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- PDB-6gc5: Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gc5
タイトルMolecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM
要素
  • AU-rich RNA
  • ELAV-like protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Elav / HuR / RRM3 / dimer / RRM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of autophagosome size / lncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of stem cell population maintenance / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / lncRNA binding ...positive regulation of autophagosome size / lncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of stem cell population maintenance / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / lncRNA binding / mRNA destabilization / sarcoplasm / response to glucose / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of autophagy / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / P-body / protein homooligomerization / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / double-stranded RNA binding / cytoplasmic vesicle / cell population proliferation / postsynapse / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HuR, RNA recognition motif 2 / Splicing factor ELAV/Hu / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / ELAV-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ripin, N. / Allain, F.H.
資金援助 スイス, チェコ, 2件
組織認可番号国
European Union289007 スイス
Czech Science FoundationP305/12/G034 チェコ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM.
著者: Ripin, N. / Boudet, J. / Duszczyk, M.M. / Hinniger, A. / Faller, M. / Krepl, M. / Gadi, A. / Schneider, R.J. / Sponer, J. / Meisner-Kober, N.C. / Allain, F.H.
履歴
登録2018年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELAV-like protein 1
B: ELAV-like protein 1
C: ELAV-like protein 1
D: ELAV-like protein 1
E: AU-rich RNA
F: AU-rich RNA
G: AU-rich RNA
H: AU-rich RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2058
ポリマ－53,2058
非ポリマー00
水3,441191
1
A: ELAV-like protein 1
B: ELAV-like protein 1
E: AU-rich RNA
F: AU-rich RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6034
ポリマ－26,6034
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: ELAV-like protein 1
D: ELAV-like protein 1
G: AU-rich RNA
H: AU-rich RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6034
ポリマ－26,6034
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: ELAV-like protein 1
E: AU-rich RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3012
ポリマ－13,3012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4970 Å2
手法PISA
4
B: ELAV-like protein 1
F: AU-rich RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3012
ポリマ－13,3012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4490 Å2
手法PISA
5
C: ELAV-like protein 1
G: AU-rich RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3012
ポリマ－13,3012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4920 Å2
手法PISA
6
D: ELAV-like protein 1
H: AU-rich RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3012
ポリマ－13,3012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.287, 40.258, 106.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
ELAV-like protein 1 / Hu-antigen R / HuR


分子量: 9932.361 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELAVL1, HUR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15717
#2: RNA鎖
AU-rich RNA


分子量: 3368.946 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→77.95 Å / Num. obs: 35681 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04556 / Rrim(I) all: 0.05447 / Net I/σ(I): 15.23
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Rmerge(I) obs: 0.6683 / Num. unique obs: 3148 / CC1/2: 0.854 / % possible all: 81.19

