BINDING PROTEIN OF 90 KDA / NUCLEAR PROTEIN 95 / NUCLEAR ZINC FINGER PROTEIN ...INVERTED CCAAT BOX-BINDING PROTEIN OF 90 KDA / NUCLEAR PROTEIN 95 / NUCLEAR ZINC FINGER PROTEIN NP95 / HUNP95 / RING FINGER PROTEIN 106 / TRANSCRIPTION FACTOR ICBP90 / UBIQUITIN-LIKE PHD AND RING FINGER DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / UBIQUITIN-LIKE-CONTAINING PHD AND RING FINGER DOMAINS PROTEIN 1


分子量: 8207.351 Da / 分子数: 2 / 断片: PHD FINGER, RESIDUES 296-367 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 2
参照: UniProt: Q96T88, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド HISTONE H3.1 / HISTONE H3/A / HISTONE H3/B / HISTONE H3/C / HISTONE H3/D / HISTONE H3/F / HISTONE H3/H / HISTONE ...HISTONE H3/A / HISTONE H3/B / HISTONE H3/C / HISTONE H3/D / HISTONE H3/F / HISTONE H3/H / HISTONE H3/I / HISTONE H3/J / HISTONE H3/K / HISTONE H3/L


分子量: 934.075 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-9 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P68431

-
非ポリマー , 4種, 91分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 % / 解説: NONE
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED AT 17 DEGREES USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING A PROTEIN SOLUTION AT A CONCENTRATION OF 606 MICROM (IN 20 MM TRIS PH 7, 150 MM NACL, 0.5 MM TCEP, 25 MICROM ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED AT 17 DEGREES USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING A PROTEIN SOLUTION AT A CONCENTRATION OF 606 MICROM (IN 20 MM TRIS PH 7, 150 MM NACL, 0.5 MM TCEP, 25 MICROM ZNCL2 AND 0.1 MM PMSF) AND 10-FOLD EXCESS OF PEPTIDE WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M MGCL2, 30 % PEG 4000). CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 15 % MPD AND FLASH FROZEN IN LIQUID NITROGEN.

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.284
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.284 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→38.4 Å / Num. obs: 22160 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.96 % / Biso Wilson estimate: 34.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.46
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.12 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.95→41.21 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 21.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 1176 5.1 %
Rwork0.1813 --
obs0.1836 22160 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.733 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.101 Å20 Å20 Å2
2--3.101 Å20 Å2
3----6.2019 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1089 0 26 79 1194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1071540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.328441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.03880.28961460.25512737X-RAY DIFFRACTION99
2.0388-2.14620.24011480.21672742X-RAY DIFFRACTION100
2.1462-2.28070.27321480.19982712X-RAY DIFFRACTION100
2.2807-2.45680.23581460.1922744X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-2.7040.22961480.19222741X-RAY DIFFRACTION100
2.704-3.09510.29761450.19352736X-RAY DIFFRACTION100
3.0951-3.89910.24811480.17682751X-RAY DIFFRACTION100
3.8991-41.21910.16711470.15642706X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9489-0.29541.61443.31240.69193.13240.26310.3024-0.1280.45180.1328-0.3730.18120.5162-0.3520.29240.0836-0.11660.3089-0.07660.272540.563716.6928149.9603
21.4773-0.71010.73482.4891-1.61851.93040.298-0.0384-0.11210.41120.02620.0954-0.0345-0.1943-0.21710.3390.0284-0.06010.2219-0.00540.225620.82939.7726152.0925
32.82863.66910.81636.71692.47552.1689-0.3570.8663-0.319-0.37050.7318-0.4105-0.31130.5722-0.41460.38060.0065-0.0030.8104-0.15760.45345.844110.8248145.0354
40.1879-0.45290.18411.1485-0.47860.20170.04950.05010.1649-0.19510.37290.14250.4451-0.4166-0.04590.39160.1241-0.04740.4819-0.12460.413714.864315.6987148.7195
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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