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万見
- PDB-3zrj: Complex of ClpV N-domain with VipB peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zrj
タイトルComplex of ClpV N-domain with VipB peptide
要素
  • CLPB PROTEIN
  • VIPB
キーワードCHAPERONE/PEPTIDE / CHAPERONE-PEPTIDE COMPLEX / HSP100 PROTEINS / AAA+ PROTEINS / T6SS / SECRETION / VIRULENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Type VI secretion system contractile sheath large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Lenherr, E.D. / Kopp, J. / Sinning, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular Basis for the Unique Role of the Aaa+ Chaperone Clpv in Type Vi Protein Secretion.
著者: Pietrosiuk, A. / Lenherr, E.D. / Falk, S. / Bonemann, G. / Kopp, J. / Zentgraf, H. / Sinning, I. / Mogk, A.
履歴
登録2011年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLPB PROTEIN
B: CLPB PROTEIN
X: VIPB
Y: VIPB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4265
ポリマ－43,3644
非ポリマー621
水4,558253
1
A: CLPB PROTEIN
X: VIPB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7443
ポリマ－21,6822
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CLPB PROTEIN
Y: VIPB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6822
ポリマ－21,6822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-35.2 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.240, 37.610, 88.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CLPB PROTEIN / CLPV


分子量: 19342.082 Da / 分子数: 2 / 断片: N-DOMAIN, RESIDUES 2-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 株: V52 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL-1 BLUE / 参照: UniProt: A1EKV2
#2: タンパク質・ペプチド VIPB


分子量: 2339.798 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 15-28 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 参照: UniProt: Q9KN57
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 詳細: 0.1M MES PH 5.5, 17.5% (W/V) PEG 8000, 4C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97627
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→47.7 Å / Num. obs: 28218 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.94→2 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.94→42.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 7.535 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1411 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs-26807 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.689 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å20 Å2-0.62 Å2
2--2.99 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→42.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2766 0 4 253 3023
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222849
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8361.9823868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5465356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.39624.848132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53515522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3721517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2261.51763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.05422846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4331086
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5184.51016
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 97 -
Rwork0.208 1856 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.48841.9751-1.20974.6172-1.30840.2259-0.26440.5225-0.1439-0.30420.31560.39230.0971-0.0194-0.05120.1623-0.0116-0.01110.13250.00030.166-7.605811.456512.9311
21.33010.43690.7348-0.01920.5491.60670.01680.21360.00930.06230.011-0.00910.00010.2965-0.02770.1008-0.0030.00520.1803-0.0080.106714.719716.105516.5602
31.0945-0.11460.67810.9521-0.40341.37970.13080.1212-0.05460.057-0.1407-0.10950.18070.34610.00990.09630.0226-0.01240.1807-0.00090.104817.9910.413622.3469
41.07010.04950.25970.3591-0.05340.81840.0279-0.05480.02320.0290.00090.04840.0034-0.0083-0.02890.1191-0.00640.0060.1026-0.00960.12333.969915.634127.0574
58.1975-4.97451.3415.1105-1.21121.8108-0.0085-0.4481-0.28330.19910.20760.04680.1286-0.1914-0.19910.1337-0.0273-0.01720.08160.05180.1589-0.92764.512730.9847
61.40090.2573-0.49710.343-0.08120.84210.10560.07130.16660.0445-0.03670.0268-0.013-0.1983-0.06890.09950.0140.01720.12930.01850.123-30.401816.927821.8327
70.8418-0.4857-0.5623-0.38070.2316.01290.14140.0354-0.07510.10460.0233-0.09990.3123-0.0083-0.16470.1405-0.0161-0.02690.16650.01730.0783-32.00869.105638.2875
82.13050.0263-0.47260.0316-0.07450.85490.04360.2160.04130.0274-0.0112-0.0940.0191-0.0924-0.03240.1046-0.00040.0240.11620.01610.1289-20.419615.040114.6361
92.83562.00280.15221.6472-2.38275.4430.17090.28290.0358-0.0518-0.07390.1639-0.06090.1611-0.0970.13630.051-0.03170.2305-0.00120.07135.774313.74242.9001
104.2772-1.17631.83993.9973-4.09588.78240.8434-0.78750.21710.5327-0.77310.1143-0.87261.128-0.07030.1954-0.29490.11970.4979-0.05470.0432-23.45118.836437.0228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2A16 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3A55 - 86
4X-RAY DIFFRACTION4A87 - 158
5X-RAY DIFFRACTION5B-6 - 4
6X-RAY DIFFRACTION6B5 - 76
7X-RAY DIFFRACTION7B77 - 86
8X-RAY DIFFRACTION8B87 - 158
9X-RAY DIFFRACTION9X16 - 29
10X-RAY DIFFRACTION10Y18 - 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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