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HI9

3hi9


解像度: 1.9→77.946 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 1784 5.01 %
Rwork0.2007 --
obs0.2023 35638 94.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / Bsol: 53.915 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.7789 Å20 Å22.0232 Å2
2--17.0258 Å2-0 Å2
3----7.2469 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→77.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2320 304 0 191 2815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152831
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2163753
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.004959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006423
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.95140.46981090.4235207177
1.9514-2.00880.3141390.264262595
2.0088-2.07370.25061350.2256256496
2.0737-2.14780.26341390.201265197
2.1478-2.23380.27231380.2044262096
2.2338-2.33550.25441300.2022244991
2.3355-2.45860.23151400.1928266697
2.4586-2.61270.25151420.1897268398
2.6127-2.81440.26151400.1976267698
2.8144-3.09760.21721430.2032270698
3.0976-3.54590.19891410.1953269198
3.5459-4.46740.2071410.1685266196
4.46740.2241470.2089279197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.75530.55760.07190.4478-0.07610.4110.15060.059-0.0754-0.0071-0.0281-0.07750.00260.0581-0.12460.2854-0.0352-0.01420.2378-0.01540.3103219.91936.259939.8626
20.21470.3112-0.46082.2483-1.13041.21330.1439-0.03520.1544-0.0653-0.288-0.6403-0.1570.26580.13390.2963-0.08020.02760.32710.02420.4255235.01640.437541.0334
30.8014-0.47680.17880.61330.12911.64470.0779-0.00680.3359-0.11880.0250.2838-0.3029-0.4949-0.07240.30630.00560.03180.25430.01040.3392211.604637.838443.031
41.40780.289-0.04620.1393-0.42112.04550.1634-0.2891-0.66880.2089-0.222-0.20350.51950.38370.06440.2703-0.00060.01720.1793-0.010.3139219.510833.391949.0948
51.04190.2842-0.88880.5656-0.37350.90270.17790.72780.0272-0.1162-0.2281-0.12850.25790.4917-0.03270.26020.024-0.03680.59910.03720.2311216.21130.761218.4162
68.3479-0.4347-0.84011.4658-0.66961.78320.28750.95320.885-0.3980.0486-0.2285-0.71790.5364-0.21880.3736-0.0521-0.01630.4408-0.0190.2898215.77236.425726.3701
71.17490.5953-0.72230.4178-0.35390.44260.1790.42190.0439-0.1298-0.0133-0.18440.43161.05740.10570.3180.1668-0.00680.8623-0.05350.2287220.959728.22922.1981
80.48810.33390.25730.2537-0.02271.69410.12220.102-0.0875-0.0950.17880.06360.27940.2825-0.3760.32730.0212-0.01530.42470.05850.2978212.127828.285824.1994
92.47211.1489-1.4274.64540.90621.4334-0.0124-0.2249-0.26280.6014-0.22080.24840.1034-0.73970.10760.2887-0.0241-0.07530.38570.00150.269204.052435.228523.0813
102.30290.1906-0.3540.1830.02471.33620.1960.77390.3591-0.09650.10070.22020.33350.365-0.1810.3384-0.0334-0.08010.56930.06950.2767212.602334.406714.8296
111.1854-0.3766-0.14731.2829-0.43650.21410.36270.31260.0056-0.324-0.1986-0.1102-0.2376-0.2966-0.23030.3183-0.0184-00.43130.03070.2985195.209538.11265.2872
122.15541.0436-0.86181.5770.81071.8845-0.13970.3405-0.2924-0.2203-0.0552-0.17840.397-0.1340.12170.3466-0.04930.01430.3543-0.02730.3365188.795433.432210.6968
131.82520.53260.65314.3359-2.50281.96730.15430.29260.39210.3759-0.15780.2402-0.6578-0.22290.01720.30510.0608-0.00650.35560.04320.328187.672140.946211.0902
141.1133-0.3799-0.60651.03330.57010.477-0.08220.0743-0.1423-0.52150.23250.40870.50250.1792-0.01380.4630.042-0.0620.48590.10.3137190.705241.7153-6.2492
150.9937-0.0584-0.66780.31360.62171.66170.2597-0.21570.40160.1705-0.20910.0566-0.821-0.1988-0.1010.3340.01940.00050.23910.010.344192.713441.638812.4605
162.3282-0.486-0.81650.6805-0.10440.4744-0.0358-0.68970.04310.1824-0.01920.2167-0.27960.401-0.04940.3439-0.0164-0.01410.36090.02470.2791197.576435.464919.0596
171.9069-0.27220.06980.1579-0.57333.65290.1430.1719-0.361-0.1124-0.0169-0.15860.68730.1054-0.08580.2908-0.0144-0.02610.27930.02380.2553200.64833.71517.6652
184.424-2.21590.4363.0559-0.38570.75240.22061.1102-0.225-0.0703-0.25550.3869-0.3057-0.0729-0.00030.3654-0.02530.00260.4878-0.0480.3304171.056531.988914.4437
191.12050.9318-0.18321.29391.05554.33740.04730.25730.53430.1244-0.1120.0715-0.3468-0.42540.07160.30050.03320.00120.35680.05660.3402178.949337.443114.5761
202.43550.2576-2.40262.89150.48782.72990.09060.5876-0.5151-0.1179-0.0846-0.20180.3513-0.30280.14190.28090.01240.05050.431-0.05040.3121179.949430.259113.9065
210.135-0.19860.34820.3013-0.49050.9680.05580.1388-0.0497-0.13360.10540.0005-0.01170.06750.45730.32190.0113-0.04961.1302-0.35440.2091166.951629.42064.6724
220.47490.0358-0.34110.5608-0.52251.08680.02650.0222-0.17230.066-0.1734-0.00010.0432-0.08030.11370.2927-0.01070.04180.3887-0.00790.2973176.389832.861622.5373
231.1624-1.60530.69265.5189-1.40770.9797-0.03350.38520.3530.2213-0.2968-0.4219-0.2159-0.35210.27180.25410.03670.06370.3469-0.00780.2851167.18636.220418.5975
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13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 268:275)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resseq 276:286)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resseq 287:294)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resseq 295:305)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 306:321)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resseq 242:256)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resseq 257:267)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resseq 268:275)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resseq 276:286)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resseq 287:305)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resseq 306:322)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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