PDB-3zrx: The high resolution structure of a dimeric Hamp-Dhp fusion displa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zrx

タイトル

The high resolution structure of a dimeric Hamp-Dhp fusion displays strong asymmetry

要素

AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

キーワード

SIGNALING PROTEIN / OSMOREGULATION / OMPR / OMPC

機能・相同性

機能・相同性情報

response to osmotic stress / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay signal transduction system / kinase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein autophosphorylation / signal transduction / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Zeth, K. / Hulko, M. / Martin, J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Mechanism of Regulation of Receptor Histidine Kinases.
著者: Ferris, H.U. / Dunin-Horkawicz, S. / Hornig, N. / Hulko, M. / Martin, J. / Schultz, J.E. / Zeth, K. / Lupas, A.N. / Coles, M.

履歴

登録	2011年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zrx.cif.gz	114.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zrx.ent.gz	89.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zrx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zrx_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zrx_full_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示
XML形式データ	3zrx_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	3zrx_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/3zrx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/3zrx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2lfrC 2lfsC 3zrvC 3zrwC 2asmS 1bxd 1joy 1njv 2y0q 2y0t 2y20 2y21 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zcc-d 2pf6-1 2ill-d 2pet-d 4lp5-1 2axi-2 2j8o-2 1iam-d 4uj8-2 6pok-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (12) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

B: AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ

26.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.110, 57.400, 51.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	AF1503 PROTEIN, OSMOLARITY SENSOR PROTEIN ENVZ / HAMP-DHP-FUSION PROTEIN 分子量: 13083.843 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 278-327,229-289 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌), (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 株: DSM 4304, K-12 / 解説: PCR FROM E. COLI WT DNA AND A. FULGIDUS WT DNA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28769, UniProt: P0AEJ4, histidine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS PROTEIN STRUCTURE COMPRISES RESIDUES OF THE PROTEIN AF1503 FROM A. FULGIDUS AND THE OSMOLARITY ...THIS PROTEIN STRUCTURE COMPRISES RESIDUES OF THE PROTEIN AF1503 FROM A. FULGIDUS AND THE OSMOLARITY SENSING PROTEIN FROM E. COLI

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.98 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 詳細: 0.02 M CALCIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM ACETATE 30% MPD, PH4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.068
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.068 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→20 Å / Num. obs: 52510 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 1.25 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 1.25→1.28 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法		位相決定
BUCCANEER		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 2ASM

2asm

解像度: 1.25→18.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 1.784 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19987	2806	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15054	-	-	-
obs	0.15309	52510	99.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.428 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	0 Å²	-0.12 Å²
2-	-	0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→18.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1752	0	0	217	1969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.161	1.996	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.143	3	3249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.35	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.984	24.468	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.871	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.634	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.637	1.5	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.978	1.5	463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.844	2	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.167	3	723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.157	4.5	649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.685	3	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	213	-
R_work	0.228	3845	-
obs	-	-	99.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4019	-0.0424	0.445	0.0608	-0.0886	0.5275	-0.0158	0.0037	-0.0031	0.0123	0.0115	0.005	-0.0276	0.0003	0.0043	0.01	-0.0007	0.0053	0.0252	0.0009	0.0394	41.421	4.517	33.033
2	1.0065	-0.0412	0.2051	0.359	-0.0106	0.0777	-0.0096	-0.0323	0.0073	0.0016	0.0033	-0.026	-0.0018	-0.0089	0.0063	0.008	0.0005	0.0077	0.0259	-0.0004	0.0349	46.409	4.612	24.281
3	0.2703	-0.0729	0.2806	0.0569	-0.0944	0.3018	-0.0038	-0.0055	0.0119	0.0173	-0.0044	0.0126	-0.0138	0.0003	0.0083	0.012	-0.0014	0.0073	0.0275	-0.0003	0.0384	26.743	7.779	7.678
4	0.6715	-0.4065	-0.2348	0.6433	0.0787	0.118	-0.0095	-0.0131	0.066	-0.008	0.0175	-0.06	0.0134	0.0035	-0.008	0.0088	0.0006	0.0078	0.0236	0	0.0471	0.106	17.12	-3.069
5	0.7788	-0.0749	0.4885	0.0533	-0.0561	0.4631	-0.0157	-0.0204	0.0162	0.0027	0.0066	-0.0007	-0.0037	-0.0092	0.0091	0.0091	0.0005	0.0073	0.0224	-0.0005	0.0376	9.979	10.52	10.188
6	0.3566	-0.5078	0.4897	1.2211	-0.656	0.9014	-0.0354	0.0191	0.0174	0.075	-0.0002	-0.0758	-0.0387	0.0118	0.0355	0.0108	-0.0014	0.0036	0.0228	-0.0024	0.0425	48.487	-8.688	28.285
7	0.1156	-0.0596	0.086	0.1818	-0.0507	0.8468	0.0034	0.0033	-0.01	-0.0068	-0.0038	0.0039	0.0313	-0.0123	0.0004	0.0084	-0.0009	0.0041	0.0235	-0.001	0.0397	38.382	-10.238	22.964
8	0.3725	-0.0188	0.5329	0.1021	0.2007	1.3348	0.0149	0.0101	-0.0114	0.0111	-0.0112	0.0134	0.0208	-0.024	-0.0037	0.014	0.0015	0.0073	0.0247	0	0.0387	34.713	-4.855	28.176
9	0.2547	-0.1676	0.1515	0.1105	-0.0994	0.2102	0.005	0.0044	0.0034	-0.0046	-0.0048	-0.0029	0.0081	0.0044	-0.0002	0.0102	-0.0002	0.0068	0.022	0	0.0394	4.865	5.288	-1.479
10	2.5986	-0.0632	-0.8079	0.0403	-0.0016	0.2917	0.0044	-0.048	-0.0642	0.0139	-0.0003	0.0253	0.0078	0.0179	-0.0041	0.0177	0.0001	0.0102	0.023	0.0003	0.0441	20.511	0.146	-3.105

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	278 - 298
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	299 - 323
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	324 - 345
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	346 - 366
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	367 - 388
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	279 - 292
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	293 - 307
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	308 - 332
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	333 - 376
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	377 - 388

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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