+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zuw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Photosynthetic Reaction Centre Mutant with TYR L128 replaced with HIS | ||||||
要素 | (REACTION CENTER PROTEIN ...) x 3 | ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS / ELECTRON TRANSFER / PRIMARY CHARGE SEPARATION / CHARGE RECOMBINATION / TRANSIENT ABSORPTION SPECTROSCOPY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Gibasiewicz, K. / Pajzderska, M. / Potter, J.A. / Fyfe, P.K. / Dobek, A. / Brettel, K. / Jones, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Phys Chem B / 年: 2011 タイトル: Mechanism of Recombination of the P(+)H(A)(-) Radical Pair in Mutant Rhodobacter Sphaeroides Reaction Centers with Modified Free Energy Gaps between P(+)B(A)(-) and P(+)H(A)(-). 著者: Gibasiewicz, K. / Pajzderska, M. / Potter, J.A. / Fyfe, P.K. / Dobek, A. / Brettel, K. / Jones, M.R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zuw.cif.gz | 207.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3zuw.ent.gz | 162.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zuw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3zuw_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3zuw_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3zuw_validation.xml.gz | 43.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3zuw_validation.cif.gz | 57.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/3zuw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/3zuw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-REACTION CENTER PROTEIN ... , 3種, 3分子 HLM
#1: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) 発現宿主: RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y7 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 31321.361 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) 発現宿主: RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y8 |
#3: タンパク質 | 分子量: 34398.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) 発現宿主: RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y9 |
-非ポリマー , 8種, 319分子
#4: 化合物 | ChemComp-LDA / #5: 化合物 | ChemComp-BCL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-FE / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-SPN / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED配列の詳細 | RESIDUE L128 HAS BEEN MUTATED TO HIS | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.6 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, 0.09% LDAO, 3.5% 1,2,3 HEPTANETRIOL, 0.75M POTASSIUM PHOSPHATE PH7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→17.9 Å / Num. obs: 85153 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 43.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→17.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.484 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.001 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→17.87 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|