PDB-3zrj: Complex of ClpV N-domain with VipB peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zrj

タイトル

Complex of ClpV N-domain with VipB peptide

要素

CLPB PROTEIN
VIPB

キーワード

CHAPERONE/PEPTIDE / CHAPERONE-PEPTIDE COMPLEX /

HSP100 PROTEINS (エンドペプチダーゼClp) /

AAA+ PROTEINS /

T6SS /

SECRETION (分泌) /

VIRULENCE

機能・相同性

機能・相同性情報

Type VI secretion system TssC-like /

TssC1, N-terminal /

TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Lenherr, E.D. / Kopp, J. / Sinning, I.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Molecular Basis for the Unique Role of the Aaa+ Chaperone Clpv in Type Vi Protein Secretion.
著者: Pietrosiuk, A. / Lenherr, E.D. / Falk, S. / Bonemann, G. / Kopp, J. / Zentgraf, H. / Sinning, I. / Mogk, A.

履歴

登録	2011年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月17日	Group: Database references
改定 1.2	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zrj.cif.gz	149.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zrj.ent.gz	125.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zrj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/3zrj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/3zrj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zriC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bhn-d 3vow-2 5utn-2 3vm8-2 4wkc-d 2qv1-2 5ls2-2 4p58-d 7cmm-4 4uqo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CLPB PROTEIN

B: CLPB PROTEIN

X: VIPB

Y: VIPB

ヘテロ分子

43.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CLPB PROTEIN

X: VIPB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CLPB PROTEIN

Y: VIPB

登録者が定義した集合体
21.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.240, 37.610, 88.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.54, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CLPB PROTEIN / / CLPV 分子量: 19342.082 Da / 分子数: 2 / 断片: N-DOMAIN, RESIDUES 2-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 株: V52 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL-1 BLUE / 参照: UniProt: A1EKV2
#2: タンパク質・ペプチド	VIPB 分子量: 2339.798 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 15-28 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 参照: UniProt: Q9KN57
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.36 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 詳細: 0.1M MES PH 5.5, 17.5% (W/V) PEG 8000, 4C

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97627
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→47.7 Å / Num. obs: 28218 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.94→2 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / R_sym value: 0.332 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 1.94→42.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 7.535 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	1411	5 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	-	26807	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.689 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.46 Å²	0 Å²	-0.62 Å²
2-	-	2.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→42.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2766	0	4	253	3023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	2849
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.836	1.982	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.546	5	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.396	24.848	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.535	15	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.372	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.226	1.5	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.054	2	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.43	3	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.518	4.5	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	97	-
R_work	0.208	1856	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4884	1.9751	-1.2097	4.6172	-1.3084	0.2259	-0.2644	0.5225	-0.1439	-0.3042	0.3156	0.3923	0.0971	-0.0194	-0.0512	0.1623	-0.0116	-0.0111	0.1325	0.0003	0.166	-7.6058	11.4565	12.9311
2	1.3301	0.4369	0.7348	-0.0192	0.549	1.6067	0.0168	0.2136	0.0093	0.0623	0.011	-0.0091	0.0001	0.2965	-0.0277	0.1008	-0.003	0.0052	0.1803	-0.008	0.1067	14.7197	16.1055	16.5602
3	1.0945	-0.1146	0.6781	0.9521	-0.4034	1.3797	0.1308	0.1212	-0.0546	0.057	-0.1407	-0.1095	0.1807	0.3461	0.0099	0.0963	0.0226	-0.0124	0.1807	-0.0009	0.1048	17.99	10.4136	22.3469
4	1.0701	0.0495	0.2597	0.3591	-0.0534	0.8184	0.0279	-0.0548	0.0232	0.029	0.0009	0.0484	0.0034	-0.0083	-0.0289	0.1191	-0.0064	0.006	0.1026	-0.0096	0.1233	3.9699	15.6341	27.0574
5	8.1975	-4.9745	1.341	5.1105	-1.2112	1.8108	-0.0085	-0.4481	-0.2833	0.1991	0.2076	0.0468	0.1286	-0.1914	-0.1991	0.1337	-0.0273	-0.0172	0.0816	0.0518	0.1589	-0.9276	4.5127	30.9847
6	1.4009	0.2573	-0.4971	0.343	-0.0812	0.8421	0.1056	0.0713	0.1666	0.0445	-0.0367	0.0268	-0.013	-0.1983	-0.0689	0.0995	0.014	0.0172	0.1293	0.0185	0.123	-30.4018	16.9278	21.8327
7	0.8418	-0.4857	-0.5623	-0.3807	0.231	6.0129	0.1414	0.0354	-0.0751	0.1046	0.0233	-0.0999	0.3123	-0.0083	-0.1647	0.1405	-0.0161	-0.0269	0.1665	0.0173	0.0783	-32.0086	9.1056	38.2875
8	2.1305	0.0263	-0.4726	0.0316	-0.0745	0.8549	0.0436	0.216	0.0413	0.0274	-0.0112	-0.094	0.0191	-0.0924	-0.0324	0.1046	-0.0004	0.024	0.1162	0.0161	0.1289	-20.4196	15.0401	14.6361
9	2.8356	2.0028	0.1522	1.6472	-2.3827	5.443	0.1709	0.2829	0.0358	-0.0518	-0.0739	0.1639	-0.0609	0.1611	-0.097	0.1363	0.051	-0.0317	0.2305	-0.0012	0.0713	5.7743	13.7424	2.9001
10	4.2772	-1.1763	1.8399	3.9973	-4.0958	8.7824	0.8434	-0.7875	0.2171	0.5327	-0.7731	0.1143	-0.8726	1.128	-0.0703	0.1954	-0.2949	0.1197	0.4979	-0.0547	0.0432	-23.451	18.8364	37.0228

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-3 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 54
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	55 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	87 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-6 - 4
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	5 - 76
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	77 - 86
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	87 - 158
9	X-RAY DIFFRACTION	9	X	16 - 29
10	X-RAY DIFFRACTION	10	Y	18 - 27

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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