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- PDB-3zv0: Structure of the SHQ1P-CBF5P complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zv0
タイトルStructure of the SHQ1P-CBF5P complex
要素
  • H/ACA RIBONUCLEOPROTEIN COMPLEX SUBUNIT 4
  • PROTEIN SHQ1
キーワードCELL CYCLE / RNP ASSEMBLY / X-LINKED DYSKERATOSIS CONGENITA / TELOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA pseudouridine synthase activity / Telomere Extension By Telomerase / box H/ACA snoRNP assembly / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis ...snRNA pseudouridine synthase activity / Telomere Extension By Telomerase / box H/ACA snoRNP assembly / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / rRNA modification / chromosome, centromeric region / 90S preribosome / rRNA processing / unfolded protein binding / microtubule / cell cycle / cell division / mRNA binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shq1 protein domain / Protein Shq1 / : / SHQ1 protein, Shq1 domain / SHQ1-like, CS domain / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal ...Shq1 protein domain / Protein Shq1 / : / SHQ1 protein, Shq1 domain / SHQ1-like, CS domain / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / CS domain / CS domain profile. / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain profile. / PUA domain superfamily / HSP20-like chaperone / PUA-like superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H/ACA ribonucleoprotein complex subunit CBF5 / Protein SHQ1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Walbott, H. / Machado-Pinilla, R. / Liger, D. / Blaud, M. / Rety, S. / Grozdanov, P.N. / Godin, K. / vanTilbeurgh, H. / Varani, G. / Meier, U.T. / Leulliot, N.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2011
タイトル: The H/Aca Rnp Assembly Factor Shq1 Functions as an RNA Mimic.
著者: Walbott, H. / Machado-Pinilla, R. / Liger, D. / Blaud, M. / Rety, S. / Grozdanov, P.N. / Godin, K. / Van Tilbeurgh, H. / Varani, G. / Meier, U.T. / Leulliot, N.
履歴
登録2011年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN SHQ1
B: PROTEIN SHQ1
C: H/ACA RIBONUCLEOPROTEIN COMPLEX SUBUNIT 4
D: H/ACA RIBONUCLEOPROTEIN COMPLEX SUBUNIT 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,1709
ポリマ－130,7104
非ポリマー4605
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16220 Å2
ΔGint-62.4 kcal/mol
Surface area42620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.060, 154.060, 121.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.96577, -0.25451, -0.05012), (-0.25211, 0.8755, 0.41224), (-0.06104, 0.41076, -0.9097)68.62132, -7.8343, 74.35788
2given(-0.97125, -0.2342, -0.04265), (-0.23087, 0.88309, 0.40846), (-0.058, 0.40657, -0.91178)69.62764, -7.6589, 74.14545

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN SHQ1 / SHQ1P / SMALL NUCLEOLAR RNAS OF THE BOX H/ACA FAMILY QUANTITATIVE ACCUMULATION PROTEIN 1


分子量: 43503.730 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 145-507 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P40486
#2: タンパク質 H/ACA RIBONUCLEOPROTEIN COMPLEX SUBUNIT 4 / CENTROMERE-BINDING FACTOR 5 / CENTROMERE/MICROTUBULE-BINDING PROTEIN CBF5 / H/ACA SNORNP PROTEIN ...CENTROMERE-BINDING FACTOR 5 / CENTROMERE/MICROTUBULE-BINDING PROTEIN CBF5 / H/ACA SNORNP PROTEIN CBF5 / SMALL NUCLEOLAR RNP PROTEIN CBF5 / P64' / CBF5P


分子量: 21851.266 Da / 分子数: 2 / 断片: DCAT DOMAIN, RESIDUES 1-60,258-386 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS
参照: UniProt: P33322, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.08 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALLIZED AT 291 KELVIN BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD FROM A 1:1 UL OF PROTEIN AND PRECIPITANT CONTAINING 4 TO 8 % PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 36623 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 66.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→39.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9284 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: CHAINS A, B, RESIDUES 145-164 DISORDERED. CHAINS C, D, RESIDUES 6XHISTAG, 1-18, 43-46, 378-386 ARE DISORDERED. IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 1830 5 %RANDOM
Rwork0.1782 ---
obs0.1797 36596 --
原子変位パラメータBiso mean: 59.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.9918 Å20 Å20 Å2
2--7.9918 Å20 Å2
3----15.9836 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.345 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7849 0 30 99 7978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0098029HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0410839HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2895SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes231HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1111HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8029HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.72
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1036SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8932SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2621 150 5.1 %
Rwork0.2183 2791 -
all0.2206 2941 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8867-0.45730.53441.66780.01511.570.02540.136-0.3002-0.04340.00890.29680.0862-0.1401-0.0343-0.191-0.04060.0091-0.1372-0.0629-0.095611.1623-42.49224.0724
22.35660.2416-0.13781.62580.18261.7407-0.0103-0.3612-0.24170.13960.0706-0.32360.16040.1883-0.0604-0.22260.0388-0.0461-0.16880.0502-0.043367.4466-37.972333.9795
32.94050.72720.02671.7401-0.59791.40280.0728-0.3118-0.0380.1485-0.10240.1365-0.08880.04050.0296-0.1391-0.02810.0039-0.12320.0127-0.217327.5201-35.193636.9868
42.59330.2494-0.55740.6750.18051.3942-0.04320.13420.1343-0.00320.046-0.1052-0.0095-0.1494-0.0028-0.1141-0.046-0.0108-0.08770.0224-0.105748.8257-30.092225.7774
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 165:346, 362:504)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESID 165:346, 361:507)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND (RESID 20:37, 47:60, 258:377)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND (RESID 19:42, 48:60, 258:377)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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