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- PDB-4gdp: Yeast polyamine oxidase FMS1, N195A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gdp
タイトルYeast polyamine oxidase FMS1, N195A mutant
要素Polyamine oxidase FMS1
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD cofactor / oxidase / flavoenzyme / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific polyamine oxidase / spermine oxidase activity / N(1)-acetylpolyamine oxidase (3-acetamidopropanal-forming) activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / HDMs demethylate histones / polyamine oxidase activity / spermine catabolic process / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / pantothenate biosynthetic process / Estrogen-dependent gene expression ...non-specific polyamine oxidase / spermine oxidase activity / N(1)-acetylpolyamine oxidase (3-acetamidopropanal-forming) activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / HDMs demethylate histones / polyamine oxidase activity / spermine catabolic process / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / pantothenate biosynthetic process / Estrogen-dependent gene expression / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Polyamine oxidase FMS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9998 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Adachi, M.S. / Hart, P.J. / Fitzpatrick, P.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Mechanistic and Structural Analyses of the Roles of Active Site Residues in Yeast Polyamine Oxidase Fms1: Characterization of the N195A and D94N Enzymes.
著者: Adachi, M.S. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. / Fitzpatrick, P.F.
履歴
登録2012年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyamine oxidase FMS1
B: Polyamine oxidase FMS1
C: Polyamine oxidase FMS1
D: Polyamine oxidase FMS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,52112
ポリマ－235,6024
非ポリマー3,9198
水13,025723
1
A: Polyamine oxidase FMS1
B: Polyamine oxidase FMS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7616
ポリマ－117,8012
非ポリマー1,9604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area38820 Å2
手法PISA
2
C: Polyamine oxidase FMS1
D: Polyamine oxidase FMS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,7616
ポリマ－117,8012
非ポリマー1,9604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7080 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area38390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.851, 81.885, 104.791
Angle α, β, γ (deg.)78.07, 79.51, 78.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Polyamine oxidase FMS1 / Fenpropimorph resistance multicopy suppressor 1


分子量: 58900.570 Da / 分子数: 4 / 変異: N195A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: FMS1, YM9711.09, YMR020W / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50264, non-specific polyamine oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.12 M Di-Ethyleneglycol, Tri-Ethyleneglycol, Tetra-Ethyleneglycol, Penta-Ethyleneglycol, 0.1M Imidazole; MES, 30% Ethylene glycol, PEG 8000 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9998→100 Å / Num. obs: 149689 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.9998→2.07 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.408 / % possible all: 75.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ECH

4ech


解像度: 1.9998→79.074 Å / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 28.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 1999 1.34 %
Rwork0.2025 --
obs0.203 149579 88.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.54 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.1052 Å29.3533 Å215.042 Å2
2---1.611 Å29.9853 Å2
3----2.7714 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9998→79.074 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15869 0 260 723 16852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00416512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87522358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4626158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0672445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032890
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9998-2.04980.32831190.25838788X-RAY DIFFRACTION74
2.0498-2.10520.26691280.24979464X-RAY DIFFRACTION80
2.1052-2.16720.32451370.236210084X-RAY DIFFRACTION85
2.1672-2.23710.2651430.231110535X-RAY DIFFRACTION89
2.2371-2.31710.28811390.221810269X-RAY DIFFRACTION87
2.3171-2.40990.27141510.21311164X-RAY DIFFRACTION94
2.4099-2.51950.23641510.204711108X-RAY DIFFRACTION94
2.5195-2.65240.23821490.20711012X-RAY DIFFRACTION93
2.6524-2.81860.2921430.207710487X-RAY DIFFRACTION88
2.8186-3.03620.27031510.212411182X-RAY DIFFRACTION94
3.0362-3.34180.23471480.201711012X-RAY DIFFRACTION93
3.3418-3.82530.20871430.185310553X-RAY DIFFRACTION89
3.8253-4.81940.16981510.167811168X-RAY DIFFRACTION94
4.8194-79.13620.21911460.207110754X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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