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万見
- PDB-2uxn: Structural Basis of Histone Demethylation by LSD1 Revealed by Sui... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2uxn
タイトルStructural Basis of Histone Demethylation by LSD1 Revealed by Suicide Inactivation
要素
  • HISTONE H3.1
  • LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1
  • REST COREPRESSOR 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/TRANSCRIPTION REGULATOR / OXIDOREDUCTASE-TRANSCRIPTION REGULATOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE-REPRESSOR COMPLEX / HISTONE DEMETHYLASE / FAD / LSD1 / COREST / REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION / HOST-VIRUS INTERACTION / CHROMATIN DEMETHYLATION / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION / CHROMATIN REGULATOR / NUCLEOSOMES / TRANSCRIPTION / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylase activity / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation / muscle cell development ...positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylase activity / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / histone H3K9 demethylase activity / MRF binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA repair complex / histone demethylase activity / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of neuroblast proliferation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / histone methyltransferase complex / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase complex / positive regulation of cell size / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / Chromatin modifying enzymes / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of protein ubiquitination / transcription repressor complex / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / cellular response to cAMP / epigenetic regulation of gene expression / Condensation of Prophase Chromosomes / Regulation of PTEN gene transcription / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / erythrocyte differentiation / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / promoter-specific chromatin binding / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / cellular response to gamma radiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / positive regulation of neuron projection development / NoRC negatively regulates rRNA expression / cerebral cortex development / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / protein modification process / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / cellular response to UV / structural constituent of chromatin / p53 binding / transcription corepressor activity / nucleosome / flavin adenine dinucleotide binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / regulation of protein localization / HATs acetylate histones / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / cadherin binding / Amyloid fiber formation
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / SANT domain profile. / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Lysine-specific histone demethylase 1A / Histone H3.1 / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Yang, M. / Culhane, J.C. / Szewczuk, L.M. / Gocke, C.B. / Brautigam, C.A. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Cole, P.A. / Yu, H.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Basis of Histone Demethylation by Lsd1 Revealed by Suicide Inactivation.
著者: Yang, M. / Culhane, J.C. / Szewczuk, L.M. / Gocke, C.B. / Brautigam, C.A. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Cole, P.A. / Yu, H.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Corest-Dependent Demethylation of Nucleosomes by the Human Lsd1 Histone Demethylase
著者: Yang, M. / Gocke, C.B. / Luo, X. / Borek, D. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Otwinowski, Z. / Yu, H.
履歴
登録2007年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1
B: REST COREPRESSOR 1
E: HISTONE H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,8207
ポリマ－102,8693
非ポリマー9514
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)119.949, 178.646, 234.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1 / FLAVIN-CONTAINING AMINE OXIDASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / BRAF35-HDAC COMPLEX PROTEIN BHC110 / ...FLAVIN-CONTAINING AMINE OXIDASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / BRAF35-HDAC COMPLEX PROTEIN BHC110 / LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 1


分子量: 74126.781 Da / 分子数: 1
断片: SWIRM DOMAIN, AMINE OXIDASE DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 171-836
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: MJ23 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素
#2: タンパク質 REST COREPRESSOR 1 / PROTEIN COREST


分子量: 26425.729 Da / 分子数: 1
断片: FRAGMENT OF SANT1, LINKER REGION AND SANT2 DOMAIN, RESIDUES 286-482
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: MJ65 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9UKL0

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 E

#3: タンパク質・ペプチド HISTONE H3.1 / H3/A / H3/B / H3/C / H3/D / H3/F / H3/H / H3/I / H3/J / H3/K / H3/L


分子量: 2316.749 Da / 分子数: 1 / 断片: HISTONE H3-DERIVED SUICIDE INHIBITOR, RESIDUES 2-22 / 由来タイプ: 合成
詳細: HISTONE H3 N-TERMINAL PEPTIDE (RESIDUES 1-21 ) WITH A PROPARGYL MOIETY AT LYSINE 4 COVALENTLY ATTACHED TO FAD AND SUBSEQUENTLY REDUCED USING SODIUM BOROHYDRIDE
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P68431

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非ポリマー , 4種, 55分子

#4: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT USED CONTAINS A LINKER: (MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSEFGR) FROM THE CLONING ...THE CONSTRUCT USED CONTAINS A LINKER: (MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSEFGR) FROM THE CLONING PROCEDURE. LYSINE-4 OF THIS FRAGMENT HAS BEEN MODIFIED BY A MONO- METHYL-N-PROPARGYL GROUP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.6 %
結晶化pH: 5.6
詳細: PROTEIN: 25 MM HEPES, PH 7.4, 200 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM PMSF, AND 5 MM DTT RESERVOIR: 0.8 M LITHIUM SULFATE, 0.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.4 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 5.6, AND 10 MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97927
検出器タイプ: CUSTOM / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→48.57 Å / Num. obs: 69440 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 81.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 36.6
反射 シェル解像度: 2.69→2.71 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.72→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 19.548 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1502 2.2 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.242 66383 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3 Å20 Å20 Å2
2---3.64 Å20 Å2
3----2.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6337 0 61 51 6449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2051.9748887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.5935805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.07324.415299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.083151146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1261544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.22925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.24530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5081.54133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87526494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.92332724
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6684.52392
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.79 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.381 86
Rwork0.362 4905
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26270.4461-0.17870.8959-0.52530.4773-0.0461-0.1213-0.11960.0309-0.2382-0.0454-0.07330.17470.28430.04680.01270.10840.02990.14930.061660.186749.869433.7243
22.4493.1116-1.70224.2012-2.08791.2056-0.32930.35150.2736-0.56350.2371-0.14140.4817-0.03970.0922-0.00010.00020.000100.0001-0.000124.2275-1.597758.3067
32.5369-5.5876-0.093320.09845.94434.2301-0.00370.28580.15590.391-0.3815-0.4790.37590.17150.38520.00020.00050.000300-0.000165.663255.91632.9866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A173 - 836
2X-RAY DIFFRACTION2B308 - 440
3X-RAY DIFFRACTION3E1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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